朱元璋定国号为大明， 表示承袭自韩山童、韩林儿父子的“大小明王”之号，又称皇明， 史称明朝、明代，清朝时称之为前明。
“大明”国号的来源，后世有多种说法，多数认为与宗教有关，吴晗等人认为，大明国号的源头是明教，此说后来被金庸等作家采用，而胡阿祥等则认为此国号出自白莲教，而源头则是佛教。朱元璋手下有一部分明教徒，用“明”作国号以示正统地位，也同时应和明教中的“明王出世”预言。 其次，以明喻火，根据五德终始说，表示明朝取代元朝是以火克金。 同时因为皇室姓朱，又称朱明。1644年北京陷落后，南方各地拥立明朝宗室建立南明，沿用大明的国号，别称后明。
大明开国
元朝末年政治腐败，蒙古统治者日益残暴黑暗，广大人民受到空前压迫，国库也日渐空虚。1351年，元廷征调农民和兵士十几万人治理黄河水患。“治河”和“变钞”导致红巾军起义的爆发。
1351年5月，韩山童、刘福通领导红巾军起义爆发。次年，郭子兴响应，聚众起义，攻占濠州 。平民出身的朱元璋受汤和邀请投奔郭子兴，屡立战功，备受郭子兴器重和信任，并娶郭子兴养女马氏为妻。不久，朱元璋离开濠州，发展自己的势力 。1355年，刘福通立韩林儿为帝，国号宋，年号龙凤，称小明王，以亳州为都城。郭子兴病故后朱元璋统率郭部，小明王任其为左副元帅。
1356年，朱元璋率兵占领集庆，改名为应天府，并攻下周围的战略要地，获得了一块立足之地。朱元璋采纳朱升“高筑墙，广积粮，缓称王”的建议。 1360年，通过鄱阳湖水战，陈友谅势力遭到巨大打击。1361年，小明王封朱元璋为吴国公。1363年，陈友谅败亡。 1364年，朱元璋自称吴王，史称西吴，与位于平江的东吴王张士诚相区别。 1366年小明王、刘福通被廖永忠沉于瓜步 江中溺死。
1367年，攻下平江，张士诚自尽，后又灭浙江的方国珍 。1368年正月初四，朱元璋以应天府（南京）为京师，国号大明， 年号洪武，朱元璋称帝。后进行北伐和西征，同年以“驱逐胡虏，恢复中华” 的口号命徐达、常遇春等将北伐，攻占大都（即北京），元顺帝北逃 ，彻底结束蒙古在中原的统治，中国再次回归由汉族建立的王朝统治之下。 之后朱元璋又相继消灭四川的明升和云南的梁王把匝剌瓦尔密、辽东的纳哈出。又八次派兵深入漠北，大破北元，天下至此初定。
洪武之治与建文削藩
明太祖即位后采取轻徭薄赋，恢复社会的生产，整顿吏治，惩治贪官污吏，促使社会经济得到恢复和发展，史称洪武之治。明太祖确立里甲制， 配合赋役黄册户籍登记簿册和鱼鳞图册的施行， 落实赋税劳役的征收及地方治安的维持。同时朱元璋多次派军北伐蒙古，取得多次胜利，最终在捕鱼儿海之役平定北元，消除外患。
明太祖平定天下后，大封功臣， 但也对功臣有所猜忌，恐其居功枉法，图谋不轨。而有的功臣也越过礼法，为非作歹。 明太祖借此兴胡惟庸案和蓝玉案，清理权贵和不法功勋。 1380年明太祖以擅权枉法之罪名杀胡惟庸， 又杀御史大夫陈宁、御史中丞涂节等人。1390年有人告发李善长与胡惟庸关系密切，李善长因此被赐死，家属七十余人坐死，总计株连者达三万余人，史称胡惟庸案。 此后，明太祖又借大将军蓝玉张狂跋扈之名大加诛杀， 连坐被族诛的有一万五千余人。 加上空印案与郭桓案合称明初四大案。此时除汤和、郭英与耿炳文外功臣全数被杀。 明太祖通过打击功臣、设立锦衣卫加强特务监视等一系列手段来加强皇权。
1398年明太祖驾崩，由于太子朱标早死，由皇太孙朱允炆即位，年号建文，即明惠宗。明惠宗为巩固皇权，与亲信大臣齐泰、黄子澄等密谋削藩。 周王、代王、齐王、湘王等先后或被废为庶人，或被逼自杀。 同时以边防为名调离燕王朱棣的精兵，准备铲除朱棣，朱棣在姚广孝的建议下以“清君侧，靖内难”的名义起兵，最后率军南下，攻占南京，史称靖难之役。之后朱棣即位，改元永乐。明惠宗在宫城大火中下落不明。
永宣盛世
永乐时期武功昌盛，收复安南设交趾布政司，成祖又亲自率兵五征漠北攻打北元分裂后的鞑靼与瓦剌。成祖册封瓦剌三王，使与鞑靼对立，见瓦剌中兴之势，又助鞑靼讨伐瓦剌，不使任何一方独大。 同时授予兀良哈蒙古的朵颜、泰宁和福余三个卫所自治权。成祖还于1406年和1422年对兀良哈蒙古进行镇压，以维持这一地区的稳定。 成祖安抚东北女真各部，在归附的建州女真 、海西女真 设置卫所，并派亦失哈安抚位于黑龙江下游的野人女真。1407年亦失哈在混同江庙街的对岸塔林设奴儿干都司，扩大明朝东疆，亦失哈并于1413年视察库页岛，宣示明朝对此地的主权。 明成祖实行积极的外交策略，自1405年开始派郑和下西洋，与各国进行政治经济来往 ，增长财政收入 的同时将朝贡制度推向巅峰。 其舰队规模空前庞大，最远到达东非索马里地区，扩大明朝对南洋、西洋各国的影响力。
文治方面，明成祖令编修百科全书《永乐大典》，解缙率三千文人在三年时间内即告完成。 《永乐大典》有22877卷，又凡例、目录60卷，11095册，引书达七八千种，字数约有三亿七千多万，且无删节。1405年明成祖将北平改名北京，称行在，并设立北平国子监等衙门。1416年明成祖公布迁都的想法，隔年开始大规模营造北京。1420年宣告完工，隔年迁都。永乐年间天下大治，并且大力开拓海外交流，有学者将这段时期称为永乐盛世。
明成祖对异议者强力镇压，诸如黄子澄、齐泰等建文旧臣等都被杀。其中以方孝孺的诛十族 和景清的“瓜蔓抄”最为惨烈。还恢复了明太祖时期后来被废除的锦衣卫，另外他还设置了另外一个特务组织——东厂。明代厂卫制度确立。
明成祖驾崩后，其长子朱高炽即位，即明仁宗，年号洪熙。明仁宗年龄已经偏高，即位仅一年就驾崩。其统治偏向保守固本，注重休养生息。任用“三杨”（杨士奇、杨荣、杨溥）等贤臣辅佐朝政，停止郑和下西洋和对外战争以积蓄民力，鼓励生产，宽行省狱，力行节俭。
明仁宗驾崩后长子朱瞻基即位，是为明宣宗，年号宣德。宣宗实行德政治国，并且先后派遣郑和、王景弘下西洋 ，使国力达到极盛，史称“仁宣之治”。 明宣宗同样擅长书画，有画作传世。 但其执政期间并非毫无弊端，由于明宣宗喜好养蟋蟀 ，许多官吏因此竞相拍马，被称为“促织天子”。 同时明宣宗设立内书堂教宦官读书，为明英宗时期的太监乱政埋下隐患。
明中期朝政
土木之变
参见：土木之变、北京保卫战
1435年，九岁的朱祁镇继位，即明英宗，年号正统。此时
太监王振开始干政，1442年遏制王振权势的张太皇太后去世后王振大肆揽权。元老重臣“三杨”死后， 王振专横跋扈，将明太祖留下的禁止宦官干政的敕命铁牌撤下，举朝称其为“翁父”， 明英宗对他信任有加。 王振擅权七年，家产计有金银六十余库，其受贿程度可想而知。
1435年蒙古西部的瓦剌逐渐强盛常寇边。1449年瓦剌首领也先率军南下伐明。王振耸使明英宗集结二十万京营御驾亲征。 大军离燕京后，兵士乏粮劳顿，八月初大军才至大同，王振得报前线各路溃败，惧不敢战，又令返回。回师至土木堡 ，被瓦剌军追上，士兵死伤过半，随从大臣有五十余人阵亡。 明英宗突围不成被俘， 王振为将军樊忠所怒杀， 史称土木之变， 是明朝由盛转衰的转折点。
兵部侍郎于谦拥戴明英宗弟弟朱祁钰即位，即明代宗，年号景泰。 于谦升任兵部尚书，决定坚守北京，整顿边防积极备战，随后南直隶、河南、山东等地勤王部队陆续赶到。 同年十月，瓦剌军直逼北京城下，也先安置明英宗于德胜门外土关。于谦率领各路明军奋勇抗击， 屡次大破瓦剌军，也先率军撤退。 明朝取得北京保卫战的胜利，于谦力排众议，加紧巩固国防，拒绝求和， 并于次年击退瓦剌多次侵犯。
夺门之变
参见：夺门之变、石曹之乱
1450年也先释放明英宗。 然而明代宗因为皇权问题不愿遣使迎驾，后又把明英宗困于南宫（重华宫）软禁，并废皇太子朱见深，立自己的儿子朱见济为太子。不久见济病死，明代宗迟迟不肯再立朱见深为太子，俨然有夺正之态，英宗、代宗因而严重对立。
1457年石亨、徐有贞、曹吉祥等人联
盟，欲拥戴明英宗复辟。趁着明代宗重病之际发动政变。徐有贞率军攻入紫禁城，石亨等人占领东华门，立明英宗于奉天殿，改元天顺。他们贬明代宗为郕王，并且逮处死于谦及大学士王文，史称夺门之变。 明英宗复辟后，略有新政，废除自明太祖恢复的殉葬。之后因内部政变流放徐有贞，因曹石之乱诛杀石亨、曹吉祥等人，任命李贤等贤臣治国。
1464年明英宗驾崩，朱见深即位，即明宪宗，年号成化。 明宪宗为于谦平反，恢复代宗帝号，时人多称快，又能体谅民情，励精图治，宛若明君之资。琉球、哈密、暹罗、土鲁番、撒马儿罕等国纷纷入贡。 但其本人口吃内向，因此很少廷见大臣， 宠爱亦妻亦母的万贵妃， 宠信宦官汪直、梁芳等人，晚年好方术，以至奸佞当权，西厂横恣，朝纲败坏，民不聊生。明宪宗直接颁诏封官，是为传奉官，造成舞弊成风，直到明孝宗才全被裁撤。明宪宗也是皇庄的始置者，带头鼓励兼并之风，危害不浅。
弘治中兴与武宗时期
参见：弘治中兴、武宗南巡
1487年明宪宗驾崩，其子朱祐樘继位，即明孝宗
，年号弘治。明孝宗在位期间“更新庶政，言路大开”， 使自明英宗以来的陋习得以去除，被誉为“中兴令主”。 明孝宗先是将成化年间的一批奸佞冗官尽数罢免，逮捕治罪，并选贤任能以委重任。 明孝宗勤于政事，每日两次视朝。明孝宗对宦官严加节制，锦衣卫与东厂也谨慎行事，法治宽刑。明孝宗力行节俭，不大兴土木，减免税赋。明史称明孝宗为“恭俭有制，勤政爱民”，在其治理下，弘治一朝期间政治清明，百姓安居乐业，史称“弘治中兴”。
1505年明孝宗去世，其子朱厚照即位，是为明武宗，年号正德。明武宗即位后清代野史常说他极好逸乐，导致正德年间战事频生，外有鞑靼达延汗 进犯、内有叛乱和民变等重大事件。1520年明武宗借出征江西宁王叛乱为由而南下游玩，以大将军朱寿为名前往南京，亲自俘虏已被王守仁击败的宁王。班师回京途中，于南直隶清江浦 泛舟取乐时落水染病，1521年于豹房驾崩。 因死后无子使明孝宗一脉绝嗣。
嘉靖时期
参见：大礼议、壬寅宫变、南倭北虏、世宗崇道
明武宗驾崩后，明孝宗之侄、兴献王之子朱厚熜入嗣大统，是为明世宗。登基前后，因时任内阁首辅杨廷和、礼部尚书毛澄等权臣引宋濮安事强令世宗皇帝尊亲生父母为皇叔父母，导致大礼议之争。 最终明世宗扫灭宦官和权臣势力，总揽朝纲。
1534年后明世宗
即不视朝，但仍悉知帝国事务，事无巨细仍出于世宗决断。明世宗信奉道教，信用方士，在宫中日夜祈祷。先是将道士邵元节入京，封为真人及礼部尚书。邵死后又大宠方士陶仲文。 1542年十月，乾清宫发生杨金英、邢翠莲等宫女十余人与宁嫔王氏趁明世宗熟睡之际企图将其勒死，史称壬寅宫变。此事后，直至世宗驾崩前一晚，世宗迁离大内移居西内。
嘉靖一朝，国家外患不断。北方鞑靼趁明朝衰弱而入据河套。1550年鞑靼首领俺答进犯大同，宣大总兵仇鸾重金收买俺答，让其转向其他目标。结果俺答转而直攻北京，在北京城郊大肆抢掠后西去，明朝军队在追击过程中战败，此为庚戌之变。东南沿海由日本浪人与中国海盗组成的倭寇与沿海居民合作走私，先并且后袭扰山东、浙江、福建与广东等地区。 戚继光与俞大猷平定浙闽粤等地的倭寇，为隆庆开关奠定基础。 另葡萄牙人于1557年移民澳门，但及至明亡，葡萄牙人及澳门始终为广东布政司香山县管辖。1566年明世宗驾崩，皇太子朱载垕即位，即明穆宗，年号隆庆，翌年为隆庆元年。
改革与中兴
明穆宗即位后启用在藩邸的老师高拱、张居正。隆庆初年，位处执政之首的世宗旧臣徐阶策动朝官弹劾高拱，高拱辞官回乡。高拱亦不甘示弱，一年后策动朝官弹劾徐阶。徐阶也被迫正式退休。朝廷的实际政务渐渐落到了张居正的手上。隆庆末年，高拱回朝出任内阁首辅。
隆庆朝名臣名将荟萃，陆上与蒙古达成和议，史称俺答封贡；海上开放民间贸易，史称隆庆开关； 因为这两项措施，明朝又重现中兴气象，史称隆庆新政。
1572年，明穆宗因中风突然驾崩，年仅九岁的皇太子朱翊钧继位，改元万历。 由于年幼由太后摄政，重臣高拱因与太后信任的宦官冯保对抗而被罢官，张居正则得到冯保的鼎力支持。张居正辅政十年，推行改革，在内政方面，推行考成法，裁撤政府机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。经济上，清丈全国土地，抑制豪强地主，改革赋役制度，推行一条鞭法，减轻农民负担。 军事上，加强武备整顿，平定西南骚乱，重用抗倭名将戚继光总督蓟、昌、保三镇练兵镇守长城，使边境安然。张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。同时张居正严惩贪官污吏，裁汰冗员。 张居正整顿朝正，改革体制，史称万历中兴。
1577年秋，张居正父亲去世，按常理他需要丁忧 ，但张居正以为改革事业未竟，不愿丁忧。他的政敌借此大做文章，史称夺情之争。最后在明神宗和两太后的力挺下张居正被夺情起复 ，使得其改革并未被中断。但是，这成为了他的政敌之借口。同时张居正利用职权让亲子通过科举进入翰林院。张居正死后被反对改革的政敌清算。张府家属被囚禁于内，饿死十余口，生前官爵也被剥夺。
日落西山
张居
正死后初期，明神宗尚能保持对朝政的兴趣，在位期间有东林党争、国本之争等重大事件，对外有朝鲜之役与萨尔浒之战。万历一朝成为明朝由盛转衰的转折期。
国本之争主要围绕着皇长子朱常洛与福王朱常洵 。明神宗迟迟不立太子， 令群臣忧心如焚。直到1601年，朱常洛才被封为太子，朱常洵被封为福王。但是福王迟迟不离京就任藩王。直到梃击案发生，舆论对郑贵妃不利后，福王才离京就藩。 明神宗于国本之争对大臣极度不满，自1587年后，就开始连续不上朝作为报复，仅处理一些重要事件。 自1588年后，早朝也经常看不到他，整日在深宫中不理政事。
东林党源于顾宪成组办的东林书院。东林党争起因是内阁缺人，顾宪成极力主张颇有政绩的淮扬巡抚李三才入阁，结果被反对李三才入阁的势力抹黑漫骂，东林党因此兴起，朝中其它各党便集中火力攻击东林党。阉党专权后，东林党更受到严重打击，直到崇祯年间东林党才重新被启用。
在东北，由于深受明神宗信任的辽东总兵李成梁后期腐化堕落，大肆谎报军情，骗取军功封赏，军事打击目标上偏袒努尔哈赤势力，致使明末边患严重，并最终导致清朝入主中国。由于明神宗不理朝政，缺官现象非常严重。 1602年，南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。 明神宗委顿于上，百官党争于下，明廷完全陷入空转之中。官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事布局而已。 因此《明史》言：“论者谓：明之亡，实亡于神宗。”
在军事方面，以万历三大征最为功勋卓著，三战皆胜以巩固明朝边疆、守护朝鲜王朝，但也消耗了明朝国库存银。 1617年，努尔哈赤以“七大恨”反明，两年后在萨尔浒之战中大败明军，明朝对后金从此转为战略防御。
1620年，明神宗驾崩。 其长子朱常洛登基，为明光宗，明光宗仅在位一个月，八月二十九日，又因服用李可灼的红丸，九月一日五更时猝死，时年39岁。
明熹宗继位，改元天启。在位期间政治更加腐败黑暗。明熹宗早期大量启用东林党人，加剧东林党争，明熹宗因此对朝政失去耐心，魏忠贤趁机干预政治，拉拢齐楚浙党，号为阉党。1624年后，阉党把握朝政，魏忠贤擅权跋扈，爪牙遍布全国，并大肆打击东林党，借“梃击案、 红丸案、 移宫案 ”为由，唆使其党羽伪造《东林党点将录》上报朝廷， 1625年明熹宗下诏，烧毁全国书院。大量东林党人入狱，甚至处死，天启年间的朝政混乱导致内忧外患加剧。
1626年北京西南隅的工部王恭厂火药库发生王恭厂大爆炸，造成2万多人死伤。当时东北方的后金逐步占领辽东地区。1626年，努尔哈赤率军攻打宁远，明军在袁崇焕的指挥下凭借坚城固守抗敌，最终击败后金军，并击伤努尔哈赤，史称“宁远大捷”。 不久后，努尔哈赤死去，其子皇太极即位。
1627年明熹宗不慎落水病重，不久因霍维华之药而驾崩，信王朱由检继位，即明思宗 ，年号崇祯。 崇祯即位后，锐意铲除阉党改革朝政。他下令停建生祠，逼奉圣夫人客氏移居宫外，最后押到浣衣局处死。下令魏忠贤去凤阳守陵，魏忠贤于途中与党羽李朝钦一起自缢，明思宗将其首级悬于河间老家，阉党其它分子也被贬黜或处死。 然而崇祯用人多疑、刚愎自用、举棋不定导致局势愈加糜烂。
1629年皇太极改采绕道长城以入侵北京，袁崇焕紧急回军与皇太极对峙于北京广渠门。经六部九卿会审，最后杀袁崇焕， 史称己巳之变。其后皇太极多番远征蒙古，终于在六年后 彻底击败林丹汗，次年在盛京称帝，改国号为大清，并五次经长城入侵明朝北直隶、山东等地区，史称清兵入塞。当时北直隶连年灾荒疫疾，民不聊生。 辽西局势亦日益恶化，清军多次与明军作战，最后于1640年占领锦州等地，明军主力洪承畴等人投降，明朝势力退缩至山海关。
明中期之后时常发生农民起事，崇祯时期朝政混乱与官员贪污昏庸；与后金的战争带来大量辽饷的需求以及清兵的掠夺；以及因为小冰期气候变冷，农业减产带来全国性饥荒， 这些都加重明朝百姓的负担。1627年，陕西澄城饥民暴动，拉开明末民变的序幕，随后王自用、高迎祥、李自成、张献忠等农民起事，最后发展成雄踞陕西、河南的李自成与先后占领湖广、四川的张献忠 。1644年李自成建国大顺，三月，李自成率军北伐攻陷大同、宣府、居庸关，最后攻克北京。崇祯在煤山自缢， 明朝作为统一国家的历史结束。
南明与明郑
北京沦陷后，史可法等人在南京拥立福王朱由崧，建立弘光政权，即弘光帝，弘光帝死后 ，鲁王朱以海于浙江绍兴监国；而唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。 而两个南明政权为争夺正统地位互相攻伐。1651年在舟山群岛沦陷后，鲁王朱以海在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑成功，不久病死在金门。隆武帝屡议出师北伐，因得不到郑芝龙的支持而无疾而终。1646年，清军攻占浙江与福建，鲁王逃亡海外，隆武帝于汀州逃往江西时被俘，绝食殉国，郑芝龙向清军投降，然而由于其子郑成功反清而被清廷囚禁。朱聿键之弟朱聿鐭在广州受苏观生及顾元镜拥立，即绍武帝，于同年年底被清将李成栋攻灭。同时间桂王朱由榔于广东肇庆称帝，即永历帝。 1646年永历政权获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力以及福建郑成功势力的支持下展开反攻。同时各地降清的原明军将领先后反正，如1648年江西金声桓、广东李成栋、广西耿献忠与杨有光率部反正，一时之间南明收服华南各省。 然而于同年，清将尚可喜率军再度入侵，先后占领湖南、广东等地。两年后，李定国、孙可望与郑成功发动第二次反攻，其中郑成功一度包围南京 ，但最后因内部孙可望叛变及反清势力鞭长莫及与之间的貌合神离最终导致节节败退。1661年清军三路攻入云南，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸， 莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后于8月12日发动咒水之难，杀尽朱由榔侍从近卫， 朱由榔最后被吴三桂所杀，南明亡。
李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。 1662年清军开始攻打，到1664年首领李来亨被杀而亡。郑成功在南京之战失败后退回金厦，于1661年率军攻占荷兰占据的台湾，定都东宁 。其子郑经曾参与三藩之乱，率军参与反攻失利。1683年，康熙帝命施琅进攻明郑。施琅大败刘国轩攻克澎湖，给台湾造成战略威胁，最终郑克塽剃发降清，明朝宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，最后一股抗清势力覆灭。
领土范围
《明史·志第十六》：“计明初封略，东起朝鲜，西据吐蕃，南包安南，北距大碛，东西一万一千七百五十里，南北一万零九百四里。自成祖弃大宁，徙东胜，宣宗迁开平於独石，世宗时复弃哈密、河套，则东起辽海，西至嘉峪，南至琼、崖，北抵云、朔，东西万余里，南北万里。其声教所讫，岁时纳贽，而非命吏置籍，侯尉羁属者，不在此数。呜呼盛矣！“
北方
明初在与蒙古边境一带设置四十余个卫所为边防前线，包括东胜卫、开平卫、大宁卫等皆为明朝边防重地，其走向大致为阴山、大青山、西拉木伦河一线。永乐以后，由于天气转寒，农耕不济，致使边境逐渐南移。明中期，随着蒙古复振，边境再次内迁，并修建长城以防御蒙古，在长城沿线设九边重镇 加强防御，长城也成为当时农耕区与游牧区的界线。
东北
朱元璋设置辽东都司以经营辽东（今辽宁），永乐年间，招抚女真部落，于1409年设置奴儿干都司， 共辖130多个卫所。 1434年废弃，明朝退守辽东，将东北北部防务交与隶属明朝的女真部族，至万历年间该辖区内卫所增加至384个。晚明，后金逐渐取代了明朝对东北的统治，并进占辽东。
东北邻国高丽于元明之际大肆扩张领土，通过招谕、剿杀、驱赶女真部落，使本国疆域不断向北推进，1393年朱元璋内迁铁岭卫 ，默许取代高丽的李氏朝鲜占据鸭绿江以东、图们江以南的地区。
西北
洪武时期，明朝西北疆界抵达今新疆东部哈密地区。15世纪后，西北吐鲁番与青海蒙古部日益强大。1472年，哈密卫城一度被吐鲁番攻破，卫内迁，后复，1514年再度被并。15世纪后，明朝退守嘉峪关。
西南
1370年，吐蕃宣慰使何锁南普等率吐蕃诸部归降 ，后于青藏地区设乌思藏、朵甘卫指挥使司，采取广行招谕、多封众建、因俗以治的治藏政策。 在完成藏区的统一后，明廷开始要求贡马作赋，强调“民之有庸，土之有赋，必不可少”。 1407年，明成祖派遣刘昭、何铭等人前往藏区设立驿站、安抚军民 ，1414年，又遣中官杨三宝往藏区招谕各土官恢复驿站 ，经多年努力终使往来西番的驿道安全畅通。
1382年，明军平定云南全境，除正式府州外另设有三宣六慰 ，永乐年间増设底兀刺、大古刺、底马撒三个宣慰司 ，统治范围包括今缅甸、老挝大部及泰国西北部抵达孟加拉湾，中后期这些地区多因鞭长莫及所弃或为周边国家所并。
1406年，明军进攻安南，南限达到日南州一带。次年设置交趾布政使司，安南正式成为明朝的一个行政区，下设府十五、州四十一、县二百零八，共得户三百一十二万。 后因当地势力反抗激烈，1427年明朝罢交趾布政使司，放弃安南。 安南再次脱离中国独立，建立后黎朝。
东南
1553年葡萄牙租借澳门，获得停泊船只权，1557年取得居留权，葡萄牙人要向明政府交付租金，明朝依然拥有澳门主权。
1624年荷兰殖民者进入台湾南部，筑热兰遮城。1626年西班牙殖民者进入台湾北部。1642年荷兰赶走西班牙，占领台湾大部。1661年，郑成功进攻台湾，次年驱逐荷兰人，攻占台湾。
行政区划
1376年（洪武九年）改行省为承宣布政使司，但习惯上仍称“省”。1370年于各省设置一都卫，1375年改为都指挥使司。1428年弃安南后，明朝在全国设置两京十三使司，包括京师（北直隶）、陕西、山西、山东、河南（以上为北五省）、南京（南直隶）、浙江、江西、湖广、四川（以上为中五省）、广东、福建、广西、贵州、云南（以上为南五省）。共设置16都司、5行都司、2留守司。其中十三个是与布政使司同名的都司，其它三个是万全都司、大宁都司和辽东都司。
明代行政区划五行都司是陕西（治甘州卫，今张掖）、四川（治建昌卫，今西昌）、湖广（治郧阳卫，今湖北郧县）、福建（治建宁府，今建瓯市）、山西（治大同府）。两留守司是洪武年间设置的中都留守司（今凤阳）和嘉靖年间置于承天府（今湖北钟祥）的兴都留守司。
此外，在政教合一的青藏地区设有乌思藏都司、朵甘都司；在东北女真部落设奴儿干都司，下辖131卫，至万历年间增至384卫；另有置于今甘肃、青海、新疆交界地区的哈密、沙州、曲先等八卫，以上均属羁縻卫所，与内地的都司、行都司性质不同。 明朝最后有140府，193州，1138县，493卫，359所。
内阁
明朝初期名臣1380年明太祖罢中书省，废丞相等官。在废除丞相后，朱元璋亲理政务，一度力不从心，故设立四辅官来辅佐政事，但这项制度效能不彰，洪武十五年七月被废。十一月，仿宋制，置华盖殿 、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，又设文华殿大学士，以辅导太子，品秩皆为正五品。明成祖登基后，特派解缙、胡广、杨荣等入午门值文渊阁，参预机务，由此成立内阁。 内阁只为皇帝的顾问，奏章的批答为皇帝的专责。内阁大学士一职多以硕德宿儒或朝中大臣担任，只照皇帝意旨写出，称“传旨当笔”。明仁宗增置谨身殿 大学士。宣宗时期，由于杨溥、杨士奇、杨荣等三杨入阁，宣宗批准内阁在奏章上以条旨陈述己见，称为“票拟”制度。明初，内阁无实权。之后内阁地位逐渐升高，权限逐渐增大，到明世宗时，内阁终跃至六部之上。嘉靖以后，朝位班次，俱列六部之上。自此，内阁成了中央最高的的决策机构。
六部
明朝在中央和南京各设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，取消中书省。六部因此地位得到了提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以吏部 最为重要，户部人员最多。礼部 与工部 地位较低，而在南京六部除兵部 、户部 外，其他四部基本没有没有实权，是被排挤出中央的官员的“养老之地”。
监察机构
太祖尚为吴王时，始置御史台，设左、右御史大夫各一名。洪武十三年，
明朝中后期名臣罢御史台。十五年更置都察院，设监察都御史八人。分监察御史为浙江、河南、山东、北平、山西、陕西、湖广、福建、江西、广东、广西、四川十二道，各道置御史三到五名，称为十二道监察御史。监察御史都驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。永乐元年，改北平道为北京道。十八年，罢北京道，增设贵州、云南、交趾三道。洪熙元年，称行在都察院。宣德十年，罢交趾道，始定为十三道。正统中，去“行在”字。
六科
六科，负责侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事。洪武六年，设给事中十二人，秩正七品，始分为六科，每科二人。洪武二十四年，更定科员，每科都给事中一人，正八品。六科官职品级虽低，然职权很高。他们有“封驳权”，可以不赞成皇帝的意旨。该制度发挥了一定的改善朝政作用。
五寺
五寺包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺和鸿胪寺。大理寺与刑部和都察院合为三法司，其职权与今日之最高法院相似。大理寺的首长称为大理寺卿，九卿之一。其余四寺卿职权较低。太常寺负责祭祀礼乐，隶属于礼部；太仆寺管理马匹，隶属于兵部；光禄寺负责寿宴、进贡等，隶属于礼部；鸿胪寺负责朝会、宾客（外吏朝觐，诸蕃入贡）、吉凶仪礼。
厂卫机构
明朝文、武将补服明朝主要的情报机构包括锦衣卫、东厂和西厂，武宗时期还一度设有内行厂。 锦衣卫设立于洪武十五年，负责侦查国内外情报，直接对皇上负责，拥有可以逮捕任何人，并进行秘密审讯的权利。东厂成立于永乐十八年，主要职责就是监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，东厂可以直接逮捕、审讯；而对于担任政府高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。 西厂设立于明宪宗时期，首领为汪直。1482年后被废。其后又被武宗短暂恢复。内厂设于明武宗时期，任务是牵制锦衣卫、东厂和西厂的权利，防止它们三个机构相互勾结权利的扩展，是朱厚照为政的另一种手段。首领为宦官刘谨，刘谨伏诛后，内厂与西厂同时被废，仅留东厂。
其它机构
太师、太傅、太保为三公，明仁宗之后，三公皆为虚衔，为勋戚文武大臣加官、赠官。太子太师、太子太傅、太子太保，只有永乐年间明成祖以姚广孝专为太子太师，留辅太子，自是以后，终明一代皆为虚衔。 他们名为辅导太子，但实际上辅导太子的机构是詹事府。詹事府下设两坊、一局、一厅。此外还有太医院，太医院附属有生药库和惠民药局。二十四衙门（十二监、四司、八局，由宦官所担任）。亲军上直二十六卫，除锦衣卫设有南北两个镇抚司，其他二十五卫各设有一个镇抚司，已上俱不属五军都督府管辖。女官，洪武五年，定为六局一司。永乐后，职尽移于宦官，只保留少数女官。
法律
大明律第一次提出了“法律面前人人平等”的原则，明孝宗的修律，更将“不因言杀人”写入律法。大明律是西方启蒙运动时期备受推崇的法律奠基，近代的欧美法系和大陆法系，都从大明律中受益颇多。
卫所制为在全国各地军事要地设立卫所驻军，卫有军队五
明朝皇帝御图集千六百人，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事从征调发，无事则还归卫所。军队来源为世袭的军户，由每户派一人为正丁至卫所当兵，军人在卫所中轮流戊守以及屯田，屯田所得以供给军队及将官等所需。其目标在养兵而不耗国家财力，但明宣宗以后渐无法维持，军人生活水平及社会地位日渐低下，逃兵也逐渐增加，军备因此逐渐废驰 。
在嘉靖年间，应付倭寇之乱时，将领戚继光在浙江地区采用招募民兵加以训练的方式，来取代不堪的卫所兵。正因为明朝正规军卫所军的不堪用，故这些民兵，成为在明朝后期逐渐担负起维持明朝有效统治的作战部队，而其中最为有名的就是戚继光的召募以浙江人为主的戚家军、李成梁李如松父子麾下的辽东铁骑及袁崇焕所召募以辽东人为主的关宁铁骑 。
农业
明代中后期，农产品呈现粮食生产的专业化、商业化趋势。江南广东一大片原来产粮区由于大半甚至八九成都用来生产棉花甘蔗等经济作物而成为粮食进口区，其它一些地方则靠供给粮食成为商品粮食出口区。
长江三角洲一带是当时桑、棉经济作物和手工业最发达的地步，常思患粮食不足……区域内调剂甚繁。但整个区域仍有不足，须由湖北，江西，安徽运入，所谓“半仰食于江、楚、庐、安之栗”。
一般粮食作物的种植，主要有稻、麦、粟、梁、黍、菽等多种谷类；某些本来可以自给的区域，由于手工业的发展，非农业人口的剧增，或经济作物种植面积的不断扩大，使本地生产粮食不能满足需求，因而每年需从外地输入大量粮食。
不少土地主缙绅也逐步将资金投向工商业，“富者缩资而趋末”，以徽商、晋商、闽商、粤商等为名号的商帮亦逐渐形成，并在一定地区和行业中有着举足轻重的地位。农业人口转为工商业者的数量急增。
工商业
明朝无论是铁、造船、建筑，还是丝绸、纺织、瓷器、印刷等方面，在世界都是遥遥领先，产量占全世界的2/3以上，比农业产量在全世界的比例还要高得多。明朝民间的手工业不断壮大，而官营却不断萎缩。
明朝以较短的时间完成了宋朝手工业从官营到私营的演变，而且变化得更为彻底。迄至明朝后期，除了盐业等少数几个行业还在实行以商人为主体的盐引制外，一些手工业都摆脱了官府的控制，成为民间手工业。
晚明时中国民间私营经济力量远比同期西方强大，当英国商人手工场业主拥有几万英镑已算巨富时，明朝民间商人和资本家动用几百万两的银子进行贸易和生产已经是很寻常，郑芝龙海上贸易集团的经济实力达到每年收入数千万两白银，当时荷兰的东印度公司根本无法与之相抗衡。
城市化
在商业都市的发展规模、人口城市化状况和市场化程度方面：16世纪的欧洲城市规模较小，1519年至1558年时期，拥有2万至3万人口即可称为“大城市”。从城市规模和人口比例看，晚明中国的城市化程度反倒稍高一些。 据伊懋可的数据，中国城市人口在明朝末年占到总人口的6%至7.5%。据曹树基的估计，1630年时中国城市化率已达到8%。
人口
明代户口峰值出现在晚明，但对于具体时间与人口数，不同学者有不同说法。易中天认为明末人口六千余万 ；赵文林、谢淑君认为明朝于1626年达到人口峰值，实际人口大约一亿人左右 ；王育民认为万历年间明朝人口达到峰值，实际人口在1.3亿人至1.5亿人之间 ；何炳棣认为1600年实际人口达1.5亿 ；葛剑雄认为1600年明朝实际人口大约有1.97亿人 ；曹树基认为1630年明朝达到人口峰值，实际人口大约有1.9251亿人，1644年实际人口约有1.5247亿人 ；而英国经济学家安格斯·麦迪森则认为1600年明朝实际人口大约有1.6亿人 。
年代
户数
口数
备注
洪武十四年（1381年）
10654362
59873305
洪武二十六年（1393年）
10652870
60545812
实际人口达七千万
永乐元年（1403年）
11415829
66598337
永乐二年（1404年）
9685020
50950470
成化十五年（1479年）
71850132
弘治四年（1491年）
9113446
53281158
弘治十五年（1502年）
10409788
50908672
弘治十七年（1504年）
10508935
60155835
万历六年（1578年）
10621436
60692856
泰昌元年（1620年）
9835426
51655459
-
注：本表数据出自《明史》、《明实录》。
思想
哲学思想上，王阳明继承陆九渊的“心学”并发扬光大，他的思想强调“致良知”及“知行合一”，并且肯定人的主体性地位，将“人”的主动性放在学说的重心。 而王阳明的弟子王艮更进一部的强化此方面的论述，提出“百姓日用即道”，肯定平民百姓日常生活的意义，而李贽则更肯定“人欲”的价值，认为人的道德观念系源自于对日常生活的需求，表现追求个体价值的思想。因西学东渐使科学精神与实学风尚也开始流行。明末伴随着朝代的更替与异族的侵略，哲学家开始更多思考现实问题与政治改良，如王船山、黄梨洲、顾亭林等。
晚明书院的兴盛冲击了官学的地位，许多知识分子利用在书院讲学之际借机批评时政，如曾讲学于东林书院的顾宪成及高攀龙，就常讽刺时政，也使东林书院成为与当权派对抗的中心，进而导致东林党争。当时学者也会借用寺庙周边的空地举行“讲会”，倡导新的思想价值与人生观。
明代书院的自由探讨辩论学风，是当时最开明进步的学术交融方式，在古老的中国书院里，不同流派的思想可以在此平等交流。明朝人视学阀为耻，将以权力压制民意视为卑劣，即使是高高在上的皇帝，权倾朝野的大首辅也不例外。
文学
文学方面，中国小说史上的四大名著中的三部——《西游记》、《水浒传》、《三国演义》与小说《金瓶梅》就是出于明朝。冯梦龙加工编辑的三部白话短篇小说集“三言”（即《喻世明言》《警世通言》《醒世恒言》）每部四十篇，共一百二十篇，主要是描写青年爱情故事以及平民市井生活，最著名的如《杜十娘怒沉百宝箱》、《金玉奴棒打薄情郎》、《转运汉巧遇洞庭红》等；与“三言”类似每部四十篇的短篇小说集还有凌蒙初编著的“二拍”以及1987年才被发现的《型世言》（陆人龙编著）。传统雅文学的发展在明代继续发展，著名文人有刘基、宋濂、高启、方孝孺、唐寅、归有光、徐渭、王世贞、袁宏道、钱谦益、张岱、吴伟业等人。散曲家则有王磐、冯维敏、薛论道、陈译、康海等人。
万历时期，猛烈反对前后七子的拟古主义，有以公安袁宗道、袁宏道与袁中道为代表的公安派。他们认为文学是随着时代的变化而变化的，有各个不同的时代，即有各种不同的文学。竟陵钟惺、谭元春为代表的竟陵派主张独抒性灵，并且乞灵于古人，目的为“引古人之精神以接后人之心目，使其心目有所止焉，如是而已矣”。
小说
明代文学以小说达到的艺术成就最高，创作了大量的以历史、神怪、公案、言情和市民日常生活为题材的长篇章回小说和短篇的话本、拟话本。长篇小说中的《三国演义》、《水浒传》和《西游记》，堪称文学巨著。出现于明中叶的《金瓶梅》，也是一部著名的长篇小说。
明代短篇小说的创作也很兴盛。一些文人加工改写了宋元话本，还创作拟话本。“三言”、“二拍”就是这种话本和拟话本的代表作。
戏曲
明前期，元代以来绚丽的杂剧奇葩一度中衰。明中叶后，随着城镇经济的繁荣，为群众所喜闻乐见的戏曲又出现了新的发展，产生了许多具有进步意义的作品。明代剧作中最负盛名的是《牡丹亭》。
在明代，流行的戏曲唱腔中，主要有弋阳腔和昆山腔（昆腔）。昆腔本局限于吴中。嘉靖年间，著名音乐家魏良辅对昆腔进行改革，使它既集中表现了南曲的清柔婉转的特点，又保存了部分北曲激昂慷慨的声腔，成了当时最有影响的一种戏曲音乐。
书法
明朝朝廷极力推崇书法，明朝书法以行书和草书为主。明初书法陷于台阁体泥沼，沈度学粲兄弟推波助澜将工稳的小楷推向极致，“凡金版玉册，用之朝廷，藏秘府，颁属国，必命之书“。二沈书法被推为科举楷则，于是台阁体盛行。明中期吴中四家崛起，书法开始朝尚态方向发展。祝允明、文征明、王宠与唐寅是这个时期的代表，书法开始迈入倡导个性化的新境域。晚明书坛兴起一股批判思潮，书法上追求大尺幅，震荡的视觉效果，有名的有张瑞图、黄道周、王铎与倪元瑞等。
诗文
明代诗文数量却浩如烟海，不仅作家众多，而且各成流派。永乐至正统年间，文坛上出现了以内阁大学士杨士奇、杨荣、杨溥为首的“台阁体”诗派。明中叶，在反对台阁体冗沓文风的斗争中，先有弘治、正德年间的李梦阳、何景明为首的“前七子”崛起，继而又有嘉靖、万历间李攀龙、王世贞为首的“后七子”雄踞文坛。他们以复古为号召，主张“文必秦汉，诗必盛唐”。 当前、后七子复古运动兴起时，文坛上又相继迭起“唐宋派”和“公安派”。
绘画
明代绘画精选明初，宫廷画家居画坛主流。15世纪中叶，江南沈周、文征明、唐寅、仇英“吴门四大家”崛起。他们广泛吸取了唐、五代、宋、元诸派之长，形成了各具特殊风格的绘画艺术，又被后世称为“明四家”。嘉靖时，杰出画家徐渭，自辟蹊径，创泼墨花卉。万历年，吴门画家张宏开启实景山水写生之先河，在继承吴门画派风格和特色的基础上加以创新，画面清新典雅，意境空灵清旷（《明画录》记载）。明末还有人物画家吴彬、丁云鹏、陈洪绶、崔子忠、曾鲸，花鸟画家陈淳等。
天文、气象
十四世纪中叶的《白猿献三光图》（作者不详）载有132幅云图，并与天气变化联系起来，绝大部分与现代气象学原理相一致。（欧洲到1879年才出版只有十六幅的云图。）
1383年南京设京师观象台1439年造浑天仪置北京（1900年被八国联军德国劫走，1921年索回，置南京紫金山天文台）。
1442年北京设观象台。
1446年建晷影堂（位于北京古观象台西南侧）。
1607年李之藻撰《浑盖通宪图说》刊行 。
1617年张燮著《东西洋考》记载海洋占候等的详细资料。
1634年正式安装中国第一架天文望远镜：“筩”（yong）。
1643年出版《崇祯历书》。
数学、物理
1450年吴敬撰《九章算法比类大全》。
1524年王文素著成54卷总计1500多问近50万字《新集通证古今算学宝鉴》。
1584年朱载堉著《律吕精义》出版。
1592年程大位撰《算法统宗》最早记载使用珠算方法开平方和开立方。1606年徐光启与利玛窦开始合译《几何原本》。
1613年李之藻据西人克拉维斯《实用算术概论》和中国程大位《算法统宗》编译而成《同文算指》。
1637年，宋应星在《论气·气声》中对声音的产生和传播作出了合乎科学的解释，认为声音是由于物体振动或急速运动冲击空气而产生的，并通过空气传播，同水波相类似。
方以智在《物理小识》卷2中提出：“宙（时间）轮于宇（空间），则宇中有宙，宙中有宇。”提出了时间和空间不能彼此独立存在的时空观。在《物理小识》卷1中正确地解释了蒙气差（即大气折射）现象。
民间光学仪器制造家孙云球制造放大镜、显微镜等几十种光学仪器，并著《镜史》（已佚）。
医学
1406年，朱棣等主持收集编成《普济方》（载方六万一千七百三十九个，是中国现存最大的一部医方书）。
1567年在宁国府太平县试行中国人痘接种方法预防天花。（种痘预防天花是人工免疫法的开端，是医学史上的重大成就。十七世纪中国种痘技术已相当完善，并已推广到全国。中国种痘法于十七世纪初传入欧洲）。
1596年李时珍著《本草纲目》在南京正式出版刊行同期问世的还有《濒湖脉学》《奇经八脉考》等 。
1601年，杨继洲著《针灸大成》 。
1617年，陈实功著《外科正宗》（收集了大量有效方剂。他注重实践，勇于革新，创造性地进行了截趾（指）、气管缝合等外科手术，对中国外科学作出了贡献。书中对一些肿瘤也作了论述）。
1624年张景岳撰《类经》刊行，同年，景岳再编《类经图翼》和《类经附翼》 。
1640《景岳全书》64卷成书 1641年吴有性撰《瘟疫论》王夫之在《思问录·外篇》中提出了关于生物体的新陈代谢的观念，他说：“质日代而形如一，……肌肉之日生而旧者消也，人所未知也。人见形之不变而不知其质之已迁，……”
农学
1376年，俞宗本著《种树书》（记载了多种树木的嫁接方法，如桃、李、杏的近缘嫁接和桑、梨的远缘嫁接等）。
1406年，朱橚《救荒本草》问世（收集四百一十四种可供食用的野生植物资料，载明产地、形态、性味及其可食部分和食法，并绘有精细图谱）。
1547年马一龙著《农说》（记载了水稻的精耕细耘、密植、育苗、移栽等的种植经验，是中国第一部运用哲学观点来阐述农业技术的著作）。
1596年屠本畯（jun）著中国现存最早的海洋生物专著《闽中海错疏》（记载了沿海一带以海生无脊椎动物和鱼类为主的二百多种水族生物的形态和生活习性等）。
1608年，喻仁（喻本元）、喻杰（喻本亨）合著《元亨疗马集》（著名的兽医学著作，内容包括对马、牛和骆驼的治疗经验，现今仍有实用价值）。
1617年赵蛹著《植品》（有关西红柿的种植技术等） 。
1628年徐光启撰《农政全书》。
地理
1405－1431年郑和率大型远洋船队到达西洋
三十余国；1425年《郑和航海图》编成。
1536年黄衷著《海语》（记录东南亚史地与中国南洋交通情况）。
1565年胡宗宪编《筹海图编》记录中日交通及抗倭事。
1589年出现最早的世界地图《坤舆万国全图》 。
1639年顾炎武开始编著《肇域志》、《天下郡国利病书》。
明末时期的徐霞客开始著《徐霞客游记》。
化学、冶炼及化工
1521年四川嘉州(今乐山)凿成深达数百米的石油竖井。
1596年《唐县志》记载以火爆法的采矿技术。
1596年，李时珍在《本草纲目》中记载了二百七十六种无机药物的化学性质以及蒸馏、蒸发、升华、重结晶、沉淀、烧灼等技术 。
1637年，宋应星在《天工开物》中记述冶炼技术时，把铅、铜、汞、硫等许多化学元素看作是基本的物质，而把与它们有关的反应所产生的物质看作是派生的物质，从而产生化学元素概念的萌芽。 《天工开物》中记载了我国古代冶金技术的许多成就，如冶炼生铁和熟铁（低碳钢）的连续生产工艺，退火、正火、淬火、化学热处理等钢铁热处理工艺和固体渗碳工艺等。
方以智在《物理小识》卷7中记载了炼焦炭的方法：\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\"煤则各处产之。臭者，烧熔而闭之。成石，再凿而入炉，曰礁。\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\"欧洲到西元1771年才开始炼焦。
全面发展科学的设想
徐光启重视演绎推理，并特别把重点放在数学上，认为数学是其他一切自然科学和工程学的基础。徐光启在1629年 即成立西局同年的七月二十六日，给崇祯帝上奏《条议历法修正岁差疏》中说“盖凡物有形有质，莫不资与度数故耳”，提出“分曹”料理，即分学科研究的思想，并论述数学和其他科学的关系，及数学在生产实践中作用。 他认为数学是“从用之基”，提出“度数旁通十事”：治历、测量、音律、军事、理财、营建、机械、舆地、医药、计时。在他掌管的“历局”内开展以数学为根本，兼及气象学、水利工程、军事工程技术、建筑、机械力学、大地测量、医学、算学及音乐等学科的研究工作。 历局有了科学研究机构的雏形。崇祯帝对此积极反应和支持，下旨批示“度数旁通，有关庶绩，一并分曹料理，该衙知道”。徐光启开创的“格物穷理之学”有李之藻、李天经、孙元化、王徵，其后又有方以智，王锡阐等发扬。
朝贡体系和万国来朝
明朝建立后逐步恢复了唐宋时期的朝贡制度，到明成祖时期开创万国来朝的外交局面。
郑和下西洋
为宣扬国威和加强与海外诸国的联系， 明成祖派郑和出使西洋。从1405年到1433年，郑和七次航海，访问过亚非30多个国家和地区，最远到达红海沿岸和非洲东海岸地区 。又派遣吏部验封司员外郎陈子鲁出使撒马儿罕、吐鲁番、火州等西域十八国，加强了明朝同世界各国的经济政治上的往来，为中国走向世界做出了贡献。
海禁与抗倭
元末明初开始
随着元朝海军的灭亡，明朝前期后海军的弱化，日本的武士、商人和海盗，经常骚扰中国沿海地区，被称为倭寇。 为防倭寇，朱元璋颁布了海禁政策。 明朝中期，朝廷误以为“倭患起于市舶，遂罢之” 。那时候，明显发展的私人海外贸易，受到严厉限制。中国东南沿海的一些奸商，与倭寇相勾结，共同走私、抢掠分赃，倭患愈演愈烈。
明朝派戚继光到浙东抗倭。他率领戚家军，在台州九战九捷，取得抗倭斗争的重大胜利。 后来他又率军开赴福建、广东，与另一位抗倭名将俞大猷连续重创倭寇。到1565年，东南沿海的倭寇基本剿清。
倭寇平息后，朝廷有鉴于对外贸易对沿海居民的重要性，逐步解除海禁，使民间走私贸易逐步正当化，国际贸易使中国进入了逐渐成形的世界贸易体系之中。
万历援朝战争
丰臣秀吉统一全日本后，意欲占领李氏朝鲜。 1592年 ，日本进攻朝鲜，朝鲜国王逃到义州并派使节向明朝求救。最终明军取得了战争的胜利，中日进行和谈。但1597年 后，日本再次进攻朝鲜。1598年 ，丰臣秀吉去世，日军退回日本，撤退途中，明朝派遣老将军邓子龙，和朝鲜的海军主将李舜臣一起对抗日本。尽管李舜臣的“龟船”在战争的过程中发挥了极大的威力，但邓子龙还是不幸战死殉国。经此次血战，日军基本被全歼。 而万历朝鲜战争是明朝最后的辉煌，保证了东亚三百年的和平，明朝也因此元气大伤。
中西交流
16世纪，新航路开辟以后，葡萄牙人于1511年占领了马六甲，愈甚渴望对中国的往来。1513年 ，葡萄牙国王派出一支对华使团前往中国，并在广州登陆，希望与明政府建交。后来经过几次海战，葡萄牙战败，明朝皇帝同意葡萄牙人在澳门开设洋行，修建洋房，并允许他们每年来广州“越冬”。这是西方国家第一次正式性的登陆中国并接触中国。
德祖
（太祖朱元璋追尊）
玄皇帝
（太祖朱元璋追谥）
懿祖
（太祖朱元璋追尊）
恒皇帝
（太祖朱元璋追谥）
熙祖
（太祖朱元璋追尊）
裕皇帝
（太祖朱元璋追谥）
仁祖
（太祖朱元璋追尊）
淳皇帝
（太祖朱元璋追谥）
兴宗
（惠帝朱允炆追尊，成祖朱棣时剥夺）
孝康皇帝
（惠帝朱允炆追谥，成祖朱棣时剥夺，复称懿文太子）
懿文太子
（南明弘光帝朱由崧追尊）
嗣天章道诚懿渊功观文扬武克仁笃孝让皇帝
（南明弘光帝朱由崧追谥）
恭闵惠皇帝
（清乾隆帝弘历追谥）
太宗
（初上庙号太宗）
成祖
（嘉靖帝朱厚熜改上庙号）
启天弘道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝
代宗
（南明弘光帝朱由崧追尊）
符天建道恭仁康定隆文布武显德崇孝景皇帝
（南明弘光帝朱由崧追谥）
恭仁康定景皇帝
（成化帝朱见深及清朝追谥）
朱祁镇
（复辟）
睿宗
（嘉靖帝朱厚熜追尊）
知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭简敬文献皇帝
（嘉靖帝朱厚熜追谥）
达天禅道敦孝笃友章文襄武靖穆庄勤悊皇帝
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（顺治十六年清朝去庙号）
庄烈愍皇帝
（顺治十六年清朝改谥）
思宗
（南明弘光帝朱由崧尊）
绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝
（南明弘光帝朱由崧谥）
毅宗
（弘光元年二月改上庙号）
献愍太子
（南明弘光帝朱由崧追谥）
悼皇帝
（南明鲁王朱以海监国时追谥）
注：明太祖孝陵位于南京紫金山南麓，惠宗葬处不明，景泰陵位于北京海淀区玉泉山北麓，弘光陵在河南洛阳孟津东山头村，隆武陵位于福州罗汉岭，永历陵位于贵州都匀高塘山，明显陵位于湖北钟祥市，其余十三位皇帝陵墓位于北京昌平县天寿山明十三陵。
公元1401年
公元1639年
公元1438年
公元1611年
公元1627年
公元1416年
公元1471年
公元1417年
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