１６世纪，欧洲宗教改革运动风起云涌，猛烈地冲击着罗马天主教会在欧洲的统治。面对宗教改革潮流，罗马教廷也采取了一些自我革新措施，耶稣会就是在这样的背景下诞生的。为改变天主教在欧洲的困难局面，罗马教廷派遣耶稣会士前往中国传教，以扩大天主教的信仰领地及在东方的影响。

在南京教案（１６１６年）以前，中间也有一些教士被当地人民围殴、侮辱、住宅被捣乱、被抓坐牢、被驱逐出境等事件发生。但这都仅属于地方性的事件，影响范围不大，而且很快就平息了。但南京教难却不同，这事在利玛窦死后第六年发生，断断续续维持了好几年，后果是颇为严重的。

１６１９年７月１５日，汤若望和他的教友们抵达了澳门，被安置在圣·保禄学院里。传教士们一踏上中国土地，便开始精心研习中国语言文化，甚至以掌握北京官话为目标。这些西方修士入乡随俗，脱下僧袍，换上儒服，住进中式房屋，并潜心研究中国经史和伦理，寻找其中东西方文化的融合点。

在同朝野名流交往的过程中，这些上通天文，下知地理，又熟读汉文典籍的西方传教士，自然赢得了中国文人士大夫的好感和信任，从而达到其传播信仰的目的，这就是利玛窦开创的“合儒超儒”的传教策略。但有些狂热的传教士们，认为利玛窦过于迁就中国人，影响了天主教的“纯正性”，发展教徒速度太慢。在利玛窦去世之后，开始改变利氏的传教路线，采取激进式的传教方式，坚决排斥儒家思想，严禁中国教民祭天、祭祖、拜孔子，激起了社会人士的反感与怀疑，酿成“南京教案”，传教士们被驱逐，在中国内地几乎无立足之地。

南京教案的经过是由当时南京的礼部侍郎沈灌发起的，他一向偏爱佛教，对基督教毫无好感，并且带动一班仇视基督教的人，常常逼迫基督徒。

在利玛窦死后，他便蠢蠢欲动，想起来排除基督教。１６１６年沈灌连上三张奏书给皇帝明神宗，沈灌告传教士的罪状主要有三方面：

一、控告传教士送礼物给中国人是为了收买人心，以致在适当时候可以倾覆中国。

二、传教士曾帮助中国修历，推算日蚀、月蚀等日期。沈灌认为传教士以西洋方法治历，违反尧舜一向的做法，是有意变乱中国传统。

三、沈灌指控传教士破坏儒家文化，教导人不拜祭祖先，这更是中国人不能容忍的。

沈灌上书皇帝后，皇帝并无反应，因上书理由不足，欠缺力量。加上中国信徒徐光启为传教士辩护，皇帝原本也不信沈灌的胡言，事情就不了了之。

但沈灌一再上奏，引起各地群众排教。朝廷在压力下，只好下令“禁教”，勒令将传教士驱逐出境。于是传教士有些被杀，有些下在监里，日后又驱逐出境。这时传教士大多撤退到澳门，有些则躲在信徒家中，不能再公开传福音。在外表上教会活动看似停止了，但暗地里工作却未停止。不过这次南京教案，确实带给了教会一定的损失和限制，数年后，教案就平静了。明朝最后的一位皇帝崇祯皇帝，因推算日、月蚀的士大夫屡屡出错，令崇祯十分不满，于是又准许传教士进中国，天主教在中国又再度活跃起来了。

明朝被推翻后，满清入主中国，朝代的改变，并没有影响天主教在中国的发展。南京教案后七、八十年之间，天主教基本上的发展是很顺利的。当时中国十几个主要省份都建立了教堂，信徒人数达一百二十万。但就在教会顺利发展时，传教士之间在礼仪问题上，却产生了很大的争论，使教会受到很大的影响和打击。