司马氏起源
《晋书》云︰司马姓其先出自帝高阳之子重黎，为夏官祝融，历唐、虞、夏、商，世序其职。及周，以夏官为司马。其后程伯休父，周宣王时，以世官克平徐方，锡以官族，因而为氏。楚汉间，司马仰为赵将，与诸侯伐秦。秦亡，立为殷王，都河内。汉以其地为郡，子孙遂家焉。自仰八世，生征西将军钧，字叔平。钧生豫章太守量，字公度。量生颍川太守俊，字元异。俊生京兆尹防，字建公。帝（司马懿）即防之第二子也 。
如司马朗、司马懿及司马孚等兄弟共八人，时人称“八达”。其中司马懿具有政治及军事才略，在曹魏后期抵御蜀汉北伐及平定辽东，成为了魏国重臣 。239年魏明帝去世，司马懿与曹爽受遗共同辅政，但司马懿被曹爽架空。249年发生高平陵事变， 司马懿重夺政权，至此司马氏开始专政。在司马懿去世后，其子司马师及司马昭逐渐巩固司马氏的势力 。此期间发生三次严重的内乱和割据战争，史称淮南三叛，皆被平定，司马氏逐步掌握了执政权。
统一天下
263年，司马昭为了建立赫赫军功，统一中国，命钟会、邓艾及诸葛绪率军伐蜀 ，蜀汉主将姜维阻敌于剑阁 。最后邓艾经阴平直袭涪城，进逼成都。刘禅见大势已去而投降，蜀汉灭亡 ， 史称魏灭蜀之战。及后钟会、姜维意图叛变，但被司马昭立即平定。司马昭胜利后称晋王，但不久去世。其子司马炎继立后于266年建立晋朝，改元泰始，是为晋武帝，定都洛阳，史称西晋 。
晋武帝施行了一系列进步政策增强国力，发展生产。此时孙吴局势混乱，吴帝孙皓不修内政又穷极奢侈，民心不附 。270年河西鲜卑领主秃发树机能叛 ，次年匈奴刘猛也随之出关。 272年司马炎又派何桢招降李恪平定刘猛叛乱。274年陆抗去世，275年司马炎释放奴婢替代士兵屯田，树机能归降，拓跋部沙漠汗出使晋朝，马循平定鲜卑 。为了防御吴国，司马炎派羊祜镇守襄阳与吴将陆抗对峙 ，派王浚于益州大造船舰。
276年羊祜提议伐吴，遭群臣反对而作罢。277年树机能复叛，司马骏帅文鸯等败树机能，降鲜卑二十万 。沙漠汗被鲜卑旧贵族杀害，卫瓘平定拓跋部内乱。278年羊祜病故，临终推荐杜预镇守荆州。此时司马炎派马隆前往凉州平叛，秃发部众杀树机能降。279年西北之乱始平，王浚、杜预上书司马炎，认为是伐吴的时候了，贾充、荀勖等认为西北未定而反对 。最后司马炎决定于该年12月进攻吴国，史称晋灭吴之战。他以贾充为大都督 ，上游王浚、唐彬军、中游杜预、胡奋、王戎军、下游王浑、司马胄军多路并进。于280年逼近建业，孙皓见大势已去而投降，孙吴灭亡，西晋统一天下，三国时期结束 。
世族兴起
晋朝建立后，曹魏时期压抑的世族在司马懿及陈群羽翼下抬头 ，当时出名的世族有琅玡王祥、荥阳郑冲、陈国何曾、临淮陈骞、颍川荀顗、荀勋、河东卫瓘、河东斐秀、太原王浑、泰山羊祜、河内山涛、京兆杜预等。曹魏时期的清谈，到晋代时许多士大夫纷纷效仿，形成一批置身功名利禄又求出世隐遁的士大夫 。
朝政方面，晋朝在历史上首先建立了门下省，三省制度完善，并且在277年创 建了国子学。由于诸臣在“平吴”与“立嗣”等议题上发生争执，使得党派形成。以侍中任恺为首张华、庾纯、温颙、向秀、和峤等一派，与尚书令贾充为首杨珧、王恂、华廙等为一派相对立，在立嗣上诸臣争执更剧。当时太子司马衷昏庸无能，武帝之弟齐王司马攸较仁孝慧敏。司马骏、卫瓘、和峤等主张废衷立攸，但遭杨皇后和贾充、荀勖等人反对。最终晋武帝仍然不能舍子立弟，遣返司马攸回其封国，齐王忧病而死 。
军事方面，西晋立国后，武帝分封诸王，于277年遣诸王就国，其中一些都督诸州军事。如汝南王司马亮督豫州、楚王司马玮督荆州。统一后，为避免东汉末期诸州割据再度发生，武帝裁撤州郡兵，解除天下武备。分封诸王与去州郡兵是避免权臣专政及地方，显示天下太平。《晋书》山涛传：大郡武吏百人，小郡有武吏五十人，职官志：大国守土百人、次国八十人、小国六十人，整个中原没有常备军防御 。尽管诸侯王名义上可以建立千人的部队，镇守本国，但是晋朝实际没有出现诸侯割据，《晋书》地理志：王不之国，官于京师 。诸王都留居京城，直到琅玡王南渡整个江南没有诸侯王镇守。
贾后乱政
290年晋武帝去世，晋惠帝继位 ，外戚杨骏托孤辅政 ，出汝南王镇守许昌。野心勃勃的皇后贾南风干政。当时杨骏执政，与贾后对立，杨骏为了巩固自身势力，任命其亲信掌管禁军，此举使宗室诸王与某些大臣不满。291年贾后藉由楚王司马玮除去杨骏及其势力 ，任命汝南王亮与卫瓘掌政 。不久贾后利用楚王玮与汝南王亮不合去除汝南王亮及卫瓘，再以伪诏杀楚王玮，任命张华、裴頠及贾模等人掌政 。
至此贾后夺权成功。所幸张华等人同心协力，尽忠职守，政局得以稳固。此时关中羌氐叛，294年匈奴郝散叛，不久平定。296年其弟郝度元以齐万年为首，联合西北马兰羌、卢水胡叛变。299年齐万年之乱平定。江统和郭钦都曾建议将胡族强制迁离，他所著《徙戎论》提出更完整的主张，晋室施行了优待少数民族的政策，代替过去的强制迁徙，但是没有对有野心的分裂贵族采取迁徙和防范措施 。
由于太子司马遹非贾后亲生 ，贾后意图废除。300年太子被贾后污篾谋反，被废。赵王司马伦采孙秀计，挑拨贾后杀掉太子。而后赵王伦联合齐王司马冏以替太子报仇为由发兵去除贾后及其党羽，赵王伦专政 。
八王之乱
301年，赵王司马伦自立为帝，改元建始，惠帝退位为太上皇。三月，齐王司马冏、河间王司马颙、成都王司马颖三王联合常山王司马乂（后封长沙王）伐赵王伦。五月去除赵王伦及其党羽，惠帝复位，齐王冏专政。302年成都王颖及河间王颙派军讨伐齐王冏，长沙王乂联合宫廷将领于京城洛阳响应。齐王冏及其党羽被除，长沙王乂掌政，被外戚羊玄之遥控 。
303年成都王颖联合河间王颙率军攻击洛阳，讨伐羊玄之等人，但被长沙王乂屡屡击败。304年初洛阳城缺粮，宫廷将领逼东海王奏免长沙王乂，开城投降。长沙王乂被河间王颙将领张方杀害，成都王颖迫惠帝立其为皇太弟，河间王颙为太宰，东海王越为尚书令。成都王颖胜利后，班师返邺，政治中心北移 。而后宫廷将领陈轸集结各方兵力，挟惠帝讨伐成都王颖。最后失败，晋惠帝被俘，东海王越逃至其封国东海（今山东郯城北），河间王颙将领张方占领洛阳 。
但不久东海王越的亲弟并州刺史东瀛公司马腾及幽州刺史王浚联合异族鲜卑、乌桓等势力击败成都王颖。张方挟晋惠帝逃至洛阳，拥有关中及洛阳的河间王颙与东海王和解，最后成都王颖被废，河间王颙改立司马炽为皇太弟 。305年东海王越在山东再次起兵，西向进攻关中。306年东海王越攻入长安。河间王颙和成都王颖败走，司马模占领长安。东海王越迎惠帝还洛阳，随后成都王被害，晋惠帝病死，豫章王司马炽继位，是为晋怀帝，由东海王司马越专政。八王之乱至此结束 。
五胡乱华
天灾人祸，少数民族又受到当时士族统治者极端压迫，内迁诸民族乘机举兵纷纷寻求独立谋生，造成五胡乱华 ，永嘉乱后士族百姓纷纷南渡自保。其中“能建邦命氏成为战国者”有十六国，分别是：①成汉、②前赵（汉赵）、③后赵、④前燕、⑤前秦、⑥前凉、⑦后燕、⑧后秦、⑨西秦、⑩后凉、⑾南凉、⑿南燕、⒀西凉、⒁北凉、⒂大夏、⒃北燕。后世由此统称16国诸多列国的那段混乱时期为五胡十六国时期 。
五胡乱华前北方外族分布图，当时外族有匈奴、羯、鲜卑、氐、羌、卢水胡、乌桓、巴人及高句丽人。八王之乱期间，地方势力不断膨胀，少数民族中的分裂分子陆续叛变，氐族李雄在益州逐渐势大，于304年称王，两年后称帝，国号成，与罗尚在巴郡对峙。304年司马颖遭王浚和司马腾围攻，遣匈奴领袖刘渊回并州发兵支援，刘渊乘机宣布独立。308年刘渊称帝，国号汉，割据山西西南部。由于晋朝在中原解除武备，无力平定叛乱，加上严重的自然灾害，严重动摇了统治基础。晋室在八王之乱后面临一场覆亡危机 。
刘渊为了要扩充版图，遣子刘聪攻打洛阳，多次被击败。石勒及王弥掠夺关东各州，石勒吞并王弥，脱离刘渊转战南下 。310年刘渊去世，刘聪杀新帝刘和自立为帝。同年，石勒经宛城、襄阳，掠夺江汉一带，隔年北返。当时关东又有蝗灾，洛阳缺粮，鲜卑拓跋部猗卢等欲派兵防御洛阳，司马越以无粮推辞，并率朝中重臣及诸将东讨石勒，怀帝困于洛阳。
311年晋怀帝与司马越的矛盾爆发 ，密诏苟晞伐之，随后司马越病逝，王衍率军归葬封国。当他东行至苦县（今河南鹿邑县）时，遭石勒袭击，晋军精锐受屠尽亡，重臣降后被杀。此时洛阳空虚，被刘聪、王弥兵攻破，杀害官员百姓三万馀人，掳走晋怀帝，史称“永嘉之祸” 。313年晋怀帝被杀，晋愍帝于长安继立帝位，刘聪派刘曜持续攻打。316年晋愍帝投降，最后受辱被杀，至此西晋亡 。而后，各族陆续在北方建立国家，史称“五胡十六国”。
西晋亡后，在北方尚有多个忠于晋朝的地区，即并州北部刘琨、幽州段匹磾、冀州的邵续、青州的曹嶷、徐龛；东北还有慕容廆、段眷；北方还有代王；西北凉州还有张氏集团。然而，并州刘琨先被石勒击溃，投靠幽州段匹磾。段匹磾则奉东晋王敦密令将刘琨处死，之后段匹磾也被石勒击败。刘聪死后，部将分裂 ，叛逃的多达二十万户，晋军也一度攻打到离其都城不远的绛县，靳准杀刘粲，建立晋藩天王制度，向晋朝臣属，不久遇害。石勒占领了河东，刘曜也抛弃汉旗号 ，两人都自立为赵国。刘曜载记：在凉州张寔去世之后，其弟张茂向前赵的刘曜称臣（张轨传记载张茂未降并打败了刘曜）。与晋朝对立的三个割据势力，在当时占领了晋朝五分之一的国土 。
建立东晋
317年西晋灭亡后，司马睿在建康重建晋朝，谥号为晋元帝，史称东晋 。但晋廷稳定后大量引用侨姓世族（原北方世族），压抑江东世族。然而，由于侨姓世族持续侵犯江南经济并打压南方世族入仕朝廷，使得侨吴世族在政治及经济上的冲突仍在。加上世族对寒族歧视、与朝廷分庭抗礼；中央与方镇对立及野心家的崛起，使得东晋一朝未能统一中国。
世族扰政
晋元帝司马睿原属于东海王越一党，镇下邳。当时江东少受中原战乱影响，晋元帝渡江后倚重王氏，信任王导、王敦，时称“王与马，共天下”。吴姓世族以义兴周氏及吴兴沈氏并为江东二豪，吴郡朱、张、顾、陆四氏居次。303年、305年及310年间江南发生三次叛乱 ，皆由义兴周氏的周玘和顾荣、贺循、纪瞻、甘卓等平定，使江南得以稳定，史称三定江南。307年八王之乱后，司马睿听从王导建议迁镇到建康。南迁后王导以“镇之以静，群情自安”政策稳定政权，他藉由当地名士顾荣、贺偱、纪瞻为引，进而获得吴姓世族的拥护。而后大量北方世族及皇族衣冠南渡，在王导号召下共同支持司马睿，使得江南诸州次第归附，晋怀帝蒙难司马睿被天下推举为盟主，不久被晋愍帝任命为丞相，在江东建立统治 。
东晋统治阶级主要由世族掌权，由于军权外重内轻，不少方镇心怀野心，造成如王敦之乱、苏峻、祖约之乱及桓温专政。此时虽然陆续有北伐以收复失土，因为内部矛盾而始终未能重建巩固的全国统一政权。383年前秦出动举国之师，意图灭亡东晋 。面对亡国之祸，东晋君臣一心，这是成立以来最团结的一次。淝水决战后前秦崩解，谢安、谢玄等人成功的收复大批失土。然而，后期又发生朋党相争及桓玄篡位。由于平民负担沉重，又发生孙恩、卢循之乱。谯纵亦据蜀地自立。最后刘裕崛起，平定诸乱，并夺得皇位，进入了南北朝时期。
东晋初期，王导等人采取镇之以静策略， 以稳定局势。东晋的庄园经济的程度比西晋更重。由于农业技术提升等因素，在侨姓世族与吴姓世族密集开发 下，江南获得全面开发而繁荣兴盛，中国的经济中心也逐渐南移，使得后来有大运河的出现。此外，在手工业和商业方面也有长足进步。
因为北方外患威胁仍在，东晋朝廷赖世族及方镇的支持以稳定局势，这使得不少士族掌握强大的武装形成割据。王敦素来桀傲，有意控制朝廷，晋元帝为了抑制王氏权势，以刘隗、刁协、戴渊等人牵制，并防御王敦，削弱其兵权。 王敦利用祖逖去世、京城防御不足，于322年发兵，攻陷建康。刁协等人被杀，史称王敦之乱。晋元帝忧愤而死，太子绍继位，是为晋明帝。当时王敦欲专权，移镇姑孰（今安徽当涂县），但于324年病危。晋明帝下令讨伐，平乱成功，由于王导未附逆，所以王氏仍受晋室重用 。
325年晋明帝去世，太子衍继立，是为晋成帝。由王导及外戚庾亮辅政 。当时军事重镇分由陶侃镇守荆襄地区及由苏峻及祖约等镇守淮南地区。陶侃怀疑因为庾亮的干预，使得未能辅政而感到不满。庾亮为了提防陶侃，任温峤镇守武昌 。由于苏峻及祖约对庾亮巩固中央的政策感到不满，于327年反叛。次年苏祖联军攻陷京师，胁持晋成帝，庾亮逃至寻阳（今江西九江市），史称苏峻之乱。此时陶侃观望，经温峤力劝之下决定讨伐苏峻。苏峻迎战阵亡，329年陶温联军收复京师，平乱成功。事后庾亮请罪，外调镇芜湖，朝廷由王导执政。334年陶侃去世，庾亮代之，仍遥控朝廷，与王导交恶。339年后王导与庾亮先后去世，由庾翼执政，掌握荆州军权 。
北征五胡
在东晋成立后，南迁的晋人莫不希望发动北伐，收复在北方沦陷的家园。但由于世族已安居江南，南方丰富的资产使得重返北方的意愿不高。但是东晋建立后，依然进行了多次的北伐 。 东晋初期，朝廷采取以攻为守态度抵御北方 。317年祖逖意图北伐，晋元帝给予充分支持，不仅从库存数千匹布帛中取出三千匹支援，晋元帝命祖逖相机收复中原。他招募流民建立军队北上，晋元帝还先后派自己的次子和司马飏出兵配合祖逖 ，并与当地坞堡合作，最后成功收复黄河以南领土，与石勒隔河相持。
但由于东晋发生内乱，朝廷于321年派戴渊为征西将军，都督各军守寿阳，镇西将军祖逖不愿隶属其下，修武牢沿黄河防御，又得知朝廷内部王敦和刘隗矛盾重重，忧愤而死。王敦因为祖逖去世而不必顾虑遂叛变 。祖逖军由其弟祖约率之，最后也随苏峻叛变。由于晋朝内部矛盾，失地得而复失。晋成帝时则由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他们以荆州为中心，意图发动北伐。但是因被抵制，所以没有实现统一。庾氏兄弟相继去世后，朝廷先后由褚裒、殷浩、谢尚、桓温、司马勋等多次北伐 。
346年晋穆帝时，桓温、周抚、司马无忌、毛穆之、袁乔等讨伐成汉，次年讨灭。349年石虎死，晋廷派褚裒北伐，失败。桓温多次破坏北伐，在褚裒北伐失败后引军东下武昌与殷浩争权。晋廷不许，改以殷浩、司马勋、谢尚负责北伐。352年殷浩联合羌将姚襄北伐前秦，被苻健击败。次年殷浩再度北伐，为姚襄所袭，殷浩被桓温弹劾罢免。354年桓温伐前秦，但由于苻健采坚壁清野战术 ，桓温又态度消极不进，最后晋军缺粮而撤退 。356年，桓温讨伐河南姚襄，击溃之并攻占洛阳，修谒皇陵。358年桓温不顾朝廷要求其驻守经营洛阳，仅留毛穆之三千人守洛阳，自行南撤。等到晋哀帝及晋废帝（即司马奕）相继为帝之后，桓温已经控制兵权。
当时北方呈现前秦、前燕代凉割据的局势，洛阳为前燕占领。桓温为了准备专权，于369年讨伐前燕 。当时燕军大败，晋军进驻枋头（今河南浚县附近）与燕将慕容垂对峙。最后晋军缺粮而退，慕容垂率军追杀，晋军大败。371年桓温废晋帝司马奕为东海王，改立司马昱为简文帝。隔年简文帝去世，晋孝武帝继位，373年桓温要求“九锡”，大臣谢安、王坦之拖延该事，不久桓温病死 ，东晋暂时中止了北伐。
淝水之战
淝水之战前夕，前秦东晋对峙图晋孝武帝时，谢安执政，桓冲为荆州刺史，防御荆襄地区；谢玄镇广陵，与谢安防御淮南地区。为了加强中央军力，晋孝武帝令谢玄招募淮南江北百姓，成立北府军 。
370年前秦灭掉前燕后，前秦帝苻坚即有意灭东晋以统一天下。373年攻下东晋梁益二州。378年派苻丕围攻襄阳，朱序坚守，于隔年攻破，俘虏了朱序；又派彭超围攻彭城，却被谢玄率北府兵击败。382年吕光平定西域后，苻坚的目标指向东晋。隔年5月桓冲率10万军，意图夺回襄阳，苻坚派苻睿、慕容垂等人防御 。8月苻坚认为时机已到，率举国之师南征东晋，兵分三路，声势浩大 。他亲率步兵60万抵达项城，派苻融为先锋率27万兵攻打寿阳，梁成等人屯洛涧以控制淮河。晋廷震惊，谢安力持镇定，命谢石为前线大都督、谢玄为先锋，与谢琰、桓伊等人率8万北府兵北上救援 。 383年10月秦军前锋攻陷寿阳后，苻坚赶往指挥，并派朱序向谢石诸降劝降。但朱序尽泄秦军虚实，并建议速战速决。11月谢玄派刘牢之率五千精兵攻破洛涧，晋军西行，与秦军对峙淝水。12月有人向苻坚建议后退决战 。诸秦将认为阻敌淝水畔比较安全，但苻坚认为半渡而击可主动对决。当秦军后移时，晋军渡水突击，朱序于后军大喊秦军已败。此时秦军大乱，谢玄等人乘胜追击，秦军全面崩溃，苻融战死，苻坚中箭，孤身北返，后由慕容垂护送。此役晋军全面胜利，于东晋历史上意义非凡，史称淝水之战 。
战后，谢安都督诸州军事，准备北伐支离破碎的前秦。384年谢安命谢玄、桓石虔率军北伐，谢玄等人自广陵北上，攻克鄄城、广固等地，并修建青州派（水利工程） 以运送粮草。此役收复山东、河南一带，将领土划至黄河以南。荆州军也成功收复四川、襄阳一带。谢玄继续北上，前锋刘牢之一度打到邺城。但专政朝廷的司马道子忌讳谢氏功高，朝议“以征役既久，宜置戍而还”，令谢玄回镇淮阴，最后北伐功败垂成 。
朋党之乱
司马道子为晋孝武帝之弟，甚受信任。淝水之战后谢安谢玄被司马道子排挤，最后相继去世，朝廷逐渐混乱，北府军后由王恭等人统率。桓冲去世后，桓家后来由桓玄领导。390年晋孝武帝对司马道子不满，遂内以王珣、王雅入廷，外以王恭任兖州刺史、殷仲堪任荆州刺史；司马道子也引王国宝及王绪抗衡，朋党乱起。
396年晋孝武帝被贵人张氏杀，太子继立，为晋安帝。398年王恭和 庾楷上表弹劾王国宝并领兵讨伐，殷仲堪遥援，吴姓世族也发民支持。司马道子畏惧，只好杀王国宝、王绪求和。之后司马道子听从司马尚之建议，任王愉江州刺史为外援。
次年王恭联合荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄再度举兵。司马道子命其子司马元显为都督同王愉率军抵御。王愉被击败，联军攻至京师。司马元显收买刘牢之倒戈，王恭败死。殷仲堪与桓玄得知后退至寻阳，由桓玄任盟主，最后双方言和。朝廷为分化殷仲堪势力，任桓玄为江州刺史、殷仲堪为荆州刺史、其部下杨佺期为雍州刺史。399年桓玄杀殷杨二人，并其辖地 。
司马元显担忧北府军不可靠，征江东豪族佃民以建立新军，称为“乐属”。这却使“东土嚣然”，引发民变，399年孙恩率众攻陷会稽，史称孙恩之乱。孙恩世奉五斗米道，五斗米道大受世族及平民信仰。400年孙恩扩张势力，江东豪族 及五斗米道纷纷响应，江东八郡完全沦陷。401年孙恩偱海路直袭丹徒，京师震撼。刘牢之派刘裕至海盐击败孙恩，孙恩乘船而退，又被刘裕击败。402年3月孙恩为临海太守辛景所败，投海而亡。余众由其妹夫卢循领导 。
402年司马元显为免桓玄乘乱偷袭，抢先西征，任刘牢之为先锋，司马尚之为后部。桓玄也率军东下，大破司马尚之，刘牢之认为司马元显无用而倒戈，引桓军入建康。桓玄控制 朝廷，诛杀异己，先后杀司马元显与道子，夺取刘牢之兵权，诛戮部分北府将领，提拔北府将领刘裕。桓玄最初有意革新朝廷，但最后豪奢纵欲，政令无常，渐失人心。
403年桓玄篡位称帝，建国桓楚。司马遵与毛璩等起兵拥晋后，刘裕同北府旧将何无忌、刘毅举兵，收复建康，桓玄挟晋安帝西撤江陵。而后桓玄又率军东下，被刘毅击败。最后桓玄逃往蜀地，途中被冯迁所杀。桓振、桓谦又挟晋安帝反抗，直到405年肃清桓氏势力，何无忌得以迎晋安帝复位，也掌控了朝廷 。
东晋灭亡
刘裕掌控朝廷，荆州刺史刘毅忌妒，意图举兵 。412年刘裕抢先讨伐之，刘毅兵败自杀。谯蜀为东晋叛将谯纵所建。在405年时，益州刺史毛璩率军讨伐江陵桓振，蜀军不愿远征，便推谯纵为主叛晋。随后攻陷成都，杀死毛璩，谯纵也自号成都王。408年晋廷派刘敬宜率军讨伐但失败。413年刘裕派西陵太守朱龄石率军西伐，攻占成都。谯纵败退自杀，谯蜀亡 。
卢循为孙恩继承人，桓玄为安抚之任为永嘉太守，但他仍不断袭扰沿海。404年卢循由海路攻占广州，隔年晋廷为安抚而命他为广州刺史。410年卢循趁刘裕北伐南燕之机，与其姐夫徐道覆分二路北伐，合溃刘毅于桑洛州（今江西九江市），乘势攻入京师建康，史称卢偱之乱 。
此时刘裕已赶回，卢循和徐道覆发生内讧，卢循久攻京师不破，撤守寻阳。10月徐道覆进攻江陵，为守将刘道规所败。12月卢循败于晋军，退守广州。411年刘裕派兵击杀徐道覆。卢循最后于交州被交州刺史杜慧度歼灭，投水自杀，至此乱事平定 。
刘裕消灭若干异己后，为了名正言顺称帝，先后发动两次北伐 。当时南燕慕容超屡屡入侵，409年刘裕率军伐南燕。于次年攻破南燕都城广固，擒杀慕容超，南燕亡。而后因卢循叛乱，刘裕回师。后秦因为屡遭夏主赫连勃勃入侵，国势大衰，幼主姚泓初立。416年12月 刘裕再度北伐，连克许昌、洛阳 。隔年刘裕兵分两路围攻关中，最后攻破长安，后秦亡。
但于该年冬天，留守京师的刘穆之突然去世，为免朝廷生变，刘裕不得不亲返。他命其幼子刘义真同王镇恶、沈田子等诸将防守长安，后来诸将内哄，夏主赫连勃勃率军攻击 。417年冬刘裕命刘义真等将领率军东归，遭夏军追击，元气大伤，至此北伐结束。关中失守后，刘裕开始积极谋取帝位。同年刘裕杀晋安帝，立其弟德文，为晋恭帝。420年刘裕废晋恭帝自立，建国宋，史称南朝宋，是为宋武帝， 东晋至此灭亡。439年北魏统一华北后，至此进入南北朝时期 。
领土范围
西晋
西晋承袭曹魏领土，统一后领有孙吴疆域。疆域北至山西、河北及辽东，与南匈奴、鲜卑及高句丽相邻；东至海；南至交州（今越南北部）；西至甘肃、云南，与河西鲜卑、羌及氐相邻 。
东晋
东晋政区随其疆域的变化而有增减。由于外族入侵与晋军北伐，北疆时常变动；四川先后出现成汉、谯蜀等国；东南疆域大致固定。晋元帝时期，石勒入侵，北疆只剩淮南江陵一带。成汉占据四川，于347年被桓温灭。桓温发动三次北伐，一度收复山东及河南地区，后败于前燕而止。前秦屡次入侵东晋领土，此时东晋仅剩扬、荆、江、广、交、豫、徐、兖、益、宁七州，及兖、青、冀、司、幽、并、益等侨州，共十五州 。
383年淝水之战，前秦惨败。隔年谢玄北伐，成功收复黄河、秦岭以南地区。之后东晋内乱，桓玄篡位，谯蜀独立，疆域萎缩。刘裕崛起后攻灭谯蜀并发动两次北伐，收复四川、山东、河南及关中地区。然而刘裕因故返京，将领内乱，夏人入侵，关中得而复失。此时东晋领有扬、北徐、豫、江、北青、司、荆、北雍、东益、宁、交、广、北并、北冀、梁、徐、北兖等十七州，及幽、冀、东秦、青、并、兖、秦、雍等侨州，共二十五州 。
行政区划
西晋政区制度承袭东汉末期的制度，为州、郡、县三级制。于三国曹魏时期有司、豫、兖、青、徐、冀、幽、并、雍、凉、荆、扬十二州，灭蜀汉后分益州置梁州。265年西晋代曹魏后，分雍、凉、梁三州之地设秦州，后分益州地设宁州，后分幽州地设平州。280年灭孙吴后得荆、扬、交、广四州，并将荆、扬两州与原曹魏荆、扬两州合并，共十九州。秦州、宁州曾经废止，后来复置。
291年分荆、扬州地设江州，307年分荆、江州地设湘州，至此共二十一州。州以下分郡、王国。晋武帝防止野心世族篡位，制定分封制，依人口多寡封国诸王，有大国、次国、小国三种类型。但诸王仅得租税，王国如同郡县。诸王的军权，主要来自镇守之地。郡、王国以下为县。县大者置令，小者置长。至于公国、侯国，其地位同县 。
淝水之战前后东晋疆域变迁图东晋政区袭承西晋，也是实行州、郡、县三级制 。但是其州郡越分越多，辖区缩小。西晋末年，大量流民南渡。东晋朝廷为了安抚侨民及侨姓世族，以原籍州郡县名寄治别处，而无实地，此即侨州郡县。等到安定后实施土断，使其州郡领有实地，户籍和赋役与一般州郡县相同 。
中央制度
行政架构
行政架构方面，朝廷的决策机关与行政机关也逐渐分立。尚书省、中书省及门下省依序独立出来，由汉代的三公九卿制走向隋唐的三省六部制。西晋承袭曹魏，中书监职权甚重，名实方面俱称为宰相 。由于地处枢近，虽然官位在尚书令之下，但权力在其之上。同时门下也自中书分到部分权力 ，共同掌管决策，尚书则掌管行政。尚书的内部架构发展较为充分，在西晋即有省、曹、郎曹三级机构，“八座”之官 。中书及门下直到东晋方扩张机构，中书省分局曹以协理奏章，门下至晋哀帝时建立门下省。后来皇帝为了提防权力渐盛的中书省，以门下省参与政治以牵制之 。
两晋的三公虽然无实权为荣誉职，但可为皇帝顾问，该职也用来安置权臣。当时一些权臣，大多以三公录尚书事、加领中书及门下，或加领大将军、持节都督中外诸军事。至于监察制度，御史台成为完全独立的部门 ，直接由皇帝控制。然而其主要功能为维护皇帝威严，并非扫荡贪污 。御史台架构完整，属官分为监察司法的治书侍御史、维持朝殿威权的殿中侍御史和监督官吏是否渎职的侍御史 。
法律制度
律令方面，由于《魏律》内容繁杂，早在司马昭执政时即命贾充、羊祜、杜预、裴楷等人参考《汉律》及《魏律》来修编新法律 。267年完成新律，次年颁行全国，此即《晋律》。因于泰始年间颁行，又称《泰始律》 。这是魏晋南北朝时期唯一实行全中国的法典。张斐、杜预各别又为《晋律》作注本《律解》（张着）及《律本》（杜着）。经晋武帝批准后，该注与律文具有同等法律效力，所以又与《晋律》统称“张杜律”。这种以注辅文的立法方式影响后世，如唐代的《永徽律疏》 。
世兵制
西晋军队分为中军、外军和州郡兵，中外军全部兵员都来自军户。中军直属中央，编为军、营，主要保卫京师，有事出征，兵力不下10万人。驻防城内宫殿宿卫、宫门及京城宿卫为宿卫军。驻防京郊，有事出征为牙门军。中军统帅为中军将军，后改为北军中侯或中领军。外军为中央直辖的各州都督所统率的军队，都督一般由征、镇、安、平等将军或大将军担任。州郡兵是地方军备，西晋灭孙吴后，为避免东汉末期诸州割据再度发生，裁撤州郡兵。并改置武吏，大郡100人、小郡50人，用以维持治安。但是实际上取消的州郡兵甚少 。
西晋军镇及八王封国分布图晋武帝颁布封国制，诸王分封郡国，大国三军5000人、次国二军3000人、小国一军1500人（实际未能执行，详见晋朝诸王列表） 。并任一些王室都督诸州军事，如汝南王亮督豫州、楚王玮督荆州、河间王颙督关中。晋武帝任诸王都督诸州军事是为了提升宗室力量避免权臣专政，但却使得地方宗室掌握军权，权力有逐渐凌驾中央的趋势。西晋都督为持节使臣以督诸军，持节都督分为三级，都督中外诸军事为最高统帅，监诸军次之，都督各州诸军事居末，和将军分统外军 。
北府兵
名将
羊祜、杜预、王濬、司马伷、马隆、唐彬、胡奋、卞壸 、刘琨、丁绍、苟晞、麴允、祖逖、张轨、陶侃、周访、桓温、谢安、刘裕
农业
农业农业方面，由于兵事将休，西晋废除屯田制，将民屯田给予农民，实施占田制及荫客制，并以课田法课税 。占田制及荫客制使世族占田有法可依，平民也拥有一定大小的土地，但世族大量并购土地的问题并未解决。虽然课田法使地租比曹魏时重一倍，但由于农民由赋税更重的屯田农民构成，所以负担比屯田制稍微减轻 。由于被荫庇的农民只需向荫庇者交租即可，国家税收得由其他编民齐户承担，这使更多的农民转荫至大地主名下。最后政府税收短缺，世族获得经济特权 。
当时庄园除了有部曲、佃客外，还有门生及奴隶。中原人士带来北方精耕细作的技术，推广牛耕加快耕田速度。东晋南朝重视水利，代有修筑。最后，南方的水田普遍开发，农作物品种增加、生产量提高（如岭南地区一年可两熟），长久下来使中国的经济中心南移。
手工业
商业
商业方面，晋室南渡后，中原财富大多转移至江南地区，商业仍然兴盛，最大商业中心为建康、次为江陵。由于战乱与铜量不足，铸钱不足，币值处于混乱状态。贸易也有发展，南北互市和海外贸易主要由官府掌握，私人经营商业的很多，交易的大宗物品是粮食、布帛、鱼、盐等生活用品和一些奢侈品。广州海上贸易发达，进口明珠、翡翠、犀象、香料，出口以丝绸为大宗 。
学术思想
此时期是一个文化开创、冲突又融合的时代。由于儒教独尊的地位被打破，使得该时期的文化走向多元发展，不断的开发新领域与新学说。当代学派除儒教外还有由本土发展的玄学 、道教及由印度东传的佛教，其中道教及佛教在该期间逐渐扩展到一般人民的生活 。边疆民族的南下带来草原文化，东晋结合中原文化及江南文化，之后南北双方形成文化交流或民族融合。两晋的社会问题主要围绕在世族上，世族是构成社会的统治阶层，深深影响该时期。当代文化脱离儒教影响而发展出纯哲学、纯文学、纯艺术、纯史学及新的科学技术。例如王羲之及王献之的书法 、顾恺之的绘画。
在整个魏晋南北朝期间，由于边疆民族内迁、北方人群的南下，造成文化大交流及融合。由于儒学一统的局面打破以及玄道佛的兴起，使得学术研究朝向多元化。各国为了生存或战争，多少推行一些改革措施以确保某些地区农业与手工业的发展。这些都使得科学技术大幅提升。道家对中国科技史亦带来贡献，其外丹、内丹修炼包含多种科学。外丹包括了黄白，也就是炼金术。以炉鼎烧练铅汞来提炼丹药。丹药有些有毒，但有些有功效。内丹则以人体为炉、人的精气为材料、以神为运用来烧练成“圣胎”。它的修炼方法涵盖养生学及气功。
《竹林七贤与荣启期》，南朝大墓砖画。由上至下，左至右分别为春秋隐士荣启期及竹林七贤阮咸、刘伶、向秀、嵇康、阮籍、山涛、王戎。晋朝的学术思想，已由经学转为玄学为主。清谈则于士大夫之间广为流行。魏晋交替之际，司马氏意图夺取皇位，政治压抑，社会动汤，时称“魏晋之际天下多故，名士少有全者”，名节礼法流于虚伪或鄙视。此时世族苟且偷安，又心怀忧虑，遂以清谈代替，抛开现实，专尚理辩。儒学发展到最后已破落琐碎，着重考据而轻视义理，使得思想处于空窗期。玄学就在这些原因下，于240年-249年间发展并盛行 。
玄学与道教并非同物，主要书籍为《老子》、《庄子》和《周易》，合称三玄。思想核心为“无”，玄学家认为“万物皆产生于无”。“无”无法感应，但能主宰一切。玄学在政治上主张“无为而治”，并将儒家的“名教”与道家的“自然”结为一体，提倡“名教出于自然”。该论点认为天下尊卑、上下关系本来即有，不可否认。由于要求老百姓“顺天知命”，受到当道者欢迎而大力提倡 。
东晋时期，放荡的行为稍微收敛，但清谈之风因为朝廷权贵提倡而盛行不衰。当时世族生活优裕，多喜于名山古刹、别墅湖畔优谈玄理，成为社交活动。朝廷及世族忽略具体事务，终日畅谈玄理，形成苟且颓废的价值观，导致东晋朝廷逸于偏安。由于佛教东传，许诣、孙绰将佛学加入清谈，与玄学互相激汤。若干僧侣也加入清谈，传达佛学，例如竺法护、道林等人。不过仍然有人反对清谈，大多为寒族。如西晋斐頠、江敦、范宁，东晋应詹、陶侃、卞壶等人，范宁甚至着有“王何论”，严厉批评何晏、王弼二人。但清谈仍历久不衰，直到隋朝方衰，唐朝中期终止 。
诗文书籍
魏晋交替时期，稽阮文章甚佳，何晏之徒多为肤浅 。嵇康擅长四言诗，亦着有《养生论》。他诗风清峻，反对政治黑暗，拒绝与司马氏政权妥协，代表作有〈与山巨源绝交书〉、〈赠秀才入军〉、诗十九首与〈幽愤诗〉。阮籍以《首阳山赋》及《咏怀诗》表现出权势害人及政治黑暗的厌恶 。
东晋后期以陶渊明甚具特色，其擅长描述田园生活，风格清新朴实，提升古体诗内涵，表现出高远纯洁的情操。其作品《桃花源记》寓意追求一个可供逃避乱世的和谐世界，富有哲理。其诗歌、散文及辞赋广泛影响后世名家如王维、李白、杜甫、苏轼、辛弃疾、陆游等人 。 此外，著名的中国四大民间传说之一的梁山伯与祝英台的故事背景也发生在东晋时代。
数学
宋刻版两晋有名的科学家有魏晋时期的数学家刘徽、西晋的地理学家斐秀、东晋的炼丹学及医学家葛洪。刘徽自幼学习《九章算术》，对数学有兴趣。年长后刘徽着《重差》（后称《海岛算经》）、为《九章》作注，加入自己的心得，使其容易了解。《九章算术》代表中国古代数学体系，确立中国数学以计算为中心。斐秀任地官，为地图学家。他收集史料，研究地图，完成《禹贡地域图》；科学的描绘出当时山脉水文的分布及行政区划。他总结前人绘图方法，提出制图六体的方法：分率（比例大小）、准望（物体方位）、道里（道路距离）、高下、方邪及迂真（此三项代表地形起伏所带来的误差）。
瓷器
绘画
此时人物绘画或雕塑已能透过眼神手势或“飘带精神”来表达人物的内在美，以达到“形神具备”的境界。东晋顾恺之善绘仕女山水，务求传神，史称“画圣”。他所绘的《女史箴图》，强调人物在眼神的悟对与手势的搭配。衣饰襟带的飘举，身上衣裳的鼓起，似有“气”环绕全身，达到中国绘画最高评价“气韵生动” 。传为顾恺之所绘的《洛神赋图》亦有相同水准。至于山水画仍处于图案阶段，尚未生动，至南朝方有起色 。
书法
东晋王羲之书法方面，出现很多著名书法家及书法理论。书体由隶书走向多元化，各种书体相互发展。草书由章草发展成今草，行书由隶书递变楷书之间逐渐成熟。章草带有隶味，著名有西晋索靖的《月仪帖》。今草采楷书体势、笔意发展而成，著名有东晋王羲之的《十七帖》、王献之的《鸭头丸帖》。介于楷草之间的行书，书写简易且流畅，著名有王羲之的《丧乱帖》、《兰亭序》 。
宗教
“六道轮回”，与“因果报应”的佛教学说抚慰当时的人心。两晋时期，宗教以佛教、道教为主，但佛教的势力较道教强盛。关于佛道冲突，江南道教附儒，玄佛合流，分成两个集团，仅清谈争辩，未涉及政治权力，与北方不同 。
当时东晋流行清谈，于是僧侣就藉由清谈将佛理传播给士大夫，使佛教得以在南方传播。其中以支道林最擅长谈玄。南北佛教到后来形成不同学风，北方重行业，崇尚禅学、律学及净土信仰。南方重义理、注重在涅盘佛性的探讨。东晋晚期时，慧远擅长儒学，力谋佛、玄、儒融合，促使佛教中国化，最后成为净土宗的祖师之一。慧远还提倡译经，与北方名僧鸠摩罗什交流译本。法显是中国首位西行求法的僧侣，他于399年自长安出发，经西域抵北天竺、狮子国及中天竺。取得梵本戒律后，414年经海路返抵建康。他与名僧大量翻译经文，并将旅途见闻写成‘佛国记’，成为研究西域及印度史地的重要作品 。
龙虎山，建有正一观，为五斗米道的发祥地之一。
东晋时，葛洪结合神仙学说与道术理论，并加入炼丹等理论，整合道教理论。他所著的《抱朴子》，外篇论时局与道德，内篇则论道家学论和炼丹、养生之道。杨羲、许谧及许翙着《上清经》，最后发展成上清派，主张简化修行力法，贬斥房中术，以存神为主。葛洪孙葛巢甫又着《灵宝经》，后来也发展成灵宝派。该派以符箓科教为主，受到上清派影响，也提倡简化修行、“仙道贵生，无量度人”。道教对文学、艺术多有贡献。例如描述神仙之游的《游仙诗》，历代道教的神仙画。道教的炼丹及养生术包含了化学、医学、生物学等，对科技的发展具有贡献 。
公元311年
公元306年
公元417年
公元413年
公元320年
公元386年
公元383年
公元401年
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