早年经历

司马奕生于咸康八年（公元342年），出生当年就被封为东海王。永和八年（公元352年），拜任散骑常侍，不久加任镇军将军。升平四年（360年），拜任车骑将军。 

升平五年（公元361年）五月二十二日，晋穆帝去世无子，司马奕的哥哥司马丕被立为皇帝，是为晋哀帝。 五月二十七日，晋哀帝改封司马奕为琅邪王。 

隆和元年（公元362年）七月，转任侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。 

登基

兴宁三年（公元365年）二月二十二日，晋哀帝司马丕去世，因司马丕没有子嗣，所以崇德太后褚蒜子于二月二十三日下诏说，司马奕德才兼备，又是皇帝的弟弟，应当继承皇位。于是百官到琅邪王府去迎奉司马奕，司马奕当天即皇帝位，大赦天下。 三月二十九日，将晋哀帝葬于安平陵。 第二年，改元太和。

去世

司马奕即位之时，桓温掌握朝政，桓温有意废掉司马奕自立为皇帝，但司马奕本身并无过失可言。太和六年（公元371年）十一月，桓温便指司马奕阳痿而不能生育子嗣，其男宠相龙、计好、朱灵宝等在宫廷参侍，后宫所生三子可能并非皇帝亲子，于是逼崇德太后褚蒜子下诏废司马奕为东海王。 即日桓温派散骑侍郎刘亨进宫收缴了国玺，逼司马奕离宫。时值仲秋，天气还比较暖，司马奕穿着单衣步出西堂，乘牛车出神兽门，群臣哭着拜别。桓温命令部下带领数百兵士押送他回到原东海王府。

咸安二年（公元372年）正月，降封为海西公。同年四月，司马奕被迁往吴县西柴里居住，由吴国内史刁彝和御史顾允领兵监管。时人都同情他，不少人假借他的名义，声称奉他的诏命，聚众起事，反对朝廷。司马奕知道这些情况后，深居简出，闭门谢客，小心谨慎地度日，尽量避免嫌疑。

咸安二年（公元372年）十一月的一天清晨，卢悚派弟子许龙秘密来到司马奕居处，自称奉太后密诏来迎司马奕回京复辟。司马奕听了有些心动，想要答应。这时，他的家眷出来极力劝阻，他于是又拒绝出门，并斥退许龙。司马奕自知复辟无望，又怕再遭祸端，便有意表现得平庸以求平安，整天在家沉迷于酒色。朝廷以司马奕安于屈辱，总算避免了杀身之祸。 

太元十一年（公元386年）十月十六日，司马奕病死于吴县（今江苏省苏州市吴中区、相城区一带），时年四十五岁。 

司马奕即位当天大赦天下。决定将晋哀帝葬于安平陵。第二年，改元太和。太和元年（公元366年）九月甲午日，司马奕下令特赦梁、益二州。 

东晋大将恒温想废掉司马奕，但司马奕循规蹈矩、谨小慎微，并无过错。因此，桓温并不敢贸然行动。太和六年（公元371年）十一月，桓温在听取部下关于“宫阐重闷，床笫易诬”妙计后，“诬帝在藩夙有痿疾”（《晋书》），三个儿子都是后妃与他人私通所生，并将此消息秘密散播到民间，扰乱视听，再以皇太后的名义，行“伊霍之举”，废司马奕为东海王，以王还府第。这一年，司马奕刚刚30岁。桓温为了谋图废立、揽权夺势，出此卑鄙下流的阴招，使司马奕之私密器官“被阳痿”的同时，令其政治生命也随之告终。在一片欷歔声中，司马奕灰溜溜地结束了六年的傀儡生涯。 

桓温、崇德太后褚蒜子：“不图德之不建，乃至于斯。昏浊溃乱，动违礼度。有此三孽，莫知谁子。人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储籓。诬罔祖宗，颂移皇基，是而可忍，孰不可怀！ ” 

《晋书》史臣曰：“东海违许龙之驾，屈放命之臣，所谓柔弱胜刚强，得尽于天年者也。 ” 

《晋书》赞曰：“海西多故，时灾见及。彼异阿衡，我非昌邑。” 

崇德太后褚蒜子：“琅邪王奕，明德茂亲，属当储嗣，宜奉祖宗，纂承大统。便速正大礼，以宁人神。” 

王夫之：“帝奕未有失德，温诬其过而废之。”