早年经历

太元十一年（386年），司马德文出生，母为淑媛陈归女（晋安帝即位后，尊为德皇太后）。司马德文初封琅邪王，之后历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司、侍中、司徒、录尚书六条事等官职。元兴初年，迁任车骑大将军。 

隆安二年（398年），兖州刺史王恭和豫州刺史庾楷，因对尚书左仆射王国宝等不满而领兵反，司马德文不得不杀王国宝来平息这场风波。

隆安三年（399年），王恭、庾楷协同荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄等再反，叛军一直攻到建康附近才被抵御，王恭被杀。与此同时，在浙江、江苏一带孙恩的叛军也声势浩大。

隆安四年（400年），孙恩攻会稽，隆安五年（401年）攻浃口、临海、广陵，晋军多次战败。隆安六年（402年）孙恩直接威胁建康，建康被封锁，城内饥荒。桓楚永始元年（403年），司马德文亲征桓玄，司马德文数次战败。桓玄自封为丞相、太尉。同年孙恩为临海太守辛景所败，自杀身亡。桓楚天康元年（404年）一月二十九日，桓玄杀司马道子，从此成为东晋的主宰者。他于同年秋又自号楚王、大将军。并进封司马德文为太宰，加兖冕之服，绿綟绶。同年十二月三十一日，桓玄篡位，改国号为楚，史称桓楚，贬晋安帝为平固王，司马德文也被贬为石阳县公。东晋义熙元年（405年）一月十九日，司马德文与晋安帝都被逐出建康，居于浔阳。 

权臣当政

义熙元年（405年）三月二十四日，刘裕举兵攻桓玄，桓玄军队大败。桓玄挟晋安帝和司马德文逃往江陵。六月十九日，桓玄被杀，晋安帝为皇帝，复封司马德文为琅邪王，又加封为徐州刺史、大司马、司徒 。但好景不长，六月二十六日桓玄的将军桓振又攻陷江陵，晋安帝司马德宗被俘。

义熙二年（406年）三月二日，晋安帝司马德宗才再脱叛军之手。桓玄的叛变终于摧毁了东晋的皇权，刘裕成为东晋举足轻重的人物，为南朝宋的建立奠定了基础。

从义熙八年（412年）开始，刘裕在朝中独掌大权，排挤和迫害与他不和的大臣，矫晋安帝诏以令外地刺史。刘裕当政之后，司马德文知道刘裕有篡位与杀害晋安帝的企图，而且晋安帝本人不辨饥寒，司马德文便随侍于晋安帝左右；后来司马德文生病，出搬到宫外居住。

义熙十五年（419年）一月二十八日，刘裕派王韶之杀害晋安帝。刘裕本人有意自称皇帝，但由于图谶所言“昌明（晋孝武帝）之后有二帝”，于是刘裕为符合图谶所言，便于立司马德文为皇帝 ，次年改年号为元熙。 

禅位去世

元熙二年六月壬戌（420年7月5日），刘裕见时机成熟，命令党徒傅亮草拟好禅位诏书，入宫逼迫司马德文誊抄。司马德文欣然接受，执笔抄写诏书，并对左右说：“桓玄篡位时，晋室已经失去天下了，因为有刘公（刘裕），才延长了将近二十年的国祚。今天做这件事，是心甘情愿的。”两天后，司马德文退居到琅邪王府，百官向晋帝告别，东晋至此灭亡。 

刘裕登位后，降司马德文为零陵王，把他迁到秣陵，正朔、车驾、衣服等都依晋朝规格，由冠军将军刘遵考带兵看管。 

司马德文皇后的兄长褚秀之、褚淡之，原封为晋朝的太常卿和侍中。这时见皇帝、皇后落难，他们就背主求荣，甘当刘裕的走狗，协助监视帝后。褚皇后生下一个儿子，褚秀之兄弟遵照刘裕命令，将男婴害死。刘裕也想暗害司马德文，司马德文因而日夜惊恐，整天和褚皇后共处一室，一切饮食也都由褚皇后亲自动手，使刘裕一时无法下手。

永初二年（421年）九月，刘裕命令琅琊侍中张伟携毒酒一瓶，前去秣陵鸩杀司马德文。张伟不忍谋害故主，回去又难以交代，就叹道："要毒杀主君去让自己活下去，不如死了！"竟在路上喝下毒酒自尽。刘裕闻讯大怒。于十一月十日派褚淡之假意去探望褚皇后，命令自己的亲兵暗暗跟在后面。褚皇后听到兄长来了，出外相见。亲兵乘机越墙进入司马德文室内，将毒酒放在他面前，逼他快饮。司马德文摇头拒绝说：“佛教教义中说，人凡自杀，转世不能再投人胎。”兵士便将他挟上床去，用被子蒙住他脸面，用力扼死，然后跳墙而去。司马德文被杀后， 谥号恭皇帝，十一月辛亥（12月16日），葬于冲平陵，刘裕带领文武百官亲临送葬。