早而岐嶷

司马昱是晋元帝司马睿的幼子，晋明帝司马绍的异母弟，母为郑夫人（即简文宣太后郑阿春）。司马昱幼年聪慧，深得其父宠爱。当时著名的学者郭璞就评论司马昱说：“振兴晋朝的，一定是这个人。”司马昱成年后，清虚寡欲，擅长玄学。 

受封琅玡

永昌元年（322年）二月，元帝下诏封司马昱为琅玡王，以会稽、宣城两地作为司马昱的食邑。 

咸和元年（326年），司马昱的母亲郑阿春去世，当时年仅七岁的司马昱，非常悲伤，所以请求晋成帝司马衍让自己为母亲服重丧，成帝怜悯他而允许，于咸和三年十二月（328年）徙封司马昱为会稽王 ，并拜其为散骑常侍。 

入朝辅政

咸和九年（334年），迁任右将军，加侍中。

咸康六年（340年），升任抚军将军，兼领秘书监。 

永和元年（345年），因晋穆帝司马聃年幼，便由崇德太后褚蒜子临朝摄政。当时朝廷征皇后之父、卫将军褚裒入朝想任扬州刺史、录尚书事，但吏部尚书刘遐、卫将军长史王胡之劝褚裒道：“会稽王司马昱德行昭著、素负雅望，是国家的周公，足下应把国政交给他。”褚裒于是坚决推辞，返回藩镇。褚太后便拜司马昱为抚军大将军、录尚书六条事。 

当时一同辅政的何充意图引用桓温来镇服庾爰之，但丹杨尹刘惔却认为桓温有不甘为臣的志向，便对司马昱说：“不能让桓温占据地形便利的地方，对他的地位、封号也应当经常贬抑。”于是劝司马昱自己出镇长江上游，让自己任军司，司马昱不听。刘倓又请求自己前往，也不获准许 ，于是任命桓温为安西将军。

抗衡桓温

永和二年（346年），骠骑将军何充去世，褚太后命诏司马昱总理朝政。 

永和三年（347年），桓温攻灭成汉。此后，他权威日盛，名声大振，连朝廷对他也惧怕三分。司马昱认为扬州刺史殷浩素有盛名，朝野对他也推崇佩服，便以他作为心腹，让他参与朝政，想以此与桓温抗衡。从此殷浩与桓温便逐渐开始互相猜忌，彼此间产生了异心。 司马昱在此后大量援引会稽人士及玄学同好进入中央，来制衡桓温。这些人对穆帝、废帝时期对外战争或内政，都产生诸多影响。

永和七年十二月（352年1月13日），桓温多次请求北伐未获准，于是率军四五万人顺长江而下，驻扎在武昌。朝廷十分恐惧，抚军司马高崧为司马昱写信责备桓温，他才返回镇地。 同年（352年）七月，司马昱升任司徒，但他推辞不肯担任。 

殷浩连年北伐，屡屡被打败，军粮器械消耗殆尽。永和十年（354年），桓温借朝野上下对殷浩的怨愤，趁机上书列举殷浩的罪行，请求将他黜免。司马昱不得已，只得将殷浩贬为庶人，流放到东阳郡信安县。从此，朝廷内外的大权都集中在桓温手里。 

升平二年（358年），当时穆帝已到始冠之年（二十岁），司马昱意欲还政于穆帝，但穆帝不许。 

兴宁三年（365年），司马昱听说冠军将军陈祐放弃洛阳，便与桓温在洌洲会面，共同商议征讨事宜。不久，哀帝司马丕驾崩，此事搁置起来。哀帝崩后，由琅玡王司马奕即位，褚太后以琅邪王绝嗣为由，再封司马昱为琅邪王（作为储君），又封司马昱之子司马曜为会稽王。司马昱不肯受封，尽管被封琅玡却未去会稽王之称。 

太和元年（366年）十月，司马昱进位丞相、录尚书事，赐“入朝不趋，赞拜不名，剑履上殿”的荣誉，又赐羽葆、鼓吹及持班剑的武士六十人，司马昱又坚决辞让。 

太和四年十一月二十五日（370年），在桓温北伐失败后，司马昱与桓温在涂中会面，共同商议之后的行动。 

登基为帝

太和六年十一月十五日（372年1月6日），大司马桓温废司马奕为东海王，并于同日率百官到会稽王府奉迎司马昱，司马昱在朝堂更换服装，戴平顶头巾，穿单衣，面朝东方流涕，叩拜接受皇帝的印玺绶带，即日便即位为帝，改年号咸安。桓温临时住在中堂，分派兵力屯驻守卫。 

忧愤辞世

桓温及后写了讲辞，打算向司马昱陈述自己废立皇帝的本意，但司马昱每接见他都不停流泪，令桓温战战兢兢，居然一句话都说不出来。 

司马昱虽为皇帝，其实如同傀儡，未敢多言，又怕被桓温所废。当时司马昱见荧惑入太微垣，因晋废帝被废时亦有同样天象，故此十分不安，甚至对桓温亲信也是自己昔日僚属的郗超问桓温会否再行废立之事。郗超断言道：“大司马正在对内稳定国家，对外开拓江山，臣愿用全家百余口来担保，不会发生不正常的事变。”等到郗超急于请假回去看望他的父亲（郗愔，忠于晋室）时，司马昱说：“告诉尊父，宗族国家之事，竟到了这种地步，是因为朕不能用道德去匡正守卫的缘故，惭愧慨叹之深，怎能用语言来表达！”接着便咏庾阐之诗：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”吟诵得潸然泪下，打湿了衣襟。 司马昱也因而忧愤得病。

咸安二年七月甲寅（372年9月7日），司马昱因病重召桓温入朝辅政，一天一夜连发四道诏令，桓温都推辞不到。 二十八日（9月12日），司马昱立司马曜为太子。临终前，司马昱写了遗诏，要桓温依周公先例居摄，更写道：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”面对桓温的野心，此举几近让国。王坦之在司马昱面前亲手撕毁遗诏，司马昱说：“晋室天下，只是因好运而意外获得，你又对这个决定有什么不满呢！”王坦之却说：“晋室天下，是宣帝（司马懿）和元帝（司马睿）建立的，怎由陛下独断独行！”司马昱于是命王坦之改写遗诏，写道：“家国事都禀报给大司马，如诸葛武侯（诸葛亮）、王丞相（王导）的旧例。”桓温看到后大失所望。同日，司马昱在东堂驾崩，享年五十三岁。十月初八（11月19日），葬于高平陵， 庙号太宗，谥号简文皇帝。 

政治

司马昱即位为帝后，桓温主控朝政，一步步要消灭反对势力，首先要对付的就是行径嚣张的司马昱同父异母兄司马晞。司马昱即位不久，桓温就诬陷司马晞谋反将其免官，及后逼令新蔡王司马晃自诬与司马晞及殷涓、庾倩等人谋反，以求翦灭陈郡殷氏和颖川庾氏在朝中的势力。随后桓温指示御史中丞司马恬奏请司马昱依法处死司马晞，司马昱不肯，下令再作议论。桓温再次上奏求诛司马晞，言词十分严厉急切，司马昱于是亲手写诏给桓温说：“如果晋室国祚长久，那么你就应该依从早前的诏命从事；如晋室大势已去，那你就让我退位让贤吧。”桓温看后害怕到流汗色变，于是不敢再逼，只上奏废掉司马晞和他三名儿子，并流放其家属。殷涓、庾倩、庾柔等人被灭族，殷氏和庾氏一蹶不振，桓温的威势达至高峰。 

司马昱一方面应付桓温，另一方面延续之前的措施，又引王坦之、谢安等人与桓温抗衡，而二人不负众望，最终也成功挽救了晋室。

外交

咸安二年（372年）正月，百济和林邑各自遣使进贡土产。六月，司马昱遣使拜百济王余句为镇东将军，领乐浪太守。 

郭璞：兴晋祚者，必此人也。 

司马睿：子昱仁明有智度。 

司马岳：会稽王叔履尚清虚，志道无倦，优游上列，讽议朝肆。 

刘遐、王胡之：会稽王令德雅望，国之周公也。 

习凿齿：生平所未见。 

褚蒜子：丞相、录尚书、会稽王体自中宗，明德劭令，英秀玄虚，神栖事外。以具瞻允塞，故阿衡三世。道化宣流，人望攸归，为日已久。 

王珣：①相王作辅，自然湛若神君。②皇矣简文，於昭于天。灵明若神，周淡如渊。冲应其来，实与其迁。亹亹心化，日用不言。易而有亲，简而可传。观流弥远，求本逾玄。 

檀道鸾：帝弱而惠异，中宗深器焉，及长，美风姿，好清言，举心端详，器服简素，与刘惔王蒙等为布衣之游。 

房玄龄：①简皇以虚白之姿，在屯如之会，政由桓氏，祭则寡人。 ②君若缀旒，道非交泰。简皇凝寂，不贻伊害。 ③帝虽神识恬畅，而无济世大略，故谢安称为惠帝（晋惠帝）之流，清谈差胜耳。沙门支道林尝言‘会岙有远体而无远神’。谢灵运迹其行事，亦以为赧（周赧王）献（汉献帝）之辈云。

司马光：帝美风仪，善容止，留心典籍，凝尘满席，湛如也。虽神识恬畅，然无济世大略，谢安以为惠帝之流，但清淡差胜耳。 

王夫之：简文为琅邪王，相晋五年，桓温外拒燕、秦，内攻袁瑾，而漠然不相为援，盖其恶温而忌之夙也。既恶温矣，抑不能树贤能、修备御、以制温，温视之如视肉，徒有目而无手足，故惎之而犹拥立之，以为是可谈笑而坐攘之者也。盖至于听温之扳己以立而遂立焉，则生人之心，生人之气，无有存焉者矣。帝奕未有失德，温诬其过而废之，于斯时也，简文既不能折之以卫奕，则以死拒温而必不立，奉名义之正，涕泣以矢之，温亦岂能遽杀己者？如其不择而推刃于己，则温之逆，受众恶而不足以容，即令己杀而温篡，亦可无咎于天下。乃虽靦然南面，而旋陨天年，位与寿皆朝露耳。等死也，为晋恭、齐顺之饮酖，何如誓死不立，以颈血报宗社哉！温，贼也；简文相其君而篡之，亦贼也；贼与贼以智力为胜负，而不敌者受吞，必然之势也。病而一日一夜四发诏召温入辅，遗诏且云‘君自取之’，乃语王坦之曰：‘天下傥来之运，卿何所嫌。’非但闇弱如谢安所云似惠帝者耳，得一日焉服衮冕正南面而心已惬，易其忌温之心而戴温不忘，乐以祖宗之天下奉之而酬其惠也。洵哉！简文之为贼也。 

王应麟：晋简文咏庾阐诗云：‘志士痛朝危，忠臣忧主辱。’东魏静帝咏谢灵运诗曰：‘韩亡子房奋，秦帝鲁连耻。本自江海人，忠义动君子。’至今使人流涕。  

王世贞：自三代而後，人主文章之美，无过於汉武帝魏文帝者，其次则汉文宣光武明肃、魏高贵乡公、晋简文、刘宋文帝孝武明帝、元魏孝文孝静、梁武简文元帝、陈陵後主、隋炀帝、唐文皇明皇德宗文宗、南唐元宗後主、蜀主衍、孟主昶、宋徽高孝，凡二十九主。 

蔡东藩：会稽王昱，不思讨贼，居然受迎称帝，徒作涕泣之容，反长凶残之焰，朝危主辱，嗟何及乎？ 

余嘉锡：简文虽受制于权臣，而能保全海西公及武陵王晞。其人盖长者而短于才。然其言不恶而严，足令桓温骇服。即次一事，以视惠帝之听人提掇，弑母杀子，戮舅废妻，皆懵然不能出一语者，想去何止万万！