早年坎坷

熊廷弼祖籍江西南昌，出身当地大族豫章熊氏。弘治年间，该家族中的熊智宦游湖广，落籍江夏，其子熊万邦（字道兴）就是熊廷弼的曾祖父。熊家移居江夏后，世代以务农为生。熊廷弼生于隆庆三年二月初九日（1569年2月24日），长大后身长七尺（一说八尺），颊须较少，有膂力，能向左右射箭，而且气场很强，“圆目巨吻，一吐气出辞，众人辟易”。他在读书方面也显示出很高的禀赋，自幼聪明，记忆力好。他六岁入读乡塾，十岁辍学，一边放牛，一边挂着牛角读春秋战国到唐宋的演义小说以及《水浒传》。十五岁时，父亲和祖父确信他是读书的料，便让他受业于家族中唯一的生员——他的从伯兄熊廷立，熊廷立后来由于为父母守丧而无法教导他，他只好寻找其他先生，但因家贫交不起学费，所以主要以自学为主，终于在十九岁时考中秀才，成为江夏县学生员，每次考试都名列前茅。第二年，江夏开始了连续三年的饥荒，熊廷弼不得不一边忙于应付家中困境，一边读书。在饥荒期间，除了姨母和以卖油为生的邻居老夫妇外，熊廷弼没有从他的其他亲戚以及曾赞赏过他的乡绅们那里得到过任何接济，尝遍世态炎凉，曾当众谩骂同学，他后来的暴脾气也由此形成。尽管家境如此贫穷，但每当熊廷弼一家快饿死时，县学就组织考试，熊廷弼因成绩名列前茅而获得粮食奖励（食饩），才熬过了这几年的难关。

万历十九年（1591年）和万历二十二年（1594年），熊廷弼在两次乡试中落榜，随后父亲熊柏也在看不到儿子出人头地的郁闷心情中去世。熊廷弼为父亲服完丧后，于万历二十五年（1597年）第三次参加乡试，一举夺魁（解元）。翌年，他进京参加会试和殿试，以三甲第一百十五名获赐同进士出身，观政于工部。万历二十七年（1599年），获授保定府推官，任上精明干练，尤其在万历二十八年（1600年）旱灾和万历三十二年（1604年）水灾两次救荒中表现出色，受到直隶巡抚汪应蛟的赏识，被评为“天下理官（即推官）第一”。万历三十三年（1605年）行取入京，因支持同乡官员郭正域而得罪郭正域的政敌内阁首辅沈一贯，再加上拒绝推荐沈一贯的同党孙善继的亲戚，所以只被授予工部屯田司主事一职。

巡按辽东

万历三十六年（1608年）八月，熊廷弼经过考选，升为试监察御史，分管浙江道。两个月之前，兵科都给事中宋一韩弹劾辽东巡抚赵楫和辽东总兵李成梁强制内迁宽奠等六堡军民、将此数百里之地拱手让给建州女真，明神宗欲派御史核实弃地情况，但一直都没人敢去辽东。等到熊廷弼上任浙江道御史十天后，便被廷推为辽东巡按。据说这就是沈一贯一党（即浙党）为了刁难他而故意给他安排苦差。而熊廷弼本来也“有志四方，喜谈陈汤、傅介子之事，每愤蓟、辽之间虏众骄横”，因此不顾友人劝告，毅然出关巡按。

万历三十六年（1608年）十一月十八日，熊廷弼抵达辽阳。二十六日，就与辽阳道谢存仁、开原道石九奏东行勘察疆界。熊廷弼到了抚顺鸦鹘关，建州女真的酋长努尔哈赤派儿子和女婿带着貂皮、马匹、鹿狍肉和酒来拜见。熊廷弼谢绝了貂皮、马匹，只留下了鹿狍肉和酒，用作野外餐饮之需，十二月二十二日完成勘界，返回辽阳。经过近一个月的调查，熊廷弼确认从清河堡到鸦鹘关失地七十里，孤山新堡失地八十里，宽奠、大奠、永奠、长奠、新奠五堡失地三百里，强制六万四千余军民内迁，而赵楫和李成梁要对此负责，因此他历数赵、李二人丧权辱国、欺君罔上的八项罪状，要求将赵、李二人处斩，并处置其麾下的参将韩宗功、道台张中鸿等文武官员。神宗留中不发，此事不了了之。

万历三十七年（1609年），熊廷弼继续留在辽东。上年年底，新任辽东总兵杜松在辽西塞外哈流兔地方大败蒙古插汉部（察哈尔部）中的拱兔部落的捷报，而宁前道副使马拯则参劾其误攻“款夷”（已归顺明朝的部落）、擅起边衅，这些事务都需要熊廷弼参与处理。熊廷弼内心也不赞成杜松“杀款”之举，但为了避免刺激杜松并伤害士气，在奏疏中肯定了杜松的胜利，同意发下赏赐，并严防拱兔报复，神宗采纳了他的意见。到了三月，拱兔果然发起报复，在大胜堡（今辽宁锦州凌海市大胜堡村）奇袭明军，屠杀百姓，熊廷弼将此败归咎于杜松“杀款”，使其被罢免。言官宋一韩、朱一桂又弹劾熊廷弼苛责杜松、偏袒马拯，并且不应重视“款夷”，熊廷弼则在数月内五疏驳斥，还举出了杜松强买人参、貂皮以及滥杀降夷、克扣饷银等更多罪行（后又驳斥两次，但与杜松无关）。熊廷弼还特别注意到努尔哈赤逐渐强大及其对明朝的威胁，而辽东的“屯塞、城堡、墩台、壕堑、军马、器械、钱粮之类一无足恃”。他在六月十八日借努尔哈赤的军队在靖安堡踩踏田禾以及在抚顺关勒索人参钱等事警告朝廷，辽东兵备松弛，如不“蚤发内帑，以济紧急”，辽东将失，进而危及蓟州乃至京师。神宗同意从一些部门抽出三十万两运往辽东，整顿兵备。经过他对辽东的一番巡按，辽东地区“风纪大振”。

首次沉浮

熊廷弼在辽东功劳卓著，朝廷欲直接起用他为辽东巡抚，被熊廷弼推辞。万历三十九年（1611年），都察院左副都御史许弘纲提议让熊廷弼提督北直隶学政，但与熊廷弼、郭正域为敌的言官段然不想让熊廷弼来北京，便向吏部尚书孙丕扬提议将熊廷弼调任提督南直隶学政，理由是“南中人才盛，非文望莫能鉴；士风悍，非威望不能警”，熊廷弼文武兼备，十分合适，于是孙丕扬同意调动。六月二十三日，熊廷弼正式被任命为提督南直隶学政。七月二十五日，熊廷弼入山海关，八月初七日抵京，在向神宗呈上了请求赈济遭受水灾的京东百姓的奏疏后，南下赴任督学。

熊廷弼在南直隶，“性伉急，见诸生，虑无不谩骂顿挫”。他针对当地士子沉迷诗文、不看《性理大全》《通鉴纲目》等书、“无实学”的特点，厉行整顿士风、扭转学风。当时学校考试分为“经（经义）”“论”两种，由考生自选。熊廷弼鼓励选择“经”的学生，打压选择“论”的学生，由此罢黜了乡绅权贵子弟，提拔了许多寒微之士。他毫不顾忌地方权贵，曾有一次将考试中行为不当的一名常州籍大官的公子绑起来杖责，迫使该大官闯入其衙门救出自己的儿子。他的刚正严明让许多南直隶士子愤愤不平，骂他“与士为雠”，东林党人尤其对他不满，认为他就是存心打压东林党，因此他与江南乡绅的关系十分紧张。随后，熊廷弼惹上了麻烦，太平府生员梅宣祚勾结他的族中兄弟梅振祚、梅子祚、梅羽祚、梅俞祚、梅望祚以及宣党首领汤宾尹的族人汤必守将一名姓徐的妇人藏在家中作为性奴，宣城生员苏海望、李茂先、冯应祥、芮永缙等报官，最后双方都受到官府处罚。万历四十年（1612年），熊廷弼到宣城巡视岁考之际，有人向他举报苏海望、李茂先、冯应祥、芮永缙的劣迹，熊廷弼为了整顿士风，对这些滋事生员予以杖责，其中芮永缙被打死。翌年正月，应天府巡按御史荆养乔在辞官时弹劾熊廷弼为献媚其好友汤宾尹而故意杀死芮永缙。左都御史孙玮着手调查此案，熊廷弼也被迫回籍听勘。负责调查的御史徐应登证明熊廷弼并无讨好汤宾尹之事，也对梅家深恶痛绝，其所作所为无可指摘，熊廷弼得以过关。

尽管如此，熊廷弼并未复职，而是在家中赋闲。此后他不过问朝政，“一切除目、邸报不入目者七年”，除了修桥筑堤等涉及民生的事项外，他从来不主动拜谒官府。万历四十二年（1614年）母亲去世后更到乡下居住，即使有时回城也是在园中种树、养鱼、下棋而已。万历四十六年（1618年），努尔哈赤起兵攻明，杨镐被起用为辽东经略。朝廷本来也想起用熊廷弼为监军，但杨镐之前在辽东巡抚任内就与时任巡按的熊廷弼不和，所以阻止了此议。翌年三月，杨镐组织的进剿努尔哈赤的明军于萨尔浒之战中溃败，群臣纷纷建议起用熊廷弼，于是神宗在万历四十七年（1619年）三月二十二日拜熊廷弼为大理寺左寺丞兼河南道监察御史，宣慰辽东军民。四月十二日，熊廷弼接到圣旨，四月十七日离家北上。本来廷议是想让他取代杨镐，但当时的首辅方从哲袒护杨镐及李如柏，又压了两个月。等到开原陷落，神宗才在六月二十二日正式任命熊廷弼为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史、经略辽东。

临危受命

万历四十七年（1619年）七月初六日，熊廷弼陛辞，随后带着尚方宝剑前往辽东。行至锦州的十三山驿，得知铁岭陷落，辽东局势更加危急。八月初二日，熊廷弼在海州（今辽宁海城）与杨镐交接，翌日兼程进入辽阳。熊廷弼一路上都看到往西边逃窜的辽东军民，不断派人劝止。等他到了辽阳后，就逮捕了将家眷搬出城的前知州李尚浩，并要求富户把搬到城外的家眷迁回，由此人心得以稳定。接着，他还斩了逃将刘遇节、王捷、王文鼎及贪将陈伦，设六坛以哭祭死难军民，并赶到最前线的沈阳，布置防御事宜。然而此时辽东精锐丧尽，援兵迟迟不来，尤其是能够制敌的火药只剩一千余斤，令熊廷弼吓出一身冷汗。所幸努尔哈赤在打下开原、铁岭后并未进攻辽阳、沈阳，而是转攻北关（叶赫部），因此辽东明军得以有喘息之机。在努尔哈赤攻北关之际，熊廷弼派辽东三总兵李如桢（驻沈阳）、李光荣（驻沈阳）、贺世贤（驻虎皮驿）到抚顺一带虚张声势，途中遇到一千后金兵，贺世贤将其赶走，但其他两总兵退却，因此贺世贤仅斩获十级。熊廷弼不仅未能达到声援北关的目的，还更加看穿辽军战斗力之低下。八月二十四日，沈阳各营军丁正在挖营盘时，得到北关陷落的消息，纷纷逃走。熊廷弼赶紧派开原道佥事韩原善去镇抚，韩原善不敢去，熊廷弼又派分守道阎鸣泰到沈阳，行至虎皮驿，看到南逃的军人后也回到辽阳，力言沈阳不可守，应专守辽阳。贺世贤也有这样的建议，熊廷弼也赞成此议，遂采取“并沈保辽”之策。他还反复强调李如桢不堪任用，遂改由李怀信代之，并将李光荣调往辽西，由援辽总兵柴国柱与贺世贤、李怀信镇守辽东。

万历四十八年（1620年）正月，熊廷弼见努尔哈赤并未进攻，便重新部署沈阳的防守事宜，为此筑沈阳城与奉集堡，同时亲往抚顺故城，查勘地势。数月劳累之下，熊廷弼在五月二十一日一度呕血，六月初一日才重新办事，初四日就前往新修的奉集堡视察，接着又前往清河、宽奠、镇江一带视察，十六日才回到辽阳。在此期间，后金又开始对辽东展开小规模骚扰，先后袭击了秃老婆山城、花岭山城、王大人屯、白官人屯等山城、屯寨。七月底，神宗驾崩，努尔哈赤趁机于八月亲自率军进攻沈阳，熊廷弼于二十一日披甲从奉集前往沈阳督战。后金军先攻蒲河所（今辽宁省沈阳市蒲河城址），贺世贤前往救援，在野战中被后金击败，得尤世功接应后退守沈阳城，此时熊廷弼已率副将李秉诚、赵率教等赶到，后金军于二十二日夜撤离出境，是为蒲河之役。此役明军伤亡三百余人，只斩四级，但保住了沈阳城，熊廷弼也看到了“奴贼渐知内地之有兵，官兵亦渐知自身之有胆”的些许变化。

熊廷弼雕像在熊廷弼守辽东的一年间，屡屡催促朝廷调来道将（监军道和将领等文武官员）、援兵及饷银等，但进展十分缓慢，令性急的熊廷弼十分恼火。他在万历四十七年（1619年）十一月二十六日点名大骂“兵部尚书黄嘉善、户部尚书李汝华身担兵饷重担，皆图全躯保妻子，莫有肯为皇上拼死力争、上紧干办者，何况各省镇督抚诸臣？……日挨一日，不致亡辽东、危北京而使皇上独当大祸不已也。当此之时，即按丁汝夔、王忬、王汝孝等故事尽戮诸臣，亦何补于成败存亡之数哉！”万历四十八年（1620年）五月，患病的他在上疏中批评“朝臣太平优游，官盛任使；皇上深居静摄，禁不闻声”，并大声疾呼“请问皇上要辽东否？再问朝臣要辽东否？”此语被视为“要挟”“无人臣礼”。神宗生前并未责怪他言辞激烈，而是称赞他“一意振刷，恢复封疆，朕深切倚赖”。等到神宗死后，朝臣就开启了对他的弹劾。第一个弹劾他的是奉命巡视辽东的太常寺少卿姚宗文，在八月二十五日上疏指责熊廷弼在五、六月间应对后金骚扰的过程中前后说法不一，掩过邀功，并数落他“兵马不训练，将领不部署，人心不附戢，至工作之无时而已，刑威之有时而穷，废群策之不足以图大功，恃独贤之不足以成大事”。据说此次弹劾是因为姚宗文此前请熊廷弼帮他办事未被答应以及认为熊廷弼待他无礼所致。在此次弹劾尚未解决之际，明光宗驾崩，明熹宗登基，对熊廷弼的弹劾仍在继续。熹宗登基六天后的九月十二日，御史顾慥弹劾熊廷弼逗留不进，存在讳败、邀功、劳师、耗财、傲气、告病等诸多罪状。翌日，另一御史冯三元弹劾熊廷弼“无谋者八，欺君者三”，熹宗遂命九卿科道讨论熊廷弼的问题。张修德、魏应嘉、杨涟、王继曾等科道官纷纷指出熊廷弼任上的各种过失。熊廷弼一面辩解，一面求去。最后吏部尚书周嘉谟等开会决定罢免熊廷弼，九月二十一日得到熹宗批准。十月十七日，熊廷弼与新任经略袁应泰交接，卸任辽东经略。不仅如此，朝廷还要派人去辽东查勘熊廷弼的过失，熊廷弼在给友人的信中感慨“辽已之亡而致存，不佞（指他自己）且之生而致死”，随后回籍听勘。本来朝廷准备派弹劾熊廷弼者之一的魏应嘉去辽东，后来受到阁臣方从哲、刘一燝等及言官吴应琦、杨涟的反对，才派兵科给事中朱童蒙去。至天启元年（1621年）闰二月，朱童蒙呈上了一份肯定熊廷弼功大于过的报告，认为熊廷弼能保全辽东数万生灵，其错误在于任性使气。熹宗遂下旨嘉奖熊廷弼“力保危城，功不可泯”，决定“及时起用”。

再任经略

天启元年（1621年）三月，还没等朝廷给熊廷弼安排新的职务，后金就大举攻明，辽阳、沈阳等辽河以东七十余城全部陷落，袁应泰、贺世贤等文武大员死难。阁臣刘一燝将这一局面归咎于罢斥熊廷弼，要求重新起用他。不过兵科给事中郭巩反对起用“丧师误国、假病欺君”的熊廷弼。熹宗斥罚了郭巩，于三月二十四日起用熊廷弼为兵部右侍郎，四天后下达敕书，表达之前罢免他的后悔之意。尽管时人将熊廷弼视为“汾阳（郭子仪）再世”，但熊廷弼却对辽事感到悲观，在给家乡友人张五云的信中说自己“外无应援，内无帮助，七尺之躯，已拟交付朝廷，置成败死生于度外矣”。五月，熊廷弼抵达北京，觐见熹宗，请求不要追究当初弹劾自己的言官的过失，熹宗不听，将姚宗文革职为民，贬谪冯三元、张修德、魏应嘉、郭巩等出京。六月初一日，熊廷弼提出封锁后金、稳扎稳打的三方布置之策，主张复设经略于山海关，统筹指挥。六月初六日，熊廷弼被升为兵部尚书兼都察院右副都御史，经略辽东等处军务。一个月后，熊廷弼陛辞，熹宗除专敕外，加赐敕书一道、尚方剑一把，副总兵及以下将官允其先斩后奏，另外拨给他京营五千人，随行领军将官纻丝一表里、银二十两，标下各军每名银二两。熹宗还赐给熊廷弼大红麒麟服、纻丝四表里、银五十两，并赐宴都城外，五府、戎政、部院堂上掌印官陪饯，表现出对他极高的期待。

熊廷弼上任后不久，就与驻扎辽西最前线——广宁（今辽宁北镇）的辽东巡抚王化贞不和。王化贞主张在三岔河（辽河下游）岸上布防，以图进取；熊廷弼明确反对，认为辽河狭窄，后金军骑马就能渡过，到了冬天，河水结冰，渡更加容易，而且沿河堡垒小，难容重兵，这种防线十分脆弱。熊廷弼的意见是在河岸布置小股侦察兵，然后多置烽火台，保持预警系统畅通；大部队集结在广宁附近，构筑若干营盘，互为掎角，围绕广宁坚城进行防守。监军御史方震孺支持熊廷弼，王化贞之议也就作罢，但“经抚之争”的局面从此开始。在其他方面，熊、王也多有争执。七月，王化贞派毛文龙奇袭镇江（今辽宁丹东九连城镇），熊廷弼认为此举打草惊蛇，为时过早；八月，王化贞要渡三岔河袭击海州，熊廷弼不得已率十几名家丁前去接应，但奏称海州取易守难，不宜轻举，王化贞果然无功而还；九月，王化贞以为能借得蒙古林丹汗四十万大军来助，熊廷弼则强调蒙古人不可靠，应注重培养明军自身的力量。就连各地援军的名号叫“平辽”还是“平东”，熊廷弼和王化贞都要起争执，王化贞要用“平辽”，熊廷弼认为这会刺激辽人，主张改为“平东”或“征东”。双方矛盾可以说到了水火不容的地步。而朝中的兵部尚书张鹤鸣则偏袒王化贞，与熊廷弼为难。如熊廷弼想起用佟卜年招抚辽人，就遭到张鹤鸣的反对，所以佟卜年未能被用于辽东。十月底，王化贞又准备渡辽河，由于张鹤鸣和王化贞一直主张经略出关，熊廷弼不得已率麾下五千人出关，十二月初抵达广宁右屯卫（今辽宁凌海市右卫镇）。此时，王化贞又自以为李永芳能当内应，再加上首辅叶向高是他的座师，更加得意忘形，扬言“请兵六万进战，一举荡平”。熊廷弼则奏请按王化贞说的办，并马上罢免自己，“以无摧战士之气，灰任事之心”。“经抚之争”由此达到高潮。

天启二年（1622年）正月十二日，熹宗命九卿科道开会讨论“经抚之争”的问题，27人支持王化贞，52人中立，只有李精白和徐扬先二人明确支持熊廷弼。讨论的结果是赐王化贞尚方剑，命其专管广宁事，熊廷弼改用他任。还没等熹宗正式裁决，就得知努尔哈赤入犯的消息，熹宗只好责令熊、王二人以大局为重，继续合作，功罪一体。努尔哈赤于正月二十日渡过辽河，进攻广宁。此前熊廷弼已部署刘渠以两万人驻守镇武堡，祁秉忠以一万人驻守闾阳堡，罗一贯以三千人守西平堡。由于内奸孙得功作祟，广宁在两天内就失陷，熊廷弼安排的三员守将先后战死，王化贞从广宁城中仓皇出逃，其所期盼的林丹汗援军并未及时赶到。努尔哈赤进攻广宁时，熊廷弼听从监军道邢慎言的建议，于二十一日率兵前往闾阳应援广宁，但佥事韩初命反对救援，熊廷弼又在二十二日傍晚出闾阳，整队前往大凌河。翌日，熊廷弼见到了狼狈的王化贞，挖苦道：“六万军荡平，竟何如？”王化贞深感惭愧，接着询问防守宁远、前屯之计，熊廷弼表示因王化贞贪功冒进，一切为时已晚，护送百万军民进入山海关才是当务之急。正月二十六日，熊廷弼回到山海关，辽西遂被放弃。但努尔哈赤占领广宁后没有选择长驱直入，因此广宁之战的后果并未扩大化。

下狱处死

熊廷弼致友人手札熊廷弼回到山海关三天后即上疏请罪，说已经在准备囚车，只等将数十万乱军难民安置好，就把自己装进囚车前往北京。熹宗回旨：“封疆失守，熊廷弼罪将何辞？姑准戴罪守关、立功自赎。”天启二年（1622年）二月初六日，熹宗又听从兵部侍郎王在晋的建议，敦促熊廷弼、王化贞等出关收复失地，以立功赎罪。内阁首辅叶向高也写信给熊廷弼，警告“不出，则于法无贷，吾再不能救护”，但熊廷弼已经预知自己未来“终不免于逮且死耳”的命运，并未出关。二月十一日，通政司右通政许维新、朱一桂与大理寺左少卿冯从吾、太常寺少卿董应举、太仆寺少卿何乔远合疏请逮熊廷弼、王化贞。两天后，御史贾毓祥请求逮捕熊廷弼、王化贞，叶向高票拟逮捕王化贞，命熊廷弼回籍听勘，得到熹宗批准。礼科给事中周朝瑞上疏请求留用熊廷弼，叶向高票拟“熊廷弼留着用”，熹宗大怒，命宦官询问叶向高为何如此票拟，叶向高回答：“熊廷弼似胜王化贞。”熹宗知道后，讽刺道：“熊廷弼走得快，果胜。”随后不再有留任熊廷弼的呼声。三月初四日，新任大学士孙承宗上疏请求逮捕熊廷弼，熹宗乃下令将熊廷弼下法司提问。四月初一日和初九日，新任刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋两次会审熊、王二人，熊廷弼主张自己的本职是驻守山海关，对广宁陷落没有责任，王化贞则坚称广宁陷落是由于熊廷弼不来救援。三法司认同王化贞的说法，认为熊廷弼逃跑弃地的责任不可推卸，于四月十七日上奏，请求将熊廷弼、王化贞都判处死刑，特别提到熊廷弼判死刑存在是与之前的经略杨镐、袁应泰比较的结果，说他“比之杨镐更多一逃，比之袁应泰反欠一死。若厚诛化贞，而廷弼少及于宽……不唯无以服天下万世之心，恐无以服杨镐、袁应泰之心矣”。熹宗依拟。

不过，三法司的审判结果只是迎合皇帝，迟迟没有确定熊、王二人行刑的时间，尤其是参与审案的刑部主事顾大章认为熊廷弼罪不至死，所以熊廷弼、王化贞都未被立即处死。阁臣叶向高和孙承宗虽然起初并不站在熊廷弼一方，但始终不同意处死熊廷弼。天启二年（1622年）七月，即将进入秋天，御史刘徽上疏催斩熊、王，叶向高票拟等法司决定，而法司却拖了下来。九月，叶向高以王化贞在蒙古人中有威信为由，请求停刑赦免熊、王二人，熹宗允许暂缓处死，但没有赦免二人。天启三年（1623年）十月，又到秋后问斩之际，叶向高又趁熹宗第一次郊祀之机，请求停刑，熹宗允许。天启四年（1624年）秋，叶向高已去位，正在关外督师的孙承宗又上疏请求给杨镐、熊廷弼、王化贞减刑，熹宗允诺不杀他们。朝中也一直存在伸救熊廷弼的声音，先是周朝瑞与徐大化之间的互劾，接着又是王纪和大学士沈㴶之间的互劾，此外还有杨维垣参劾顾大章收了熊廷弼4万两银的贿赂，为其辩护免死，周朝瑞、王纪、顾大章都是东林党人，他们或反对处死熊廷弼，或拖延熊廷弼行刑时间，而徐大化、沈㴶、杨维垣则是浙党或齐党，先后投靠了熹宗宠信的宦官魏忠贤，他们要求立即处死熊廷弼。就这样，熊廷弼的生死直接与党争挂钩。由于东林党在朝中尚有相当的势力，所以熊廷弼的行刑一直悬而未决。在这三年秋天，熊廷弼都会与其他死囚一起被押出狱参加朝审，途中路人往往捡起瓦砾朝他扔去，以致头破血流，狼狈不堪，而人们见到王化贞则叹息不已（也有说法是这些所谓路人其实都是王化贞的亲属或党羽收买来羞辱熊廷弼的，以制造为王化贞脱罪的氛围）。

天启五年（1625年），东林党彻底失势。徐大化于二月上疏提醒有股势力（即东林党）在包庇熊廷弼，导致其迟迟没有行刑，并暗示熊廷弼向东林党人行贿。其后熊廷弼向汪文言贿赂求生的证供被提交，甚至还有人说杨涟弹劾魏忠贤二十四大罪的奏疏就是熊廷弼起草的，形势急转直下，催斩的奏疏接踵而来，从五月到八月，连续有御史门克新、石三畏等人相继上疏请诛熊廷弼。压倒熊廷弼的最后一根稻草则是冯铨。据说他看到绣像小说《辽东传》中有其父子奔逃一回，而此书又将熊廷弼描述得十分正面，因此在八月二十一日的文华殿经筵中与顾秉谦等阁臣一起举出此书，奏请杀熊廷弼，得到熹宗批准。八月二十五日，熹宗正式下令对熊廷弼行刑。八月二十八日五更，山东司主事张时雍去提人，熊廷弼已经醒了，从容换洗收拾，把衣冠整理好。狱卒催他赶紧的，熊廷弼正色道：“我大臣也，还要拜旨，岂得草草？”张时雍见其胸前挂着一个袋子，问是什么，熊廷弼说是谢恩疏（一说辨冤疏），张时雍说：“你没读过《李斯传》吗？囚犯有资格上书吗？”熊廷弼说：“这是赵高的话！”张时雍为之语塞。随后，熊廷弼被押赴西市，斩首示众，临刑前作“可惜复可惜，报国心寸赤”的长篇绝命辞，在刑场上“挺立不跪，下刃仅及半，行刑者即以刀逆割之”。首级则被传送九边示众。

身后荣辱

天启六年（1626年）九月，巡关御史梁梦环奏称熊廷弼之前所经手的军费中有170020两不知下落，暗示由其私吞，熹宗下旨湖广巡按追赃，抄熊廷弼的家，将其家产变卖后充公，来补贴重修三大殿工程。于是熊廷弼的三个儿子被湖广巡抚、巡按投入江夏县狱。十二月，广东道御史刘徽奏称熊廷弼家产百万，其所私吞的军费远不止梁梦环所说的十七万，要求进一步加强对熊家的追赃，得到熹宗的批准。江夏知县王尔玉趁机向熊廷弼索要貂裘帽、番布、古董等物，稍不如意就威胁以严刑，熊廷弼长子熊兆珪不堪凌辱，自刎于狱中。熊廷弼的遗孀陈氏前往江夏县衙喊冤，王尔玉又剥去她的两个丫鬟的衣服，杖责四十。熊廷弼的财产凑不够数目，于是抄他的姻亲家，与熊廷弼沾亲带故的家庭几乎都为之破产。

崇祯元年（1628年）正月，新皇帝崇祯帝接受兵科给事中李鲁生的建议，停止对熊家的追赃。七月，候补工部主事徐尔一上疏为熊廷弼伸冤，请求对熊廷弼平反昭雪，崇祯帝不允。

崇祯二年（1629年）闰四月，熊廷弼之子熊兆璧请求收葬其父尸骨，大学士韩爌等阁臣票拟允许，被崇祯帝删去。五月十九日，韩爌等上阁揭解释熊廷弼的功过，崇祯帝终于批准。后赠谥号“襄愍”（具体时间不明，有记载称是南明时期）。

清乾隆四十七年（1782年）十二月，乾隆帝在阅读了《明史·熊廷弼传》后颇为感叹，下令访求子孙。后访得其五世孙熊泗先，录用为官。