读书求仕

嘉靖三十三年十一月十六日（1554年12月10日），郭正域出生于河南开封府杞县（今河南省开封市杞县）。

嘉靖四十二年（1563年），郭正域的父亲郭懋辞官回家，教授郭正域学习诗书。

隆庆三年（1569年），郭正域初入乡校，已经能作文章抒发胸臆。

隆庆五年（1571年），郭正域参加诸生试，成为廪膳生员。

万历四年（1576年），郭正域参加湖广乡试，落第而归。

万历七年（1579年），郭正域参加湖广乡试，再次名落孙山。

万历十年（1582年），郭正域第三次参加湖广乡试，以第十八名中乡试。

步入仕途

万历十一年（1583年）三月，郭正域以二甲第二十七名的成绩考中进士。五月，被选为庶吉士，入翰林院。十月十三日（11月26日），其母王氏去世，郭正域回乡守孝。

万历十三年闰九月二十一日（1585年11月12日），郭正域担任庶吉士凝授官。

万历十四年九月二十六日（1586年11月6日），担任翰林编修。

万历二十年七月九日（1592年8月15日），明神宗命郭正域编撰《六朝章奏》。

万历二十二年正月十五日（1594年3月6日），皇长子出阁，郭正域被明神宗选中，与修撰唐文献同时担任朱常洛的老师。他们二人都经三次调官后升为右庶子，没有离开过讲坛。每次讲授完毕，诸位内侍出来相互揖拜，只是他们两人从不跟别人交谈。三月二十六日（5月15日），担任纂修官，纂修正史。

万历二十三年七月九日（1595年8月14日），升为右春坊、右中允。

万历二十五年七月十七日（1597年8月29日），升为左春坊、左谕德兼翰林院侍读，任会试主考官。

任职南京

万历二十六年七月十二日（1598年8月13日），升右庶子，掌管本坊印信。八明神宗月十一日（9月11日），赐银币。八月十五日（9月11日），升南京国子监祭酒。

万历二十七年（1599年）正月，郭正域与利玛窦结交。二月二十一日（3月17日），郭正域请求明神宗罢免自己的官职，明神宗不同意。六月十五日（8月5日），户部批准了郭正域的国子监改革建议。七月十八日（9月7日），李戴前往南京国子监询问冯梦祯一事，郭正域在审问之列。十月八日（11月25日），郭正域设立监规，得到礼部批准。

万历二十八年九月十二日（1600年10月18日），升掌南京翰林院事。

回京任职

万历二十九年（1601年）二月，冯应京因参劾陈奉十大罪状，被捕，郭正域联合支可大疏救。九月，升詹事府詹事。

万历三十年正月二十四日（1602年2月15日），复为东宫讲官。二月四日（2月25日），郭正域请求罢免国子监纳贡的规定，明神宗听从他的建议。

万历三十年十二月十八日（1603年1月29日），升礼部右侍郎，掌管翰林院。

万历三十一年（1603年）三月，礼部尚书冯琦去世，郭正域回礼部主持事务。夏天，庙祭，遇上日蚀，郭正域说：“《礼》说，正祭祀时出现日蚀，牲畜还没杀，就作罢。初一应该是专门的补救时间，第二天早晨祭祀宗庙。”神宗依从了。刚出雨露陪同祭祀的人大都称病。郭正域称祭祀不虔诚，由于神宗没有亲自祭祀，神宗必须亲自参加。神宗认为该如此，却不能实行。

党派之争

起初，郭正域进入学馆，沈一贯是教习师。后来他担任编修，没有行弟子之礼，沈一贯不会没有埋怨。后来，沈一贯是首辅，沈鲤是次辅。郭正域与沈鲤友好，却心中看不起沈一贯。

郭正域与沈一贯积怨后，沈一贯很憎恨他。遇上楚王朱华奎与宗族的朱华翧等人相互攻击，郭正域又与沈一贯产生意见分歧，因此几乎形成致命之祸。此前，楚恭王得绝症，隆庆五年（1571年）去世，留下宫人胡氏的遗腹孪生儿子朱华奎、朱华壁。有人称宫中小臣郭纶将王妃的哥哥王如言的小老婆尤金梅的儿子冒充朱华奎，王妃的族人王如悖的家奴王玉的儿子冒充朱华壁。仪宾汪若泉曾经上奏揭发，事情交给抚按办理。王妃坚决否认，事情才平息。八年朱华奎继承王位，朱华壁也被封为宣化王。宗族人朱华翧一向强烈地反对，攻击楚王。朱华翧的妻子是王如言的女儿。当年派人攻击朱华奎是异姓人的儿子，不应当立为王。沈一贯嘱咐通政使沈子木，阻止把奏章呈交皇帝。一个月后楚王弹劾朱华翧的奏章送到了，才呈送此奏章。皇帝下令礼部评议。不久，朱华翧进京上诉。皇帝下令交给礼部处理。郭正域请求指令抚按大臣公平地核查，皇帝听从他的建议。

当时，郭正域偏袒楚王的宗人，大学士沈鲤重视郭正域，尚书赵世卿、谢杰，祭酒黄汝良却赞助楚王。给事中钱梦皋就迎合沈一贯抨击郭正域，话语牵连到次辅沈鲤。杨应文又称郭正域的父亲郭懋曾经受到楚恭王的鞭笞，所以郭正域趁机陷害楚王。郭正域上奏辩解，留在宫中没有答复。沈一贯、沈鲤因为楚王的事情都请求离去，李廷机又请求再做追究。神宗认为楚王即位二十多年，为什么到现在才揭发，况且丈夫攻击，妻子作证，不能作为凭证，于是罢除了对楚王一事的追究。郭正域四次上奏请求离去。楚王感到安全后，就上奏弹劾郭正域，大意与杨应文所说一样；并且揭发了他几件违法的事情，请求剥夺郭正域的官职。神宗下交部院集体讨论，李廷机指责郭正域，却称他已经离职可以不再苛求。给事中张问达却称藩王想有晋升或贬责大臣的权势，不足为训，于是没有治郭正域的罪却命令巡按御史调查楚王所揭发的事，做出报告。

妖书致狱

不久，发生妖书案。沈一贯认为沈鲤与自己地位相近，而且郭正域刚被罢免，因此陷害他，那么两人必受重创，于是对神宗讲此事是大臣中有人相互倾轧所为。是想挑起事端，以触动皇上。不久，锦衣卫都督王之祯等四人认为妖书有名，说是其同僚周嘉庆所作。东厂又捕捉了妖人皦生光。巡城御史康丕扬替皦生光鸣冤，称妖书、楚事是同一回事，请求延缓刑罚，造乱的兄弟可以将首领献给朝廷。意思是指郭正域和他的哥哥国子丞郭正位。神宗恼怒，认为庇护叛贼，将他除名，沈一贯极力救助才幸免。康丕扬先后捕获僧人达观、医生沈令誉等人，但是同知胡化却告发妖书出自教官阮明卿之手。不久，厂卫又捕获一名叫毛尚文的嫌疑犯。几天中锁链声相闻，都城中人人自危。周嘉庆等人都被投入诏狱。周嘉庆当即因没有证据，下令革职回乡。沈令誉以前曾经往来于郭正域的家，达观也时常游访贵人的门庭，曾经被郭正域驱逐，毛尚文却是郭正域的仆人，沈一贯、康丕扬等人想从这几个人的口词中引出郭正域，但是胡化所揭发的阮明卿，是钱梦皋的女婿。钱梦皋大为愤恨，上奏公开攻击郭正域，称：“妖书刊印传播，不前不后，恰好在楚王的奏章呈送到的时候。大概郭正域是沈鲤的门徒，而沈令誉是郭正域的食客，胡化又是他的同乡且同年中举，一群妖人结成死党。请求治断根本，判定郭正域为祸害楚王的罪魁祸首，勒令沈鲤在家闲住。”神宗命令郭正域回原籍听候审查，赶紧严刑审讯几位被捕的人。达观被拷打致死，沈令誉也几乎死去，都不承认。法司逼迫胡化诬告郭正域和归德公。归德是沈鲤所住的县名。胡化大声呼喊：“阮明卿是我的仇人，所以告发他。郭正域考取进士后二十年没有通音信，怎么一起撰写妖书？我也不知道谁是归德。”神宗知道胡化冤枉，释放了他。

都督陈汝忠审讯毛尚文，又派兵在杨村包围了郭正域的船，将老妇、婢女和书童等十五名男女全部逮捕，与皦生光一起拷问，最终没有收获。陈汝忠拿锦衣告身引诱毛尚文说：“能够告发乱贼，就能得到它。”让他诬告沈令誉，并且由奶妈龚氏十岁的女儿作证明。等到会审，东厂太监陈矩追问女孩说：“你看到几种妖书的版本？”回答：“满屋。”陈矩笑着说：“妖书只有两三张纸，版本怎么有满屋呢？”责问毛尚文说：“沈令誉告诉你哪天刊印妖书？”毛尚文回答：“十一月十六日。”兵部尚书王世扬说道：“妖书在初十查获，而十六号又刊印，有两本妖书吗？”拷问皦生光的妻妾和十岁的儿子，用针刺穿手指，必求诬告郭正域，都没成功。皦生光仰视钱梦皋、康丕扬，大骂道：“死就死吧，为什么教唆我迎合你们的心愿，胡乱诬告郭侍郎呢？”都御史温纯等人极力维护，事情才渐渐化解，然而仍然不能结案。

光宗在东宫，多次对身边的侍从说：“为什么想杀我的好讲官呢？”众人听到此话都很惊惧。詹事唐文献与同僚杨道宾等人到沈一贯处争辩，李廷机也极力要求落实，案狱更加缓解。刑部尚书萧大亨准备文告，仍想治郭正域的罪。郎中王述古将稿纸扔到地上，萧大亨才作罢。于是判处皦生光死刑，释放了诸位受牵连的人，郭正域获得幸免。当狱案危急的时候，巡逻兵围困了沈鲤的住处和郭正域的乘船，铃声和打更的梆子声通宵达旦。又传说郭正域已被逮捕，迫使他自杀。郭正域回答：“大臣有罪，应当在都市受处决，怎么能自己抛尸荒野。”不久，幸免无事，得以回乡。

晚年生涯

万历三十一年十一月二日（1603年12月4日），楚王朱华奎上书攻击已退休的郭正域，张问达、李廷机力护郭正域。

万历三十五年三月二十二日（1607年4月18日），史学迁奏白郭正域诬陷案。

万历三十六年十二月十四日（1609年1月19日），顾士琦请求召回郭正域，皇帝没有答复。

万历三十七年十二月二十三日（1610年1月17日），叶向高请求让郭正域担任玉碟纂修官，不报。

万历四十年五月二十四日（1612年6月22日），郭正域卒于家，享年五十九岁。

逝后荣光

万历四十一年六月十五日（1613年8月1日），明神宗赐郭正域祭葬谥如例。七月十一日（8月26日），赠礼部尚书、太子少保，荫一子为国子生。

万历四十五年十二月五日（1618年1月1日），荫郭正域子郭武封入国子监读书。

泰昌元年（1620年）十月，再荫一子入国子监读书。