蔡尚思教授出身于泉州德化的普通农家。少时曾从事农牧劳动。1913年入塾启蒙，后入德化县立第一高等小学校，1921～1925年入福建省立第十二中学（今永春一中），1925～1928年在北京自由听讲，并相继考入孔教大学国学研究科和北京大学国家研究所。1930年代曾入住南京国家图书馆，遍读历代文集。这对他后来一生的成就助益极深。他认为，大图书馆是“太上研究所”。
蔡尚思教授青年时期在北京自由听讲和就学于孔教大学、北京大学期间，曾受业于陈垣、朱希祖、陈大齐、梅光羲、李翊灼、江瀚、陈焕章和王国维、梁启超等学术界名流。到大学任教后，曾向太虚、蒋维乔问佛学，向章太炎问国学，向李石岑问哲学，向柳诒征问文化史，向吕思勉问通史。欧阳予倩、顾颉刚、刘掞藜、陈中凡、嵇文甫、张栗原、范文澜、齐思和、夏康农、黄云眉等给蔡的治学以很大鼓励。其中王国维、梁启超、蔡元培、陈垣、梅光羲、柳诒征、欧阳予倩、顾颉刚、陈中凡、嵇文甫、范文澜、齐思和等为教益最大最深的恩师益友。
蔡尚思成长甚早，20余岁即跨入大学任教。1929～1934年先后任上海大夏大学、复旦大学和武昌华中大学讲师、教授。1935～1942年，同时任沪江、复旦、东吴等大学和无锡国学专修学校教授，光华大学历史系主任。1946～1949年，任沪江大学教授。1949年起，并任上海商务印书馆特约编辑。
1949年上海解放后到1952年，任沪江大学副校长、代校长、教授。1952年，回复旦大学任历史系主任、教授，中共复旦大学党委委员，校务委员会委员，研究生领导小组副组长。1976年粉碎“四人帮”以后，任复旦大学副校长、社会科学学术委员会副主任、研究生部副主任、中国思想文化研究室主任等。他在各大学教授的主要课程有中国学术大纲、中国历代文选、中国思想史、中国政治思想史、中国近代思想史、中国哲学史、儒家哲学、墨子研究、中国经学概论、中国通史、中国政治史、中国社会史、中国教育史，等等。其教学时间最长的是中国思想史、中国通史、中国历代文选三门课程。
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