早年经历
朱能早年便在燕王朱棣麾下效力，曾随朱棣北征，收降北元太尉乃儿不花。他于洪武二十七年（1394年）承袭父职，担任燕山中护卫副千户。
起兵靖难
朱能塑像建文元年（1399年），朱棣发动靖难之役。朱能与张玉诛杀北平布政使张昺、都指挥使谢贵，夺取北平九门，被授为指挥同知。他随后又夺取蓟州，杀死都指挥马宣，攻破遵化、雄县，生擒杨松、潘忠。真定之战时，朱能随朱棣击败南军主帅耿炳文，并率三十敢死士追击至滹沱河。耿炳文整兵再战，朱能跃马大呼，直冲南军，俘获三千余众，因功升任都指挥佥事。后来，朱能又随军援救永平，击退江阴侯吴高，袭取大宁，并在会州立军时掌管左军，随即在郑村坝之战中击败曹国公李景隆。
建文二年（1400年），朱能随军攻破广昌、蔚州、大同，并在白沟河之战中担任燕军前锋，击败南军平安部，而后随攻济南。他驻军铧山，率奇兵从后方袭破南军。是年十二月，朱棣在东昌之战中被历城侯盛庸围困。燕军大败，张玉战死。朱能冲入重围，与周长等人殊死战斗，最终保护着朱棣突围而出。
建文三年（1401年），大将谭渊战死于夹河，燕军士气大挫。朱能率军赶到，连战连捷，击败南军，重振燕军士气。不久，朱能在藁城再次击败平安，追击至真定，又攻破彰德、定州、西水寨、衡水，生擒指挥贾荣。
建文四年（1402年），燕军攻破东阿、东平、汶上，但在淝河战败，大将王真战死。当时，诸将都劝朱棣退兵。朱能按剑而起，道：“汉高祖十战九败，最终却能夺得天下。而今我们连连得胜，岂能小有挫折便退兵而回，再向他人称臣。”朱棣也厉声叱责，诸将都不敢再言。不久，朱能率军南下，击败平安所部银牌军，随即又击败前来救援都督陈晖。他在灵璧之战中生擒平安等南军名将，收降十万南军，进封右军都督佥事。五月，朱能夺取泗州，渡过淮河，击败盛庸，又攻破盱眙、扬州。
加官进爵
同年六月，朱棣率军渡过长江，由金川门攻入南京，不久即皇帝位，是为明成祖，并于九月大封功臣。朱能被授为奉天靖难推诚宣力武臣、特进荣禄大夫、右柱国、左军都督府左都督，封成国公，获赐铁券，食禄二千二百石。他位列功臣第二，仅次于淇国公丘福。
永乐二年（1404年），朱能又兼任太子太傅，并加岁禄一千石。
南征病逝
永乐四年（1406年），明成祖任命朱能为征夷将军，让他率西平侯沐晟、新城侯张辅征讨安南，并亲自到龙江饯行。同年十月，朱能在行至龙州（在今广西）时病逝于军中，时年三十七岁，追封东平王，谥武烈。
洪熙元年（1425年），朱能得到“配享太庙”的殊荣，与河间王张玉、金乡侯王真、荣国公姚广孝一同附祭于成祖庙廷。
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