早年经历

天顺四年闰十一月二日（1460年12月14日）丙寅时，孙燧出生于浙江绍兴府余姚县（今浙江省宁波市慈溪市横河镇孙家境村），传说孙燧的母亲李夫人怀孕时，梦见两个太阳相斗，一个明亮一个昏暗。醒来后，两腋好像支撑不住，但心情非常愉快，好像天降祥瑞的预兆。到分娩的晚上，天空的西北方有五色云气，形状像彩虹，从奎宿射向北斗，红光照亮了整个屋子，于是孙燧出生了。

天顺八年（1464年），五岁的孙燧开始接受蒙学，私塾老师教他读书，他能随声应和，背诵如流，聪明才智超过其他儿童。老师惊异地赞叹说：“这孩子虽然出身于普通人家，但初次上学就能如此。孙氏家族一定会兴旺发达！原来听说他祖先五代敦厚诚实、施惠乡里。德不报者，天之道也。不报答自己的德行，而报答子孙后代，这是孙氏所说的吧！”

成化元年（1465年），父亲与姐夫邹儒对席而坐饮酒，孙燧从私塾回来，邹儒与他对对子，非常惊奇地说：“这孩子真有才能！没有想到他聪明绝顶，像这样出众的才华，真是他家族的光荣！”

成化四年（1458年），孙燧在谢家山的石筠堂读书，有一天，一个相面的人从湖边来听到咕哔之声，彻及户外，他惊讶地走进书堂，见到孙燧后说：“目光如星，声音如钟，真是个大人物！好好培养他，日后一定能做到开府衔，为国家建立大功业。可惜他的脖子短些。”

成化七年（1461年），孙燧因擅长写文章被人称赞。孙燧写文章，才华横溢，文思敏捷，文章雄健深厚，风格高雅淳朴，意到笔到。当时同县的黄珣、杨守陈阅览他的文章后击节赞赏说：“这是谁家的孩子？年纪很轻而学习优良，他开口说话则文雅出众，才华横溢。假使让握笔磨墨的文人墨客们写一篇文章，也不能有一个字超过他。他日功名将与老夫相等，而他的事业将超过我们。”

成化十二年（1466年），孙燧被补为邑庠生。

弘治五年（1492年），孙燧以《易经》考中浙江乡试，夺得魁首。

弘治六年（1493年），孙燧考中进士。

步入仕途

弘治十年（1497年），孙燧被授予刑部贵州司主事的职位，他执法严谨，不轻率从事。刑部尚书白昂很器重他，让他掌管各司的奏章。僚属中有疑难的案件，必定向他询问。

弘治十四年（1501年），孙燧升为刑部江西司员外郎。

邃庵赏识

弘治十六年（1503年），孙燧又升为刑部江西司郎中。当时他奉命在南畿决断囚犯，又在江西考虑处理许多平反的案子，平反了许多冤案。当时杨一清听说孙燧通晓法律条文，就与他同船北上，对孙燧的学识大为赞赏。

正德二年（1507年），孙燧遭遇外艰（父丧），随后又遭遇内艰（母丧）。

正德六年（1511年），孙燧服丧期满，又重新被任命为刑部湖广司郎中。当时正赶上刘瑾作乱，司法部门多听从刘瑾的旨意行事，歪曲事实。适逢朝审要审理囚犯，杨一清在吏部任职，负责起草给明武宗的奏章。那些囚犯多不能坦白交待罪行，审问的人也无法回答。孙燧当时在旁边，询问此事，便把实际情况告诉了杨一清，于是杨一清请求释放了十几个值得同情的囚犯，也对孙燧更加敬重。十二月，升任福建右参政。孙燧奉命督储粮食，他斟酌时宜，革除宿弊，军饷不缺乏而百姓困顿得以缓解。他核实武平地区平定贼人的功劳，革除冒滥许多的情况，全以公心处理此事，不怕怨恨诽谤，又增置晦庵祠田五十多亩。

正德八年（1513年）九月，升贵州按察使。杨一清说：“这不是合适的安排。”于是在正德九年（1514年）正月，孙燧改任山东按察使。他处事如流、判案如神，牢狱中没有积压的案件，数月后牢狱就空了，没有冤枉的百姓。

正德十年（1519年）五月，升任河南右布政使。

巡抚江西

当时，宁王朱宸濠阴谋叛乱，勾结太监和皇帝的宠臣，日夜刺探朝廷动向，希望朝廷发生变故，乘机起事。又威胁和利诱一些官吏，以便为他所用。他恼恨巡抚王哲不顺从他，下毒药使王哲得病，一年后去世。董杰接任，仅八个月又死。从此以后，凡在江西做官的人，都惶恐不安，以离开江西为幸事。董杰之后相继接任的任汉、俞谏，都只一年便罢官归家，导致了江西巡抚职位空缺。杨一清对陆完说：“这个巡抚职位是兵民所依靠以安定命运的职位，应该慎重选择人选。”陆完举荐了几个人选，杨一清都认为不妥当。接下来轮到孙燧时，杨一清说：“就是他了！他是不怕强暴、善于处理事情的人。”

正德十年（1519年）十月，明武宗升孙燧为右副都御史，巡抚江西。孙燧受命后叹息道：“这到了生死关头了。”把妻室儿女送回故乡，自己只带两个书童去上任。这时，朱宸濠谋反的行径已明显暴露出来，南昌人惶惶不安，说朱宸濠早晚会做天子。孙燧的左右都是朱宸濠的耳目，孙燧防备严密，使他们什么也窥探不出来。孙燧虽时向朱宸濠讲说忠义之道，而朱宸濠终不悔改。孙燧暗中察觉副使许逵为人忠信，可以托付重任，便与他商议。孙燧考虑到向朝廷告发是无济于事的，便借口御寇而预做防乱准备：先屯兵于进贤城，再屯兵于南康、瑞州两城；因建昌县多盗，从中分出一些地方而设立安义县，以渐渐消除忧患；奏请恢复饶、抚二州兵备，若能恢复，则请令湖东分巡兼管；九江为鄱阳湖之重地，最为要害，奏请加重兵备的权力，使他们兼管南康、宁州、武宁、瑞昌以及湖广之兴国、通城，以便控制形势。广信之横峰、青山诸窑场，地势险要人悍强，奏请设通判驻于弋阳，兼督附近五县兵马。又恐朱宸濠劫夺兵器，便以讨贼为名，将兵器转移到别处。朱宸濠窥探到孙燧是在对付他，使人贿赂朝中幸臣设法除去孙燧，而且送给孙燧以枣梨姜芥（即“早离江界”的谐音，意为让孙燧趁早离开江西）以示意，孙燧笑着退还。许逵劝孙燧先发制人，然后上报朝廷，孙燧曰：“为何要给贼以发难的借口，暂且等待。”

正德十三年（1518年），江西大水，朱宸濠平素所蓄养的盗贼如陵十一、吴十三、闵念四等，出没于鄱阳湖。孙燧与许逵策划要将他们逮捕。三贼逃到沙井，孙燧计划自江外乘其不备予以逮捕，但是那夜大风大雨，未能成功，三贼躲藏于朱宸濠的祖坟中。孙燧秘密上疏，向朝廷报告盗贼的情形，并且说朱宸濠必反。连续上疏七次，都为朱宸濠半途截获，而未能到达朝廷。朱宸濠非常憎恨孙燧，设宴毒害他，孙燧未死。孙燧请求辞职，朝廷不准，他十分忧惧。

惨遭杀害

正德十四年（1519年），朱宸濠强迫镇巡官向朝廷奏陈其“孝行”，孙燧与巡按御史林潮想借此延缓朱宸濠反叛的阴谋，于是共同将朱宸濠的“孝行”奏于朝廷。朝廷正要降旨谴责孙燧等人，恰巧御史萧淮揭发了朱宸濠一切不轨行径，朝廷诏令重臣宣布。朱宸濠闻讯，便决意起兵反叛。

六月十三日（7月9日）是朱宸濠的生日，宴请镇巡三司。十四日（10日），孙燧与诸大吏去向朱宸濠道谢，朱宸濠预设伏兵，孙燧等来时，声称太后诏令他起兵讨贼。众人相顾失色，不知所措。孙燧向前说道：“这是说哪里话，请把诏书拿出来我们看！”朱宸濠说：“不必多讲，我要去南京，你给我扈驾。”孙燧大怒道：“你命不长了，天无二日，我岂能从你为逆！”他急起要走，但已走不出去了。朱宸濠入内殿，换上军装，指挥士兵缚住孙燧。许逵奋起喝道：“你们怎能侮辱天子大臣！”以身挡孙燧。朱宸濠也把许逵捆绑起来。二人大骂。朱宸濠把孙燧的左臂折断，与许逵一同拉出去了。许逵对孙燧说：我之所以劝您先发制人，是因为料定会有今日。”孙燧与许逵同被害于惠民门外。巡按御史王金、布政使梁宸以下，都向朱宸濠叩头，高呼万岁。

朱宸濠举兵反叛，任命三贼（陵十一、吴十三、闵念四）为将军，首先遣娄伯进军进贤，为知县刘源清所斩。朱宸濠召集了一伙盗贼来响应他的号召，然而三贼因为害怕当地的官吏而不敢轻举妄动。朱宸濠大肆搜索城中军械，城中军械早已转移了，以致其兵卒多持木棍。伍文定起兵抗贼，设孙燧、许逵二人的灵牌于文天祥祠内，率吏民祭祀恸哭。南赣巡抚王守仁也起兵平叛。叛军逃往安义，全部落网，无一逃脱。人们更思念孙燧的功绩。

身后之事

正德十五年（1520年），江西的守臣将孙燧的事迹上奏朝廷，没有得到批复。

明世宗即位后，赠给孙燧礼部尚书官衔，谥号忠烈，和许逵一同祭祀在南昌，赐祠名旌忠，各荫庇一个儿子。