魏校的先祖本姓李，因居住于苏州葑门之庄渠，故号庄渠。
弘治十八年（1505），考中进士。
正德元年（1506），授南京刑部云南司主事。历任刑部陕西司员外郎、刑部广东司郎中。守备太监刘瑯借助刘瑾的权势，作威作福，台省官员望尘奔谒，唯独魏校不肯来往。刘瑯有时候自书判状送法司，没有人敢于违抗，而魏校直行己意，无所徇私。经历姚元的侄子因眼红姚元的家产，于是诬告他，并贿赂刘瑯，打算置他于死地。但魏校为姚元洗刷冤屈，刘瑯也不敢造次。魏校空闲时，与余祐、夏尚朴、王道讲授圣贤之学。
正德九年（1514），召为兵部职方司郎中，称病归乡。
正德十六年（1521），明世宗即位，起任广东提学副使，崇德行，略文词，毁淫祠，兴社学，禁火化，厚人伦。
嘉靖五年（1526），大计外吏，大学士贾咏、吏部尚书廖幻以私人仇怨，欲罢免魏校、河南副使萧鸣凤、陕西副使唐龙。吏部考功郎中马理力争说：“三人督学政，名著天下，必欲去三人，请先去理。”于是两人作罢。丁忧，服阕，补任江西兵备副使。历任河南督学副使、大理寺少卿、国子监祭酒、太常寺卿，致仕。卒谥恭简。
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