初露锋芒

嘉靖二十八年九月初二日（1549年9月22日），倪涷出生于浙江承宣布政使司绍兴府上虞县（今浙江省绍兴市上虞区），字霖仲，号雨田，贯军籍。其祖上在宋朝时居住于青州，至南宋初先祖倪侅跟随皇帝南渡，迁居上虞贺溪，儿子倪忠又迁居横山，是为横山倪氏之祖。倪涷五经研习《诗经》，九岁能写文章，十六岁补县学附生，隆庆四年（15790年）中举人。五年（1571年）会试，张居正典试，倪涷文章中涉及时务，被斥为狂，遂落第。

万历二年（1574年）倪涷举三甲进士，四年授江西安福县知县。上任即修复古书院，与乡绅约定不可因私废公，巧妙平息了城西数十月不绝的火患，又捉拿了为非作歹的豪强王矩、王继、王罗等人。当时倪涷虽然年少，但决断力却超过了老吏。上司听说了倪涷的才能，便把三十多件陈年旧案交给倪涷去处理，倪涷第二天便具牍呈报，明晰了其中的曲直原委，上司十分惊叹，视倪涷为神明。除此以外，倪涷在任亦兴庠教士，劝农务本，有邹善《学田记》记其事迹。

倪涷生平耿直，不依附权势，因为弹劾张居正而被陷害的御史刘台正名，而于万历八年（1580年）被调任南直隶松江府同知。据府志载守令题名，可知倪涷亦有别号碧山。九年（1581年），贬山西按察使司照磨。十年（1582年），升福建同安县知县，平反洪司寇之冤狱，明察叶日新之受诬。同年张居正去世，御史刘台被平反，倪涷于十二年（1584年）升任南京兵部车驾司主事。

改革船政

当时船政存在很大问题，快船负责运载辎重，依祖制由军余亲自应征，却不给予必要资金支持，修缮船只的钱都要自己出。虽然有令说不是很富有的人就不要来服役，但是富者以贿免役，实际服役者都是来自普通乃至贫穷家庭的人。即使如此，宦官和军官们仍然把他们当成了装钱的口袋，对其敲诈勒索，使得“受役者至倒脂罄髄不能供”。恰逢有“风霾之变”，诏求直言，倪涷便具疏议官守、议差使、议支放、议木料、议出则已五条，遂以南京兵部尚书傅希挚荐专理船政，时为万历十四年（1586年）八月。

与快船同一时期的有马船，负责运输军马，采取的是雇佣船夫的方式，不会受到“中人卫帅”的敲诈。倪涷便将快船也改为采用和马船一样的的雇佣制，与之相配套地将外观也改为和马船一致，即其所谓“今日亟反之计，在改快船为马船而已”。然而快船本身数量即多余马船，如果也采用雇佣制，将是一笔不小的花费。不过倪涷指出，当前快船数量过多远超需求，故各船三年一修以备出航，致使很多船停泊二年无事可做，而徒增损朽；船夫的俸禄也是出航那一年才较多，即所谓“劳少而利微”。针对此情况，倪涷大幅削减了马快船尤其是快船的数量，并规定“一年修船出差，一年一年更番休息”，使得船因为频繁修理而得以不朽，船夫多劳多得亦无所怨恨。“照例募夫，增其值不过二万，岁支米四万耳，而少科之可入金万五千，则所少者不过五千，而修造所省亦略相等矣。”

三年后事成，“计岁省金钱十余万，蠲宿逋万。”人民感念他的德行，为他在朝天宫建立生祠，匾额上写着“惠德”二字。

四任知府

万历十七年（1589年），倪涷以功升尚宝司丞，不愿就任，改江西抚州府知府。抚州因饥荒发生民乱，倪涷逮捕首犯，又上疏赈灾十策，得以安定民心。五月后，于万历十八年（1590年）调南直隶淮安府知府，治水有功。十九年（1591年），丁内艰归。万历二十二年（1594年）六月补湖广荆州府知府。荆州为张居正老家，倪涷早年与张居正有过节，当时张居正已被清算，族人们担心倪涷报复，倪涷却好言安抚，有人土地被有权势者掠夺，倪涷甚至帮其维护权益，由此赢得了“厚德”的美名。倪涷又严明吏治，得到了宗藩与士民的爱戴。褚鈇原为张居正干将，在冤杀安庆士人吴士奇一事上出力良多，倪涷屡有微词，褚鈇怨之。倪涷上任四月后，原张居正亲信万建昆被征为京官，褚鈇为了献媚，破例收缴荆地财货，倪涷不从，仅仅给了两匹细绢，褚鈇怒而将倪涷劾罢。荆州恳请其留任的人数以万计。

万历三十四年（1606年）十月，以吏部左侍郎杨时乔荐起广东琼州府知府，疏辞不允，于三十五年（1607年）五月上任。当时琼州缺知府八年，法令松弛民众狡猾，数千人欲起兵作乱，被倪涷镇压。倪涷广布威德，人民又高兴又惧怕。适逢大旱，倪涷带领民众祈祷，果得大雨。又凿井筑城，人民德之，名之为“倪公井”、“倪公城”。又开荒垦田，建备荒仓，后遇荒年，民果得无忧。万历三十八年（1610年）任满，抚按推卓异第一，然倪涷思乡心切，遂离职不复为官。

含笑离世

万历四十二年（1614年）秋，倪涷从武林山水游玩回来，忽然感觉吃不下饭，后饭量越来越少，甚至把吃进去的饭也吐了出来。十二月二十二日（1615年1月21日），已经卧榻不能起。二十四日（1月23日），倪涷回光返照，忽然坐了起来，儿子倪元璐搀扶着，倪元瓒则罗侍榻下。倪涷端坐垂拱，看了眼倪元璐后微笑着去世了。后以子倪元璐于崇祯十七年（1644年）甲申之变时为国殉节追赠光禄大夫、太保、吏部尚书。