朱由榔于公元1623年生于北京。他的父亲桂王朱常瀛，是明神宗第七子，封于湖南衡州（今衡阳）。公元1627年就藩，公元1643年，张献忠攻陷衡州，朱常瀛逃往广西。大明弘光元年病死于苍梧（今梧州），谥号“端”。三子安任王朱由（木爱）承嗣。隆武称帝后，兄桂恭王一病不起，不久朱由榔被封桂王。
公元1646年，隆武帝朱聿键在福建汀州被清军俘虏，随即被害。国不可一日无主。按照明朝的当时的继承制度，皇位应该由明神宗的直系男性后裔继承。而当时明神宗的男性后裔只剩下朱由榔一人。于是在广西巡抚瞿式耜等人的拥立下，同年十月初十日（一说十四日）朱由榔称监国于肇庆，以丁魁楚为首席大学士兼兵部尚书，瞿式耜为东阁大学士兼吏部左侍郎管尚书事，同时任命了各部院官员。
监国七天之后，十六日赣州失守（十月初四日）的消息传到肇庆。肇庆距离赣州还有相当一段路程，但举朝汹汹，监国的喜庆气氛消失得无影无踪。司礼监太监王坤主张立即逃难，首辅丁魁楚随声附和，大学士瞿式耜等力主镇定，也只推迟了四天。十月二十日，朱由榔逃往梧州。这种行为无异于放弃广东，导致永历朝廷在广东人心尽失。
十一月初二日，隆武朝大学士苏观生同广东布政使顾元镜、侍郎王应华等在广州奉请隆武帝之弟唐王朱聿鐭监国，并且抢在朱由榔之前，在同月初五日正式称帝，改第二年为绍武元年。
十一月初八日，朱聿鐭在广州即位的消息传到梧州，为收拾广东民心，朱由榔于十一月十二日东返肇庆，十八日宣布即皇帝位，改第二年为永历元年。同时，追尊其父朱常瀛为端皇帝，兄朱由（木爱）为桂恭王；嫡母王氏为慈圣皇太后，生母马氏为昭圣皇太后。
十二月十五日，正当绍武政权在同永历朝廷激战正酣，并且占据上风的时候。清军在佟养甲、李成栋统率下，伪装成明朝军队，出其不意地攻占广州。绍武帝及首辅苏观生自杀殉国，广东沦陷。
十二月二十六日永历朝廷离开肇庆再度逃入广西。
公元1647年正月初一日，朱由榔到达梧州，仍恐不安全，又经平乐府（今桂林市东南）逃到桂林。
公元1647年正月十九日，李成栋部于顺治四年正月十九日由三水进至高明，留守肇庆的明两广总督朱治涧不战而逃。李成栋即命部将罗成耀留镇肇庆，自己领主力进攻梧州。梧州守将陈邦傅弃城而逃。二十九日，李成栋占领梧州。二月间，明内阁首辅丁魁楚投降，被杀。
公元1661年，清军攻入云南，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸，莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后继位。1661年8月12日，莽白发动咒水之难，杀尽永历帝侍从近卫。
莽白得到清军进入缅境的消息后，曾写信给吴三桂，到1662年1月22日，莽白将永历帝献给吴三桂，明朝皇统彻底灭亡。1662年6月1日，永历帝父子及眷属25人在昆明篦子坡遭弓弦勒死，终年40岁。其身亡处后改名为逼死坡。
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