矢报父仇

方瑛生于明成祖永乐十四年（1416年）。明英宗正统（1436年—1449年）初年，方瑛以舍人身份随父亲方政征麓川。方政在第一次麓川之役中战死，方瑛发愤，矢志要报父仇。最初，他承袭指挥使之职，后来朝廷论方政战死之功，将其升为都指挥同知。

正统六年（1441年），方瑛随王骥参与第二次麓川之役。在战斗中，他率兵六千突破叛军营垒。叛军首领身着黄衣正坐在帐幕中，方瑛直向前冲，左右的人斩杀了数百名叛军，踩死无数人，于是将叛军根据地夷平。方瑛因功升为都指挥使。不久，他又随王骥击破贡章、沙坝、阿岭等地的叛军。再升为都督佥事，管后军都督府事务，又充任右参将，协助镇守云南。

正统十三年（1448年），方瑛又随王骥参与第四次麓川之役，攻破鬼山大寨。战后，方瑛留镇云南。

累功西南

景泰元年（1450年），朝廷认为方瑛有将才，命都督毛福寿去接替他。方瑛入朝后，升任都督同知。他刚抵京不久，贵州苗人就发动叛乱，道路梗阻，王骥请求让方瑛前来讨伐。同年四月，方瑛被任命为右副总兵，与保定伯梁珤、侍郎侯琎将苗人逐一击退。战后，因功进升为右都督。他又攻破赏改等寨，擒获伪苗王王阿同等人。侯琎病逝后，都御史王来接替他总督军务，分道往香炉山击贼。方瑛从龙场进兵，大破贼人，讨平了他们。

景泰三年（1452年）秋，王来弹劾方瑛违法之事，明代宗朱祁钰置而不问。王来被召回后，朝廷命方瑛镇守贵州。同年冬，方瑛率军讨伐白石崖叛军，俘虏和斩杀二千五百人，招降四百六十座敌寨。论功进升为左都督。

景泰五年（1454年），四川草塘的苗人黄龙、韦保作乱，自称平天大王，抢掠播州的西坪、黄滩。方瑛与巡抚蒋琳会同川兵进剿，叛军首领全部就擒。方瑛便分兵攻克中潮山和三百滩、乖西、谷种、乖立等寨，擒获伪王谷蚁丁等人，斩首七千余级。

入统京营

平定黄龙等人不久后，廷臣认为应将禁军交给方瑛统率，朱祁钰便将其召回，同武清伯石亨一起总督京营军务。朱祁钰下诏进封他为奉天翊卫宣力武臣、特进荣禄大夫、柱国，封爵南和伯，食禄一千石，赐诰券，予子孙世袭。

再平苗乱

景泰六年（1455年），蒋琳上奏说方瑛以前守贵州时，边境安宁，苗蛮畏服，请求派他回贵州。朱祁钰不许。

不久，湖广苗人反叛，朱祁钰任方瑛为平蛮将军，率京军去讨伐，而派御史张鹏在他的后面暗中观察。张鹏回来后上奏说方瑛所过之地秋毫无犯，朱祁钰非常高兴。

景泰七年（1456年），叛军首领蒙能攻打平溪卫，都指挥郑泰等人将他击退，蒙能被火枪击伤。方瑛于是进入沅州，连破鬼板等一百六十余寨。他又与尚书石璞移师天柱，率领陈友等人分击天堂等寨，又大破叛军。共攻克寨二百七十座，生擒伪侯伯以下一百零二人。当时英宗朱祁镇已经复位，捷报传到朝廷，石璞被召回，方瑛留镇贵州、湖广。方瑛讨伐蒙能余党，攻克铜鼓、藕洞等一百九十五寨，覃洞、上隆等地苗人分别斩他们的首领来归附。朱祁镇嘉奖方瑛之功，进封他为南和侯，岁禄一千二百石。

天顺二年（1458年），贵东苗人干把猪等人僭称伪号，攻打都匀各卫。朱祁镇命方瑛与巡抚白圭会同川、湖、云、贵的部队讨伐，攻克六百余寨。生擒干把猪及其部属六百二十一人，斩首四千七百九十级，俘获男女五千五百余口，边境地区全被平定。

卒于镇所

天顺四年十月二十八日（1460年11月10日），方瑛在驻镇之地去世，终年四十五岁。朱祁镇闻讯后，惊愕悲悼，为其辍朝一日，赐葬祭，谥号“忠襄”。