幼承家学

方以智画像方以智自幼秉承家学，接受儒家传统教育，他从小由母亲和姑姑一起抚养长大。除了家学，他所授业的老师亦都是当时的著名学者。白瑜，长于词赋经史，崇尚实学。王宣则专攻名物训诂和《河》《洛》之学，治学严谨，是当时治《春秋》的大家。当时王已七十余岁，所著《物理学》对方以智以后写作《物理小识》多有启发。傅海峰则是当时的名医。另外，家中还有藏书丰富，被誉为“两间皆字海，一尽始羲皇”的稽古堂。在这样的环境中，少年时代的方以智受到了浓厚学术氛围的熏陶。由于其祖辈都直接或间接同东林党有关系。他从小也养成了关心时世的习惯。十四岁时，曾徒步到数百里外的考场参加会试，以此来磨炼意志。

成年后，方以智载书泛游江淮、吴越间，遍访藏书大家，博览群书，四处交游，结识学友。在他的学友中有西洋传教士毕方济与汤若望，并阅西洋之书，从他们那里，方以智学习了解了西方近代自然科学，从而更加开阔了视野，丰富了学识。为谏议皇帝选贤用能，革除弊端，实行某些改革，曾写了《拟求贤诏》《拟上求治疏》《拟上求读书见人疏》等，决心以襄扶明朝中兴为己任。他曾在《书鹿十一传后》中表示要“挹东海之泽、洗天下之垢”。曾与张溥、陈子龙、吴伟业、陈贞慧、吴应箕、侯方域等主盟复社，裁量人物，讽议朝局，以文章誉望动天下。方以智的父亲方孔炤任湖广巡抚时被杨嗣昌弹劾下狱，方以智怀血疏讼冤，方孔炤这才得释，一时传为佳话。

崇祯初年，方以智在他父亲所建的城郊泽园中，成立“泽社”，不仅研究文学，也带上政治色彩。社中有方以智的堂叔方文，妹夫孙临，以及钱秉镫、周岐等人。方以智或赋诗作文，或读经、史，又关心“万物之理”，随时札记，积累了丰富知识，奠定了学术基础。

那时，桐城阮大铖，是魏忠贤阉党的余党，崇祯初即被列入“逆案”名单。方的同学钱澄之曾加入阮大铖退居养晦时所创建的江社，经方以智劝阻后，又退出江社。转而参加泽社的文课，凡江社的会期都辞谢不赴。而作为“乡先辈”的阮大铖开始对方产生仇隙。

崇祯七年（1634年），桐城“民变”，方以智移居南京。结交天下名士有黄宗羲、吴应箕、陈贞慧、冒襄、侯方域、顾杲、沈昆铜（沈士柱）、陈梁等人。

崇祯十年（1637年），他们大会东林党被害六君子的孤儿周茂兰、魏学濂等于桃叶渡。方以智和陈梁曾写长诗纪事，为东林党扬声吐气。这时阮大铖寄居南京，谈兵说剑，联络各方，希图再起。

方以智画像(2张)崇祯十二年（1639年），陈贞慧与吴应箕共同起草驱逐阮大铖的宣言《留都防乱公揭》。公揭以东林创始人顾宪成之孙顾杲以及黄宗羲为首署名，共计一百四十人。阮大铖在千夫所指之下，隐藏到城外牛首山，不敢进城。尽管方以智这年春天回桐城，秋后重来南京应试，未曾在揭贴上署名。但阮大铖联系江社往事，仍认为公揭出于方以智主谋，因此怨毒更深。

崇祯十三年（1640年），方以智中进士，选为庶吉士，有人向崇祯帝推荐方以智，崇祯召对德政殿，方以智“语中机要，上抚几称善”。后在京任工部观政、翰林院检讨、皇子定王和永王的讲官。

崇祯十四、十六年已分别开始写作《通雅》与《物理小识》。

崇祯十七年（1644年），李自成农民军攻入北京，崇祯皇帝自缢，方以智在崇祯灵前痛哭，被农民军郭营俘获，农民军对他严刑拷打，“两髁骨见”（《明史稿·方以智传》），但他始终不肯投降。当方以智在北京誓死不降农民军之事传入江南时，友人皆把他比拟为文天祥。不久，李自成兵败山海关，方以智侥幸乘乱南逃，大难不死。

方以智辗转奔向南京投奔南明弘光政权，仇敌阮大铖把持南明弘光朝政，借口方以智在李自成入京后没有“殉节”，而把方列入“从逆六等”中的第五等，处理方法是“宜徒拟赎”。于是不得不改名吴石公，流寓岭南、两广一带以卖药为生。不久，南明隆武帝以原官庶吉士相召，方以智不应，取名“三萍”，浪迹于珠江山水间。

清顺治二年（1645年），弘光在南京即位，阮大铖通过关系成为兵部尚书，对大批东林后人以及复社成员进行了报复。

中期

从明崇祯十七年（1644年）至清顺治九年（1652年）在广州期间。方以智改名吴石公，后被南海令姚奇胤发现。姚是方的故人和庚辰（1640年）考试的同年，他请方为其儿子姚端的老师。在南海令官署，方以智重新整理《通雅》旧稿。又曾写《锦缠玉》剧本，亲教伶人排唱。这时他写作的诗集取名为《瞻旻》。方到粤不久，其夫人潘氏携第三子方中履经福建来广州团聚。

隆武二年，桂王朱由榔称帝于肇庆，由于父执瞿式耜的引荐，方以智参与了拥立永历政权的活动，任左中允，少詹事，翰林院侍讲学士，拜礼部侍郎、东阁大学士，方以智很快便发觉桂王政权朝不保夕，名不符实，内则门户纷争，奸人当道，外则与广州绍武政权同室操戈，兵戎相见。桂王更是胆小如鼠，稍稍闻风即奔走靡常，这一切使方以智心灰意冷，后被太监王坤诬劾免职，不得不遁迹于少数民族聚居的湘、桂、粤西一带，过着“曲肱茅屋鸡同宿，举火荒村鬼作邻”的生活。当清兵大举南下时，在梧州出家，法名弘智，发愤著述同时，秘密组织反清复明。

永历四年（1650年），清兵入广西桂林，瞿式耜与张居正的曾孙张同敞共同守城殉难。方以智去昭平仙回山“披缁为僧”。方中履随方以智入山“父析子荷，父汲子炊”，过着饥寒交迫的生活，终于被清兵搜出。清帅马蛟驎反复逼降无效，最后听任方为僧。方以智于是去梧州，在梧州云盖寺居住两年。

清顺治九年（1652年）八月，偕同施闰章至庐山，同年年底回桐城省亲。他的哲学著作《东西均》的开章即写于到达庐山之时。其对政治和社会的理想与抱负无从实现，于是全部精力转入著书立说的学术生活中。在流离中缺乏图书资料，他自己说“作挂一漏万之小说家言，岂不悲哉。愚道人今年三十六矣，读书亦有命”（见《通雅》卷三附记）。然而在这一时期终于写成《物理小识》《切韵声原》《医学会通》《删补本草》等书。

晚期

顺治十年（1653年）元旦，回到桐城南郊白鹿湖见到父亲方孔炤。安徽地方官要奏用他时，他说：“匹夫不可夺志，出世人安往（往何处），不得涅盘也？”就在这年，他重去离别十年的金陵，皈依天界寺的觉浪道盛法师。方以智“闭关”于金陵高座寺的看竹轩，潜心写哲学著作，自称极丸老人。作为曹洞宗的一个法门弟子，佛教对他有一定影响。

康熙十年（1671年）冬，方以智为粤事牵连被捕，解往广东，途经江西万安惶恐滩头。十月七日（11月8日），因疽发卒于舟中。