正德十一年（1516）举人，正德十二年（1517）进士，授南京兵部车驾司主事。进贡时，宦官索舟超过定额，臧应奎大力裁减。宦官派遣士兵喧哗于兵部，臧应奎命左右逮捕，宦官遁去。父所生母卒，法不得承重，执私丧三年。入为礼部精膳司主事。
嘉靖三年（1524）八月四日，在“大礼仪之争”中受杖刑而死。
臧应奎以圣贤自期，曾经过文庙，慨然对朋友说：“吾辈死，亦当俎豆其间”，立志如此，可见一斑。
曾祖父：臧和
祖父：臧瓛
父：臧维，曾任副千户。
母：黄氏
妻：严氏
弟：臧应璧
长子：臧继英
次子：臧继荩
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