崇祯十六年（公元１６４３年）中进士。崇祯十七年（公元１６４４年）三月明毅宗崇祯皇帝朱由检自缢后，福王朱由崧在南京即位，建立南明，年号弘光，贞毓任户部主事。弘光元年（公元１６４５年）弘光帝失败后，唐王朱聿键称帝，改年号为隆武。贞毓任吏部文选主事。隆武二年（公元１６４６年）隆武帝失败后，他参于拥立桂王朱由榔，贞毓升太常卿。次年（公元１６４７年）正月，改年号为永历，贞毓任郎中。二月，永历帝逃至桂林，贞毓任吏部左侍郎。永历二年（公元１６４８年），任户部尚书。永历四年（公元１６５０年）二月，永历帝因广东西会城失陷，贞毓随驾先至浔州（今广西桂平）。其时，孙可望在贵州自称秦王，胁迫朝廷降旨封赠，贞毓和大学士严起恒都竭力反对，孙可望便怀恨在心。同年十一月，孙可望密派亲信将官把严起恒杀害。当时贞毓因奉旨出使在外，才免遭其害。贞毓回朝后，进封为东阁大学士（宰相）。
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