为人柔佞滑稽，不修士行。
成化十一年（1475）进士。授工部主事。历任员外郎、郎中、浙江左参政。
弘治十八年（1505），擢山东右布政使，进左布政使
正德二年（1507），迁右副都御史，巡抚甘肃。分守中官张昭奉命捕虎豹，曹元以军士出境搜捕，恐启边衅，上疏请止，不从。改任陕西巡抚。
正德三年（1508），召为兵部右侍郎，转左侍郎，不久代乔宇为兵部尚书，兼督团营。
正德四年（1509），加太子少保，赐蟒衣、玉带。将校的迁除，皆惟刘瑾的命令是从，曹元得到的贿赂不可计算。
正德五年（1510）二月，拜吏部尚书兼文渊阁大学士，供事内阁。曹元与刘瑾有亲戚的关系，自刘瑾侍奉东宫，即与相结。及刘瑾得志，曹元得以入阁，然为人无能，在阁中饮酒谐谑而已，士人皆以为耻。
八月，刘瑾事败，曹元即日上疏请罪，“愿宥不职之罪，开更生之门，贬太平之民，守先人之墓”，词极哀。诏许致仕。三日后，言官交劾，黜为民。曹元无子，病中自作墓志，叹曰：“我死，谁铭我者！”
正德十六年（1522），卒于京第，年七十三岁。
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