位居宰相
韦巨源出身关中士族京兆韦氏郧公房，祖父韦匡伯初仕北周，袭爵郧国公，入隋后，改封舒国公。韦巨源早年以门荫入仕，在武周时期，历任司宾少卿、司府卿、文昌右丞。
长寿二年九月辛丑（693年8月20日），韦巨源以文昌右丞之职拜相，被授同凤阁鸾台平章事。当时，内史李昭德独揽朝政。韦巨源与豆卢钦望、陆元方、苏味道、杜景俭虽同为宰相，但都依附李昭德，不敢纠正他的过失。
长寿三年（694年）三月，韦巨源任夏官侍郎，仍旧知政事。
证圣元年（695年），李昭德罢相，韦巨源受牵连被贬为鄜州刺史。不久，韦巨源又被召回朝廷，历任地官尚书、神都留守。
长安二年（702年），韦巨源任刑部尚书，又加太子宾客，再为神都留守。
依附韦后
神龙元年（705年），唐中宗李显复位，韦巨源工部尚书，封同安县子。随后又任吏部尚书、同中书门下三品，进封郇县伯。之后因从叔韦安石拜相，韦巨源避亲罢知政事。改任侍中、中书令，进封舒国公，附入韦皇后三等亲，成为韦皇后的兄弟，编入属籍。
景龙二年（708年），传言韦皇后衣笥裙上有五色云，是吉兆，韦巨源请公布天下，李显听从并大赦。当时星坠如雷、野雉同叫之类的凶兆，韦巨源却不说。韦巨源见李显昏惑，便与左卫将军同中书门下三品宗楚客、吏部尚书同平章事郑愔、谏议大夫赵延禧等传播妖言祥瑞，秘密引导韦皇后效法武则天。
景龙三年（709年），韦巨源任尚书左仆射，依旧知政事。不久，又任尚书令、同中书门下三品，仍旧监修国史。当时朝廷因时将在长安南郊的天坛（圜丘遗址）进行祭祀，韦巨源受韦皇后之意，协同国子祭酒祝钦明提议让韦皇后参与祭祀，并让韦皇后为亚献，韦巨源为终献，大臣女为斋娘，李显同意。
失势被杀
唐隆元年六月庚子（710年7月21日），临淄王李隆基和太平公主发动政变，杀韦皇后、安乐公主。消息传出后，韦巨源家人建议其躲避。韦巨源答：“我是大臣，有难岂能不赴？”出门到都城长安的街道，被乱兵所杀，时年八十岁。
身后殊荣
景云元年六月甲辰（710年7月25日），李隆基拥其父亲，曾为皇帝的相王李旦复辟，即唐睿宗。李旦追赠韦巨源特进、荆州大都督。太常博士李处直建议谥韦巨源为“昭”，户部员外郎李邕反对，说：“武三思引荐他为宰相，韦皇后以他为亲属。无功受封，无德受禄。他诽谤同族韦安石，却阿附外人宗楚客。谥号‘昭’是不合适的。”李处直仍坚持建议谥号为“昭”，李邕再次上表反对，但睿宗李旦仍然谥韦巨源为“昭”。
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