幼随父耿继茂于镇所。顺治十一年（1654），耿继茂奏遣长子耿精忠与耿昭忠入侍，并授爵一等精奇尼哈番。顺治十二年（1655），以贝子苏布图之女（饶余亲王阿巴泰的孙女）为妻，例得多罗额驸，进秩视和硕额驸，加太子太保。子耿嘉祚。
康熙十三年（1674），耿精忠在福建叛乱，耿昭忠、耿聚忠率子请死，于家待命。康熙十四年（1675），上念耿昭忠、耿聚忠未与耿精忠同谋，赦免其罪，复秩如故。
康熙十五年（1676），耿精忠降，授耿昭忠镇平将军，驻福州，代耿精忠治藩政。康熙十六年（1677），藩下参领徐鸿弼等揭发耿精忠降后尚蓄逆谋，耿昭忠具以闻，并劾助逆曾养性等十余人，上留疏于中。
康熙十七年（1678），耿精忠还福州，命耿昭忠以其祖父之丧还葬盖平。康熙十九年（1680），召耿精忠诣京师， 耿昭忠 、耿聚忠疏劾耿精忠背恩为乱，违母周氏训，蹙迫以死，诬祖父耿仲明与吴三桂在山海关时先有成约，请予显戮。寻命耿聚忠诣福州，议徙藩兵。耿聚忠疏陈藩兵当尽徙，称旨，命以耿精忠家属还京师。耿精忠磔死、籍没，耿昭忠、耿聚忠应连坐，以其曾疏劾耿精忠予免议。耿精忠既诛，昭忠、聚忠疏陈家属众多，艰于养赡，请如汉军例，披甲食粮。下部议，编五佐领，隶汉军正黄旗。
康熙二十五年（1686），卒，赐祭葬如内大臣，谥勤僖。
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