1933年11月25日生于广州，原籍广东省蕉岭县文福镇白泥湖逢甲村。系民族英雄、爱国诗人丘逢甲之孙，丘念台之子。属古梅州石窟都丘氏始祖二十三世。其上祖至其子的世系是：“一世：名讳字号谥均未传于现存最早的老谱——丘滨、丘鈇、丘裕1590年编撰的《镇邑丘氏族谱》，是为古梅州石窟都大坑头丘氏始祖～二世：文兴～三世：应隆～四世：宗仁～五世：均庆～六世：希进～七世：杰～八世：惟秀～九世：玼～十世：孔会～十一世：巡～十二世：汝升～十三世：纯义～十四世：及近～十五世：永梁～十六世：德凤～十七世：友万～十八世：仕俊～十九世：学祥～二十世：龙章～ 二十一世：逢甲～二十二世：念台～二十三世：应楠～二十四世：康世、函世……”。
丘应楠历获美国BEREA COLLEGE学士，美国耶鲁大学硕士、博士。美国哥伦比亚大学、芝加哥大学博士后。历任美国天主教大学助理教授、化学系教授、系主任等，1986年被聘为中央研究院第16届院士，现职 美国天主教大学化学系教授。幼年，曾就读于其祖父逢甲公创办的以其可知之祖的谥号命名“创兆”学校。其主要经历有：美国哥伦比亚大学博士后（1960-1962）。美国芝加哥大学博士后（1962-1964）；美国天主教大学助教授（1964-1966）；美国天主教大学副教授 (1966-1970)；美国天主教大学化学系教授（1970-2001）；美国天主教大学化学系主任（1972-1981）；美国天主教大学EMERITUS PROFESSOR (2001－) 。曾获得之学术荣誉 Hillenbrand Prize, Chemical Society of Washington（1984） ；Fellow, American Physical Society, U. S. A.（1986）；Academician, Academia Sinica, R. O. C.（1986）；Patrick O’Brien Scholar (2000-2001)。
1945年抗战胜利，台湾光复，丘念台带领其全家回到台湾，那时丘应楠才十三、四岁，入师大附中就读，毕业后进入台湾大学，正就读大学的丘应楠兄因成绩优异，于1953年获台湾国际基金会资助，赴美国肯塔基州就读贝利亚大学化学系，1960年获耶鲁大学化学博士学位。
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