他“五岁就傅，九岁入都”。但因李自成攻破北京和清兵入关，“旋遭丧乱，困顿流离”，并曾一度改换姓名，14岁才回到桐城故乡。以后在方以智隐居五岭，并屡遭清兵搜捕而到处藏匿期间，方中通差不多随父一起东奔西走。方以智去世后，他经人介绍，随佟伟夫到广东恩平教书十数年，直到垂老。因受家学影响，方中通从小喜爱数学，天文学。先从汤圣弘（六合人、精天文历法）学习郭守敬《授时历》，后经薛凤祚介绍在南京认识西欧传教士穆尼阁（1611～1656，波兰人，首先将对数传入中国者），并向他学习西方数学知识。
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