隆庆五年（1571年），沐昌祚嗣其父黔国公爵位。
万历元年（1573年），从征擒拿叛乱蛮族罗思。
万历十一年（1583年），讨伐岳凤，使其投降，论功加封太子太保，再讨平叛乱的罗雄蛮，击退缅甸兵。得到云南军民的尊重。
万历二十三年（1595年），沐昌祚以病为由让爵于其子沐叡。
万历三十七年（1609年），沐叡以罪除爵，沐昌祚复封黔国公。
天启五年（1625年），沐昌祚去世，其孙沐启元袭爵。
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