出入内外

乾隆十二年（1747年），17岁殿试为进士，选庶吉士，散馆授编修，侍读学士。乾隆二十四年（1759年），主河南乡试，会试同考官。秋，授福建粮道。乾隆二十八年（1763年），擢按察使，兼署布政使。乾隆三十二年（1767年），补湖北按察使。乾隆三十四年（1769年），任山西布政使。乾隆三十六年（1771年），权巡抚事。乾隆三十九年（1774年），为按察使，授侍讲学士。乾隆四十一年（1776年），命在上书房行走，教嘉庆帝读书。乾隆四十五年（1780年），督福建学政。乾隆四十九年（1784年），内阁学士。乾隆五十一年（1786年），礼部侍郎。

朱珪石刻像，刻于乾隆五十五年（1790），廖丙泰、黄钺绘乾隆五十九年（1794年），朱珪六十四岁，任两广总督。英国每年将一千箱鸦片运抵中国，还妄想武装入侵中国近海。朱珪督军坚守，抓获了许多企图登陆窜犯的英军。仁宗对他功绩十分赞赏，准备升朱珪为大学士之际，由于当时现有战船强度差，不能出海抗击，朱珪已将自己平时节俭下来的银子5000两捐出用于建造战船，一时还未完工，和珅向已成为太上皇的乾隆帝反映：夷寇在浙、广沿海活动非常频繁，抢劫财产，朱珪对此不闻不问，没有出海督帅缉捕。乾隆帝信以为真，把朱珪调为安徽巡抚。但朱珪一点也没有怨言，离任前又捐出一万五千两银子，交广东官库，为制造兵船打击夷寇之用。事后嘉庆帝知道，问朱珪为什么捐这么多银子给官府？朱珪回答：“御外事大，惜乎金钱。”嘉庆帝听后很受感动。

嘉庆时期

朱珪像，取自叶衍兰辑摹，黄小泉绘《清代学者像传》第一集嘉庆即位时，朱珪时任广东巡抚，向朝廷上表庆贺，和珅就到乾隆面前告朱珪的状，不过这次乾隆未予理睬。据朝鲜《李朝实录》记载，嘉庆四年(1799年)，前来中国朝贡的朝鲜使臣徐有闻回国报告时说：“和珅专权数十年，内外诸臣，无不趋走。唯王杰、刘墉、董诰、朱珪、纪昀，铁保、玉保等人终不依附。”

嘉庆元年（1796年），乾隆也准备召朱珪回京，升任大学士。和珅感到朱珪回京，这对自己威胁极大，千方百计进行阻挠。嘉庆帝写诗向老师朱珪表示祝贺，和珅便迫不及待地拿着尚未写完的诗稿又到乾隆面前告嘉庆的状，诬称嘉庆帝笼络人心。这一次乾隆生气了，问身旁军机大臣董诰：“这该怎么办？”董诰跪下劝谏乾隆说：“圣主无过言。”乾隆这才作罢，仍以其他借口不召朱珪进京。

嘉庆四年（1799年）初，朱珪终于奉召入京，直南书房，管户部三库，加太子少保。嘉庆帝常召他咨询国家大事。同年冬，调户部尚书，又为上书房总师傅。嘉庆五年（1800）秋兼署吏部尚书，嘉庆七年（1802）秋为协办大学士，嘉庆八年（1803）夏兼翰林院掌院士充日讲起居注官，嘉庆九年（1804）进太子太傅。嘉庆十年（1805）春，官至体仁阁大学士，管理工部事务，先后充实录馆、国史馆、会典馆正总裁和己未科、乙丑科会试总裁官。

晚年逝世

嘉庆十一年（1806年），朱珪召对乾清宫，突感眩晕，被搀扶归家。十二月五日，朱珪病逝。嘉庆帝得知讣讯后，于次日亲临其家祭奠，为之恸哭，赐陀罗经被。后令庆郡王永璘带领侍卫十员前往奠醊，再赐内帑银二千五百两为朱珪治丧，晋赠太傅，特赐谥“文正”，并允许其入祀贤良祠。后来，嘉庆帝还亲往西山赐奠。