陆元辅从小读书认真刻苦，据程庭鹭《涂松遗献录》一书记载，陆元辅读书十分投入。由于过于专注，以致有一次他外出后，竟然忘记了家在何处而迷了路，后经邻居引导回家。岂知到了家门口，因看到一位陌生的妇女正在捡棉花，又怀疑走错了人家，其实这位妇女是陆元辅家雇工的妻子。陆元辅对这位妇人说：“请问陆元辅先生的家在何处？”妇人笑着回答说：“这是就是您陆先生的家呀！”一时引为笑话。陆元辅又是一位孝子，为人纯厚朴实。父母丧期内，陆元辅在他们的坟边搭了一座草庐，一边守孝，一边认真攻读。前后三年之久，邻近的乡亲们都十分敬重他的为人和学问。

陆元辅在青年时代就拜侯岐曾及黄淳耀为师，在侯、黄先生的指点下，陆元辅的学业大进。在求学的同时，陆元辅十分敬仰侯、黄先生的道德情操和人格品行。陆元辅加入了黄淳耀组织的“直言社”，直言社主张为人要正直、为文要求实，是嘉定的一个著名文社，直言社中有一批充满理想抱负的年轻士子。陆元辅是直言社的主干。黄淳耀十分器重陆元辅，对陆元辅精心培养，要求极为严格，陆元辅偶有一言一行不合礼仪，黄淳耀就要指出，陆元辅会立刻严责自己，加以改正。因此，黄淳耀赞陆元辅进步快，能博学入门，将要必成大器。

清顺治二年（1645年），嘉定抗清斗争失败后，侯岐曾因掩护松江抗清志士陈子龙受株连被杀。陆元辅冒着受牵连的巨大风险，把侯岐曾的孙子侯檠藏匿起来，等风声稍平息后，又将侯檠送至浙江隐居，直至事情安定后又将侯檠接回嘉定。陆元辅后又在侯岐曾家办学，教授经书，侯岐曾的孙子侯开国就拜陆元辅为师。黄淳耀殉难后，陆元辅痛失恩师，异常悲愤，将黄淳耀的遗像悬挂于书房中，朝夕瞻拜，终生不辍。

陆元辅像清康熙十七年（1678年），清廷为了安抚明末遗民知识分子，笼络人心，开设了“博学宏词科”，征举名儒，大学士吴正治知道陆元辅的诗文和名声，亲自推荐陆元辅赴京参加博学宏词科举的考试。陆元辅勉强入京，无意考试，应试落第。之后，陆元辅就在京师设馆授业，教授弟子。京师的士子们闻知陆元辅的学问，纷纷拜他为师，曾至翰林院中的官员也来向他求教，陆元辅口答手写，或者检出原书给他们看，细微详尽，与原书符合。他们都十分钦佩陆元辅的学问。京师的满族词人纳兰性德是大学生纳兰明珠的儿子，词才出众，他对陆元辅的学问和才华十分钦佩，俩人结为亦师亦友。陆元辅、纳兰性德与著名诗人、学者朱彝尊结为好友，常在一起答诗唱和。纳兰性德英年早逝，却留下一批由他署名的著作。据《四库全书总目》及张之洞的《书目答问笺疏》载，纳兰性德的《通志堂集》中的《合订三补大易集义粹言》八十卷及《礼记陈氏集说补正》三十八卷，均系陆元辅代笔。

陆元辅由于学识渊博，诗文出众，与本县的赵俞、张云章、张大受、张鹏翀、孙致弥合称为“嘉定六君子”，名闻遐迩。

陆元辅于清康熙三十年（1691年）逝世，终年75岁，死后葬于嘉定徐行东北角，他的文友、“嘉定六君子”之一张云章为他撰写了《墓志铭》。