早年时期

光绪二十二年二月十三日（1896年3月26日），傅斯年生于山东聊城北门内祖宅，初名梦簪。祖籍江西永丰，先祖傅以渐，是清代顺治年间的首任状元。其曾祖父傅继勋，道光五年（1825年）拔贡，朝考一等，官至布政使，清代名臣李鸿章、丁宝桢都是傅继勋的门生。祖父傅淦，字笠泉，博通经史，精诗书画，尤以书法知名，同治十二年（1873年）拔贡，且幼年习武，武艺高超，“大刀王五”曾拜他为师。父亲傅旭安，字伯隽，号晓麓。清光绪二十年（1894年）甲午科顺天乡试中举。傅斯年自幼就跟随祖父傅淦，傅淦对其言传身教。

宣统元年（1909年），就读于天津府立中学堂。民国二年（1913年）考入北京大学预科。民国五年（1916年）升入北京大学文科，本科国文门，曾著《文学革新申义》响应胡适的《文学改良刍议》，提倡白话文。

民国七年（1918年）夏，受到民主与科学新思潮的影响，与罗家伦、毛准等组织新潮社，创办《新潮》月刊，提倡新文化，影响颇广，从而成为北大学生会领袖之一。

民国八年（1919年），五四运动期间，傅斯年担任游行总指挥，后因受胡适思想影响，反对“过急”运动。不久退出学运，回到书斋。

留欧岁月

民国八年（1919年）夏，傅斯年大学毕业后考取庚子赔款的官费留学生，负笈欧洲，先入英国爱丁堡大学，后转入伦敦大学研究院，研究学习实验心理学、生理学、数学、物理以及爱因斯坦的相对论、勃朗克的量子论等。

民国十二年（1923年），傅斯年入柏林大学哲学院，学习比较语言学等。

大学任教

1927年在广州的傅斯年民国十五年（1926年）冬，傅斯年应中山大学之聘回国。民国十六年（1927年）任中山大学教授，文学院长，兼任中国文学和史学两系主任。同年在中山大学创立语言历史研究所，任所长。主编《中山大学语言历史学研究所周刊》，延聘顾颉刚、杨振声、吴梅、丁山、罗常培等担任文学院和研究所教授和研究员。中山大学语言历史学研究所可以说是中央研究院历史语言研究所的雏形。此后数年，他一直工作在学界，掌管过西南联大、北京大学以及台湾大学的校政，培养出了大批优秀学生，可谓桃李满天下。同年，四·一二政变发生后，傅斯年写信给李石曾，表示赞同蒋介石的清党。

民国十七年（1928年），傅斯年受蔡元培先生之聘，筹立中央研究院历史语言研究所。同年10月，历史语言所成立，傅斯年任专职研究员兼所长，创办《历史语言研究所集刊》，任主编。中央研究院历史语言研究所在中山大学成立后，迁址广州东山恤孤院后街35号柏园，傅斯年辞去中山大学职务，专任中央研究院历史语言研究所所长，创办主编《中央研究院历史语言研究所集刊》，将史语所分为史料学、文籍考订、民间文艺、语言学、文字学、考古学、人类民俗学、敦煌学等8个研究小组。

民国十八年（1929年）春，中央研究院历史语言研究所从广州迁往北平，史语所迁址北平北海静心斋后，傅斯年整合研究力量，成立了三个研究组，第一组历史学，聘陈寅恪任主任；第二组语言学，聘赵元任任主任；第三组考古学，聘李济任主任。傅斯年兼任北京大学教授，讲授“中国上古史专题研究”及“中国古代文学史”。其间先后兼任社会科学研究所所长，中央博物院筹备主任，国民参政会参政员，中央研究院总干事，政治协商会议委员，北京大学代理校长等职。

民国二十一年（1932年），他参加胡适主持的独立评论社，在《独立评论》周刊上发表的政论文章，拥蒋反共，但赞成抗日，对南京国民政府的外交路线有所批评。10月，因九一八事变的爆发，傅斯年出版了《东北史纲》一书，针对日本学者“满蒙在历史上非中国领土”的反动言论，从历史角度详细地论证了东北自古就是中国领土的史实，字里行间洋溢着强烈的民族主义价值观。此书后由李济翻译成英文，送交国际联盟。《东北史纲》一书为李顿调查团报告书明确指出东北三省“为中国之一部，此为中国及各国公认之事实”起到了重要作用。

民国二十三年（1934年），中央研究院在南京兴建办公场所，史语所再迁南京钦天山北极阁。新增第四组人类学，傅斯年聘吴定良任主任，主要从事少数民族调查和人类体质测量。

西南生活

李庄史语所旧址民国二十六年（1937年），傅斯年赴重庆，连续四次当选国民参政会参政员。担任中央研究院史语所所长。

抗日战争爆发后，任国民参政会参政员，兼任西南联大教授，主张抗战，抨击贪官污吏。抗战胜利后，一度代理北京大学校长。

民国二十八年（1939年）5月，傅斯年兼任北大文科研究所所长。

民国二十九年（1940年）冬，傅斯年将史语所由昆明迁四川南溪县李庄镇定居下来，直到抗战胜利。虽然时局动荡、条件艰苦，李庄的学术气氛还是相当浓郁的，所里历年积累的书籍、拓片、标本、古物、仪器等都想方设法运了过去，因此四个组的研究工作都没有中断。期间，史语所组织了川康古迹考察团和川康民族考察团，进行考古发掘和民族调查工作，所获甚丰。又参与组织西北史地考察团和西北科学考察团，还出版了《殷历谱》《居延汉简考释》两部著作。

民国三十七年（1948年），当选南京国民政府立法委员。同年当选为中央研究院院士。

赴台之后

傅斯年与蒋介石1949年1月，傅斯年随历史语言研究所迁至台北，并兼台湾大学校长。在政治上，傅斯年要求严惩贪官污吏，整制政风，反对“中国走布尔什维克道路”；在学术上，信奉考证学派传统，主张纯客观科学研究，注重史料的发现与考订，发表过不少研究古代史的论文，并多次去安阳指导殷墟发掘。他主持历史语言研究所期间，延揽一流人才，作出不少成绩。

晚年傅斯年身体肥胖，患有高血压，医生嘱咐他少吃盐或不吃盐，并戒肉类荤腥。又查出患有胆结石。

1950年12月20日上午，傅斯年在台湾省议会答复教育行政质询时过度激动，讲完话时，大约是6时10分，傅斯年满含怨气地慢步走下讲坛。就在即将回到座位时，他突然脸色苍白，步履踉跄，坐在台下的陈雪屏见状，赶紧上前搀扶，傅只说了一句“不好！”便倒在陈雪屏怀中昏厥过去。离得较近的议员刘传来赶紧跑上前来，把傅斯年扶到列席人员的坐席上，让其躺下，顺便拿陈雪屏的皮包做了枕头。从此傅进入昏迷状态。“突患脑溢血逝世于议场”，享年54岁。

傅斯年逝世后，葬于台湾大学校园，校内设有希腊式纪念亭傅园及“傅钟”；其中，“傅钟”启用后成为台湾大学的象征，每节上下课会钟响21声，因傅斯年曾说过：“一天只有21小时，剩下3小时是用来沉思的。”