方拱乾所著作书籍清顺治十一年（1654年），由于江南江西总督马国柱等人推荐，拱乾被清廷起用为内翰林秘书院侍讲学士，曾参与《顺治大训》、《太祖、太宗圣训》、《通鉴全书》、《内政辑要》等书的编修。

后升詹事府右少詹事，兼内翰林国史院侍读学士。顺治十四年（1657年）秋，拱乾第五子方章钺参加南闱乡试，考中举人。十一月，南闱科场案发生，章钺被言官劾为与主考官方猷“联宗有素，乘机滋弊”而入狱。翌年拱乾受株连入狱。其长子方孝标、次子方亨咸也陆续入狱。并于同年十一月二十八日被判处全家流徙宁古塔。

顺治十六年闰三月初三（1659年4月23日），拱乾“率全家数十口”，与同案吴兆骞等一同出塞。七月十一日（8月26日）始抵宁古塔旧城（今黑龙江海林）。

拱乾至戍所后，建屋三楹。在屋外种植花果蔬菜，并效仿明代王守仁贬居贵州龙场驿时行事，将其所居命名为“何陋居”。当时，官府分给田地，授与种子，耕种以生。他有时“呼牛驾短犁”，“辍谷且种蔬”；有时又于雨后巡视菜圃；有时还植柳或锄瓜。劳动实践使他吟出了“荒哉饱饭六十年，白头才知辨麦菽”（《力田行》）及“素餐六十年，白头乃食力”（《摘蔬》）的诗句。

在戍所，与许多流人过从甚密。尤其与吴兆骞，经常“商榷图史，酬唱诗歌”。“谈诗论史，每至夜分”。彼此的唱和集《质》，是黑龙江地区最早的诗集之一，惜已失传。

顺治十七年夏，与吴兆骞同游“东京城”（渤海国上京龙泉府遗址），归后写有《游东京旧址》等诗。

顺治十八年冬，由于认修京师前门城楼工程而被赎罪赦还。归后，“既老且贫，无家可归”，流寓扬州等地，卖字为生。康熙元年（1662年）七月，据在宁古塔见闻，写成《宁古塔志》（又名《绝域纪略》），分流传、天时、土地、宫室、树畜、风俗、饮食等部分，可称是黑龙江第一部风物志。

方拱乾诸书均记终年72岁。但其子方玄成于康熙六年元旦写有悼诗《丁未元日》，内有“榻依亲榇晓”，“饮泣悦兹容”等句。以此推断，可能卒于康熙六年（1666年）下半年，终年71岁。