显庆四年（659年），以门荫授职左卫亲卫。
总章二年（669年），授右卫水衡府右果毅都尉，同年升迁为左骁卫业善府右果毅都尉。
调露二年（680年），授游击将军。
永淳二年（683年），任太常丞。
文明元年（684年），唐睿宗登基后，以窦德妃之父加授朝请大夫，封爵清河县开国男。
永昌元年（689年），拜中散大夫、守司农少卿。
武则天时，历任太常少卿、中大夫、润州刺史。
长寿二年（693年），窦孝谌妻庞氏被酷吏诬陷与窦德妃行巫蛊之事，窦孝谌被贬为罗州司马，诸子流放岭南。庞氏经徐有功据理力争后免死流放岭表。
万岁通天元年（697年），窦孝谌于罗州官舍去世。
窦孝谌墓志唐睿宗复位，追封窦德妃为昭成皇后，追赠昭成皇后父窦孝谌为并州大都督、太尉、豳国公。唐玄宗即位后，又加赠太保。
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