朱睦㮮幼年端正聪颖，曾拜见名臣李梦阳，李梦阳为之惊奇，称赞说：“此飞兔也，老夫且瞠乎绝尘矣！”长大后，被服儒素，深入钻研经学，同河洛间的宿儒卫聘、和太芳、周伯昌、周涿、许守谦等交游。二十岁时，通《五经》，尤其精通《易》、《春秋》。朱睦㮮认为明朝经学来源于宋儒，古人经解残缺散失，于是访求海内通儒，缮写藏弃，如李鼎祚的《周易集解》、张洽的《春秋集注》，皆得以流传。吕柟曾与朱睦㮮论《易》，叹服而去。
十五岁时，封镇国中尉。朱睦㮮访购古书图籍，得江都葛氏（葛钦）、章丘李氏（李开先）藏书万卷，丹铅历然，论者将他比作汉朝的刘向。他在自己家宅西侧建书堂5楹，称“万卷堂”。将书类分为经史子集四部，用各色牙签识别，编有《万卷堂书目》，著录图书4310部，42750卷。
朱睦㮮还筑室东坡，聘请学者，通怀好士，而内行修洁。朱睦㮮侍奉父母晨昏不离其侧。父母去世，朱睦㮮三年居于外舍。朱睦㮮有弟五人，亲自教导督促，并将遗产全部给他们。
万历五年（1577），举文行卓异，为周王府宗正，领宗学。朱睦㮮约宗生以三、六、九日午前讲《易》、《诗》、《书》，午后讲《春秋》、《礼记》，虽盛寒暑不辍。
河南巡抚褚鈇上议稍减郡王以下岁禄，分配给贫穷的宗室，明神宗派遣给事中万象春与周王商议。新会王朱睦樒对其他宗室说：“裁禄之谋起于朱睦㮮。”于是聚宗室千余人击之，撕裂朱睦㮮的衣冠，并上书抗旨。明神宗大怒，废朱睦樒为庶人。
朱睦㮮屡次上疏称病请求致仕，神宗都勉励起任。万历十四年（1586）秋七月戊午，病逝。辅国中尉朱睦<千木>等宗人五百人上奏他的功德，诏赠辅国将军，并非常罕见地礼葬他。
除了《万卷堂书目》外，他所著有《五经稽疑》六卷，《授经图传》四卷，《韵谱》五卷，又作《易学拾遗》、《春秋诸传辨异》、《镇平世系记》、《周国世系表》、《明帝世表》、《革除逸史》、《建文逊国褒忠录》、《坡上集》、《河南通志》、《开封郡志》诸书。
高祖：朱有爌，镇平恭靖王。曾祖：朱子圿，封镇国将军。祖父：朱同鎋，封辅国将军。父亲：朱安河，封奉国将军。妻子：梁氏、苏氏、李氏。儿子：朱勤羹，李氏生，封辅国中尉。女儿：一女嫁锦衣卫指挥袁端，一女早卒。
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