少时跟随祖父崔震，在其宦邸学习《毛诗》、《尚书》，娶明宪宗次女永康公主，拜驸马都尉。
崔元美姿仪，慱览群籍，善诗。勋臣外戚皆自谓莫及，公卿大臣折行辈与之交，贤声称于时。敏慧有谋，朝廷每有大遣命，必属之。正德十四年（1519年），宁王朱宸濠图谋不轨，明武宗命崔元偕都御史颜颐寿赍勑往谕，行至浙江，闻朱宸濠已反，于是回京。明武宗驾崩，崔元承昭圣皇后懿旨，赍金符，拜访兴王府，奉迎明世宗入嗣大统。
明世宗见到后，认为崔元可属大事，凡有谋画，诣辄咨询之。嘉靖元年（1522年），以功封奉天翊卫推诚宣力武臣、特进荣禄大夫、柱国、京山侯，食禄一千五百石，赐诰券。奉命护孝惠皇太后梓宫葬茂陵，又奉命前往安陆，奉迎明献帝朱祐杬（明世宗之父）的神主来京。命掌宗人府事，明世宗册封朱祐杬泰号，命崔元充捧册表受使。礼成，加太子太傅。明世宗南幸承天府，命崔元偕勋辅五臣扈跸骑从，途遇亲王朝见，命行殿侍班。明世宗渡河，侍舟中，赐诗命和。车驾还京，遂命护献皇后梓宫，南祔显陵。事竣，慰劳有加，从此召直内苑。承顾问崔元明习典制，凡有敷对，罔不克当上意，又时时撰进文字，悉见采用。命乘马禁中，泛舟太液。命代拜先圣先师于永明后殿。命护孝烈皇后梓宫葬永陵。皇太子加冠，命充掌冠使。明世宗念崔元等侍直勤劳，加太保，再加太傅，再加特进光禄大夫，又岁加食米一百石，其他如白金、绮币、玉带、麟蟒之服、上尊珍馔、异恩蕃赉不可胜纪。
嘉靖二十八年（1549）六月十三日（7月7日），逝世，享年七十二岁，赠左柱国，谥号荣恭。
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