早年求学

乾隆九年三月十三日（1744年4月25日）寅时，王念孙出生于江苏扬州府高邮州宅第。

王念孙八岁便读完《十三经》，还旁涉史籍，之后一直跟随著名学者戴震学习。

乾隆二十六年（1761年），王念孙参加院试，名列第一，得到江苏学政刘墉、两淮盐运使卢见曾赏识。

乾隆三十年（1765年），乾隆帝南巡时，王念孙作为大臣的儿子去迎接车驾，献上文册，乾隆帝赐他为举人。

乾隆三十一年（1766年）春，王念孙抵京参加会试。此间，他拜谒朱筠、程瑶田、任大椿。同时还见到了江永《古韵标准》，知道顾炎武把古韵分为十部是不妥当的。回到家里后，王念孙精心研究《诗经》寻绎，开始将《诗经》分为二十一部韵。

王念孙、王引之父子塑像乾隆三十四年（1769年），王念孙第二次入都参加会试，结果落榜。之后他拜访朱筠，与他论六书精义。冬，王念孙叮嘱李文藻求购毛晋影刻北宋本《说文解字》，欲据此发明字学，著书四种，以配顾炎武《音学五书》。

乾隆三十七年（1772年）春，王念孙在京结识刘台拱。冬，王念孙、汪中先后入安徽学政朱筠幕。汪中与王念孙订交，并受到王念孙的影响，开始研究小学、校勘学。王念孙也和与同僚邵晋涵、章学诚、洪亮吉、黄景仁、汪端光、庄断、高文照等人交往。

乾隆三十八年（1773年），王念孙为朱筠校勘徐锴本《说文》完毕，为朱筠撰序，随即付刻。同年夏，王念孙再次到达朱筠的府邸，为其校《大唐开元礼》。

乾隆四十年（1775年），王念孙进士及第，选为翰林院庶吉士，散馆考试后，改任工部主事。后升为郎中，再升陕西道御史，转任吏科给事中。

治经不倦

乾隆四十一年（1776年），王念孙至扬州会见汪中， 汪中向王念孙介绍程瑶田的精湛学术。王念孙居湖滨精合，致力为《说文》作注。

乾隆四十五年（1780年），卢文绍有与王念孙讨论校正 《大戴礼记》，称赞王念孙的补注，并随函付上校勘记若干条，请王念孙审正。王念孙奉命任《四库全书》馆篆隶校对官。

乾隆四十七年（1782年），乾隆帝下诏谕令四库馆总裁督办纂 《河源纪略》。王念孙、任大椿、吴省兰为纂修官。

乾隆五十三年（1788年），王念孙开始撰写《广雅疏证》。

乾隆五十四年（1789年），段玉裁入京， 与王念孙见面，共同商定古韵。经王念孙介绍，段玉裁与陈缠结交。

乾隆五十五年（1790年），王念孙受任大椿的委托，整理其《小学钩沉》，并请庄述祖代撰序。

致力治河

嘉庆四年（1799年），嘉庆帝亲政。王念孙首个弹劾大学士和珅，随后和珅罪行败露被杀。又因当时四川、湖北教会匪徒猖獗，王念孙上陈剿贼六项对策，奏疏中用词都引据经义，很合嘉庆帝心意。同年，王念孙被授予直隶水定河道一职。

嘉庆六年（1801年），王念孙因河堤漫口被罢职，嘉庆帝特命他留下督办河工。工程竣工后，赏主事的官衔。河南衡家楼黄河决口，王念孙受命前往查勘，又受命奔赴台庄治理河务，不久被授予山东运河道，在任六年，调任永定河道。此时正值东河总督与山东巡抚在引河利运问题上意见不一，嘉庆帝召他入京决定是非。王念孙上奏说引黄入湖，不能不稍有淤塞，但暂时实施并无害处，嘉庆帝同意了。不久永定河又暴涨，漫过河堤，王念孙自己引罪，得圣旨批准后退休。

嘉庆十四年（1809年），王念孙偕同赵佩湘办案。随后奉命调任直隶永定河道。王念孙根据巡查酉淀上游各河实情，草拟《查勤新旧唐河潴龙河并东西淀应浚情形禀稿》呈上司，陈述治水建议。

晚年生活

道光元年（1821年），王念孙将顾广圻校注的《淮南子》诸条附入《读书杂志・淮南子内篇补》中刊行，王引之作序记其事。王念孙审读丁履恒著的议论古韵的诸篇文章，签出不贴合切韵的35条，致函丁履恒，并附上所签最重要的28条供参考。秋，王念孙给江有诰写信，告知读其《诗经韵读》、《古韵总论》的感受，并附上昔日与李赓芸讨论韵学函，供参考。

道光三年（1823年），恰逢王念孙八十寿辰，陈奂等撰寿联，胡培犟、郭尚先等撰寿序祝贺。王念孙致函江有诰，答复其咨询的事宜，和他讨论四声学说，随函附上《广雅疏证》请求他的斧正。

道光五年（1825年），王念孙受赐加四品衔，并获恩准重赴鹿鸣宴，赋诗六首记录此事。

道光十二年正月二十四日（1832年2月25日）寅时，王念孙逝世于北京私邸，享年八十九岁。