沈翊清于清光绪六年（1880年），入船政，光绪九年（1883年），承袭一等轻车都尉世职。翌年，充船政总稽查，旋就职同知。光绪十五年（1889年），中举人。翌年，以功奏保免选同知，以知府选用，并加三品衔。光绪十九年（1893年），以道员留省补用，并加二品顶戴。光绪二十二年（1896年），总办罗星塔青洲石船坞工程，以功请送部引见。光绪二十四年（1898年）三月，得旨发往四川补用，留充船政提调，后奉命赴日本阅视兵操，著有《东游日记》。1898年6月，光绪帝接受变法主张，颁发上谕，令人臣举荐通达时务的人才，实行新政。8月下旬，王锡蕃将在福建发现的优秀人才周莲、沈翊清、严复、林旭等四人举荐于朝。光绪二十八年（1902年），以四品卿衔，充会办四川矿务商务大臣，福州将军景星以船政关系重大，奏请留闽省，擢为会办船政。任内疏请揽造商船、兵舰，以补船政财力不足，亦为船舰制造积累经验和培养人才，发展造船事业。因兼管船政大臣的将军崇善昏庸保守，翊清改革之举，多与其龃龉，无法实施。翌年十二月，调任陆军部练兵处行走。光绪三十三年（1907年）六月，陆军部奏保以丞参记名，七月，奉命考察直隶、山东、山西、陕西、河南、湖北荆州、江苏、江西八省旗陆军学务。事毕返京，积劳病逝。卒赠内阁学士，特旨宣付史馆立传，附祀沈葆桢专祠。
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