早年经历

李格非幼年时非常俊逸机敏。当时有司以诗赋取士，李格非却在经学上下功夫，写的《礼记说》有数十万字。

熙宁九年（1076年），李格非进士及第。调冀州司户参军，试任学官，任郓州教授。太守因为他贫寒，想让他兼任别职，李格非推辞没有接受。

为官太学

元丰八年（1085年）九月十三日，李格非为已故同乡、家住明水以西廉家坡村的齐鲁隐士廉复撰写《廉先生序》一文。约在同年，李格非入京，补官为太学录。

约在元祐三年（1088年）或四年（1089年），李格非升任太学正。在东京经衢之西租宅，堂名“有竹”。

元祐六年（1091年），李格非升任太学博士，后入馆阁校对黄本书籍。约在这年六月到八月间，李格非因文章受知于苏轼。苏轼对李格非的文章十分赏识，即收在门下。苏轼门下原有黄庭坚、秦观、晁补之、张耒，被称为“苏门四学士”，李格非又与廖正一、李禧、董荣同在馆职，被称为“苏门后四学士”。十月，宋哲宗幸太学。李格非奉命撰文记哲宗幸太学君臣唱和始末。

元祐七年（1092年） 正月十四日，李格非撰《哲宗幸太学君臣唱和诗》碑文成。约在同年，李格非升任礼部员外郎。

宦海沉浮

绍圣元年（1094年），章惇为相，立局编类元佑诸臣章疏，召李格非为检讨，李格非拒不就职，因而得罪，被外放为广信军（今河北徐水遂城西）通判。在任期间，清正爱民，惩治奸邪。

绍圣二年（1095年），李格非召为校书郎、著作佐郎。同年，撰成他的传世名文《洛阳名园记》。

元符三年（1100年）六月十五日，张耒被罢去黄州通判职务。罢官后，张耒率儿子张秬与潘仲达同游匡山，路过樊口，李格非驾小舟相送，经巴河至灵岩寺，游览孙权刑马坛，并与张耒、潘仲达二人于寺中饮酒赋诗。

建中靖国元年（1101年），李格非任提点京东刑狱，负责社会治安。

崇宁元年（1102年），朝廷内排挤元祐旧臣。李格非因名列“元祐党”，被罢官。根据元祐党人“不得与在京差遣”的规定，李格非只得携家眷返回明水原籍。

崇宁五年（1106年）正月，朝廷大赦天下，解除一切党人之禁，也包括元祐党人。李格非与吕希哲、晁补之等一同被授予监庙差遣之职，但禁止到京师及附近州县任职。“监庙”是一个没有实权的空头职衔，故此后李格非仍在原籍居住。

晚年生活

晚年，李格非曾在知州梁彦深的陪同下，游于历山东侧佛慧山下的甘露泉，并镌文于秋棠池旁的石壁上。

李格非的卒年不详，《宋史·李格非传》仅记载其得年六十一岁。