劝讨董卓

汉灵帝中平六年（189年），朝廷拜董卓为并州牧，并让他将兵马交给皇甫嵩，董卓不听。当时皇甫郦在从父皇甫嵩军中，对皇甫嵩说：“大汉政治混乱，天下受倒悬之苦，世间能扶危定乱之人，唯有大人您与董卓。如今您和他已结下仇隙，不能并存。董卓受诏应当放弃军队，却指使将士上书自请，这是抗命不遵。他眼见京师不宁，踌躇不进，这是心怀不轨。董卓所做的两事不容宽赦，且他残暴无情，将士不愿归附。大人身为元帅，倚仗国威讨伐罪臣，上能体现忠义，下能铲除奸凶，这正是当年齐桓、晋文的做法。”皇甫嵩说道：“抗命虽然有罪，擅自诛戮也有责任。不如将此事上奏，让朝廷来裁决。”于是将此事上奏给朝廷，灵帝责备董卓，董卓也更加怨恨皇甫嵩。

责备李傕

汉献帝兴平二年（195年），李傕、郭汜争斗长安城中。闰五月，献帝因谒者仆射皇甫郦为凉州世族，懂得随机应答，让他去劝和李傕、郭汜。皇甫郦先去拜见郭汜，郭汜接受诏命。皇甫郦又去拜见李傕，李傕却不肯和解，对皇甫郦说道：“我有讨伐吕布之功，辅佐朝政四年，三辅境内清净，这是天下有目共睹的。郭多不过一个盗马贼，岂能与我并列？我誓要杀了他！你也是凉州人，觉得我的军队、方略足够对付郭多吗？郭多又劫持公卿，行为如此恶劣，你想袒护他吗？”皇甫郦回答：“昔日有穷国的后羿仗着自己善射，从不想着可能产生的危害，最终导致身死。当初董公的强大，是将军亲眼所见，在内有三公为主，在外有董旻、董承、董璜为党。吕布受恩反而谋图他，顷刻之间身首异处，正是因为他有勇无谋。将军身为上将，手握重权，子孙亲族皆受国家荣宠。如今郭多劫持公卿，将军劫持天子，谁轻谁重呢？张济、郭多、杨定有谋略，又被群下依附。您的大将杨奉过去只是个白波贼帅，都知道您做的不对，即便您再怎么信任，他也不肯尽力了。”

离开朝廷

李傕执意不愿和解，将皇甫郦赶走。皇甫郦到达禁门，说：“李傕抗拒诏命，胡言乱语。”侍中胡邈受过李傕恩惠，便嘱咐传诏人修饰文辞，又对皇甫郦说：“李将军待你不薄，之前皇甫嵩能当上太尉，都是李将军出的力。”皇甫郦责备胡邈：“胡敬才，你是陛下的近臣，是朝廷的辅弼之臣，怎能说出这种话？”胡邈回答：“我是看到你让李将军不满，恐怕这事不好处置而已！”皇甫郦说道：“我世受国家厚恩，常在帐幕之中，君辱臣死，若我被李傕杀了，则是天命。”献帝听闻皇甫郦语言过激，恐怕让李傕知晓，便派人叫他离去。皇甫郦出营门不久后，李傕让虎贲士兵王昌前去追杀。王昌知道皇甫郦忠诚正直，于是放任他离开，回去后声称自己没追上。