陈确年少以孝友著称，长大以文学驰名。并精书法，善琴、箫。40岁时与黄宗羲、祝渊同受业于刘宗周。明亡后，刘宗周绝食死，陈确继刘之志，隐居乡里20年，足不出户，潜心著述。晚年得风湿症，生活极为贫困，仍写作不辍。
在民族气节上以刘宗周为榜样，在哲学思想上却坚持反对宋明理学和佛学，与老师大相径庭。认为理学奉为经典的《大学》并非圣贤之书，提出了一系列针锋相对的观点。如批判《大学》中“知止于至善”之说，认为“道无尽，知亦无尽”，“今日有今日之至善，明日有明日之至善”，根本没有绝对不变的“至善”标准。肯定人性善恶取决于后天的实践，与理学家的先天说相对立。主张“气”、“才”、“性”三者不能分立。批判朱熹“存天理，去人欲”的禁欲说教，认为：“天理正从人欲中见，人欲恰到好处，即天理也，向无人欲，则亦并无天理之可言矣。”并抨击佛教，指出所谓“度尽众生”，实质上是要“灭绝众生”。
著有《大学辨》、《葬书》、《瞽言》及诗文集等。其著述很少刊行，一部分借《南雷文集》才得以保存下来。1962年出版有《陈确集》。
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