母为安生王陈柳之女元圣天感皇太后陈氏韶。宝符六年（1278年），接受父亲陈圣宗的禅位，称孝皇，尊奉父亲为太上皇。次年（1279年），改元绍宝（1279年–1285年），后改重兴（1285年–1293年）。绍宝二年（1280年），沱江道郑角密发动叛乱，陈仁宗命昭文王陈日燏前去招安。郑角密投降，入京朝见仁宗，并留子为质。
绍宝三年（1281年），仁宗派宗室陈遗爱出使元朝，元朝以陈朝皇帝“不请命而自立”为由，立陈遗爱为安南国王，派柴椿以兵千人护送归国。次年（1282年），元朝以陈遗爱及其同党被杀为借口，遣安南行省右丞唆都领兵五十万，进攻谅山。仁宗同太上皇一起来到陈舍湾指挥抗元。副都统军、仁惠王陈庆余击败了元军。此后，越军又于绍宝六年（1284年）和重兴四年（1288年）在兴道王陈国峻的率领下两次击退元军的进攻。
重兴六年（1290年），仁宗御驾亲征讨伐哀牢。重兴九年（英宗兴隆元年，公元1293年），仁宗禅位给皇太子陈烇（是为陈英宗），被尊为宪尧光圣太上皇帝。元朝遣兵部尚书梁曾至越，要求仁宗入朝。仁宗托病，遣陶子奇出使元朝。元朝又欲进攻越南，但因忽必烈的逝世而放弃了出征的计划。
兴隆七年（1299年），仁宗至安子山（今广宁省东潮县内）花烟寺修行，讲授禅法，正式创立竹林禅宗派，亦名竹林安子禅派。兴隆九年（1301年）游方至占城，与占城国王制旻约定联姻，至兴隆十四年（1306年）由英宗下嫁玄珍公主于占城。兴隆十六年（1308年）十一月三日，仁宗病逝，死后由弟子法螺火葬，得舍利三千余粒。谥曰“法天崇道应世化民隆慈显惠圣文神武元明睿孝皇帝”，葬德陵。
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