入关南下

顺治元年（1644年），尚善承袭其父费扬武的爵位为辅国公。十月，晋封固山贝子。

顺治二年（1645年），尚善跟随豫亲王多铎南征，击败了李自成于潼关，李自成率骑兵三百冲击清军，被尚善和贝勒尼堪击败。三月，平定河南。五月，渡扬子江，南下江南，攻破南京，灭亡南明福王政权。两战皆有军功，上念其从征勤劳日久，赐圆补纱衣一袭、黄金一百两、白银五千两、鞍马一副。

顺治五年（1648年）八月，同英亲王阿济格剿灭天津土寇。十二月，同谦郡王瓦克达率师驻防山西大同。

位列议政

顺治六年（1649年），晋封贝勒。

顺治九年（1652年）二月，奉命掌管理藩院的事务。十月，位列议政大臣。摄政王多尔衮死后，顺治帝开始亲政，尚善等宗亲大臣开始得到了重用的机会。

南征云南

顺治十五年（1658年），清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州，年底吴三桂攻入云南。尚善跟从信郡王多尼进入云南。南明永历帝朱由榔逃奔到永昌（位于今云南省西部）。尚善同征南将军卓布泰进军镇南，在玉龙关击败白文选，渡过澜沧江，攻下永昌，永历帝朱由榔被迫逃走。尚善乘胜攻取腾越，进军南甸，到达孟村后退军。

顺治十六年（1659年）正月，清军攻下昆明，占据云南，二月，吴三桂及赵布泰、尚善等率清军与李定国部在滇西磨盘山血战，清军损失惨重。回京之后，依据之前的军功清廷赐给他蟒袍一袭、玲珑刀一把、鞍马一副。

顺治十七年（1660年），清廷追论尚善撤去永昌的守兵，导致军士入城伤人之罪，降尚善为固山贝子。

征讨三藩

康熙十一年（1672年），清廷再次封尚善为多罗贝勒。

清军平定三藩之乱形势康熙十二年（1673年）六月，任右宗正，后因病免去职务。

康熙十三年（1674年），因平西王吴三桂占据云南叛乱，由贵州趋湖南，攻澧州、岳州。正月，命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，出兵至荆州。六月，命尚善为安远靖寇大将军，率领大军到达岳州。

尚善的军队到了之后，寄信给吴三桂说：“平西王亡国之后投降大清，向大清乞求援师，歼灭了仇敌李自成，报了君父之仇。承蒙朝廷的恩典，你得以裂土封王，享尽了荣华富贵，到如今已经三十多年了。而你到了垂暮之年，却做起了自取灭亡的事情来，我确实不理解平西王你的做法。如今你以复兴明朝为口号，但是大清入关的时候你没有拥立明朝的宗室，大清南下的时候，你还为大清攻取土地，翦灭明朝的宗室，你这是在为你的故主效忠吗？你要为子孙创大业，那公主和额驸吴应熊到云南的时候，你为什么不趁机谋反？如今你的儿子到了京城，你又举兵叛乱，将要陷你的儿子于死地，你这是慈父的做法吗？你想光大祖先，全都是因为投奔了大清，你的祖先都得到了追封，如今到了坟墓尽毁，骸骨遗弃到道路上，这能称为孝吗？作为臣子，身事两朝，而未尝为一个君上尽过忠，这能叫大义吗？你犯了这四项大罪，还想举兵反叛，这是万万做不到的。我朝宽大，希望你能改过自新，不要重蹈公孙述、彭宠的覆辙，”吴三桂看了这封信之后，迟迟没有回复。

十一月，尚善上书康熙帝请求征发荆州的绿营兵、京口的沙唬船五十艘进攻岳州。

康熙十四年（1675年），叛军进攻夷陵，尚善派遣水师赴荆州，断绝了叛军运输粮饷的通道。十二月，安亲王岳乐由江西进取长沙，尚善分遣官兵助之，仍自攻岳州。

康熙十五年（1676年），尚善在洞庭湖一带攻击吴三桂叛军，攻取了君山。

康熙十六年（1677年）正月，征南将军穆占由岳州赴长沙，深入贼地，命尚善率水陆兵进援。四月，吴三桂到了湖南衡州，分军派遣他的部众进入两广。在这段时间，清军在实行军事进攻的同时，不断地展开政治攻势，向吴三桂的将士和被占地区的百姓发出告示，陈说形势，公布朝廷招降政策，指明出路。身在前线的尚善经常用他个人的名义，或指名给吴三桂的部属，或给岳州、长沙的士兵与百姓发出布告。清朝的政治攻势，增大了吴军内部的离心力，吴军大将林兴珠、陈华、李超等先后投降清军，克取岳州的条件与时机已趋于成熟。

无功逝世

康熙十七年（1678年），尚善的军队退缩不动，在岳州迟迟没有大的攻势，康熙帝下诏责备尚善出师无功，令他率领所部移驻长沙，而以安亲王岳乐统军攻取岳州，尚善请求尽全力率水师攻克岳州。

同年七月，吴三桂的部将杜辉等人率军来犯，尚善率领清军迎击，并命水师前来参见会战，清军在洞庭湖击败了叛军，杜辉战败逃走。八月，尚善在军中逝世，年五十有八，清廷命贝勒察尼接替安远靖寇大将军之职。

世袭罔替

康熙十九年（1680年），清廷追论尚善在岳州的退缩之罪，削去了他的贝勒之位。康熙三十七年（1698年），康熙帝追念尚善以往的功劳，授予尚善的第四子门度辅国公之位，允许世袭罔替。