早期经历

窦琮早年仕隋为左亲卫，炀帝大业末年，因犯法逃亡到太原(今山西太原市)，依附于太原留守李渊。当李渊父子筹备起兵推翻隋王朝时，积极参与谋划，担任统军。当时窦琮因平时与表侄李世民不和，常常自己生疑。李世民特别加意对待他，允许他随意在府上出入走动，窦琮的疑心才消除。

开国有功

李渊发兵南下，窦琮随军作战，攻西河，破霍邑，以战功被拜为金紫光禄大夫，封扶风郡公。刘文静领兵据潼关迎战隋将屈突通，力战大败隋军，并率轻骑追击屈突通，于稠桑（今 河南省灵宝市）俘获了屈突通。之后，窦琮率兵东进，攻下陕县，占据太原仓，拜右领军卫大将军。后来，隋朝河阳都尉独孤武暗中要求归降唐军，李渊命窦琮率步骑兵一万人马接应。窦琮迟疑不进，贻误军机，被李渊革职。

唐朝时期

武德元年（618年），李渊进入长安，建立唐朝。窦琮参与太原起兵有功，特赦其罪，拜右屯卫大将军，后转任右领军卫大将军。

武德二年（619年），王世充击败李密后，在洛阳称帝。李渊准备东攻洛阳，派窦琮留守陕州，负责督运粮草。

武德三年（620年），王世充派大将罗士信来攻，窦琮派人去劝说罗士信叛离王世充，罗士信便投降了唐军。

武德四年(621年)，秦王李世民领兵东征洛阳时，率部参战。王世充覆灭后，窦琮以原官检校晋州总管。

武德五年(622年)，窦琮随太子李建成讨伐汉东王刘黑闼，帮助李建成平定山东，册封谯国公，后病卒，追赠左卫大将军，谥号为“敬”。