郗愔年轻时，不爱与人争斗。成年后，授员外散骑侍郎，没有拜任。
咸康五年（339年），父亲郗鉴去世，为父守丧结束后，袭爵南昌县公。郗愔及后曾任何充及褚裒的长史，迁黄门侍郎，转任临海太守。郗愔并无参政为官之心，优游养志，简静沉默，不以事物牵动心绪。郗愔、姊夫王羲之、高士许询，都有超脱世俗的风范，寄心于道家辟谷养生，修习黄老之术。后来，郗愔以病离职，在章安县建了房子，并打算在那里终老，在当地隐居了十多年，与世断绝。
后来，被辅政的抚军将军司马昱和尚书仆射江虨等人举荐，出任光禄大夫、散骑常侍。郗愔奉召入朝到任，朝廷授予太常（九卿之首）。郗愔坚决辞让，乐于外出地方，出任辅国将军、会稽内史。太和二年（367年），迁任平北将军、都督徐兖青幽及扬州之晋陵诸军事、徐兖二州刺史、假节，镇于京口。然而，当时大司马桓温觊觎京口的军队，常说：“京口酒可饮，兵可用。”故此虽然当日以郗氏在徐兖二州有故义而由郗愔担任此职，内心是很不愿意由郗愔掌有京口。
太和四年（369年），大司马桓温乘着前燕太傅慕容恪去世，举兵北伐前燕，并请求郗愔、江州刺史桓冲和豫州刺史袁真一同北伐。当时郗愔全然不知桓温打着京口主意，还写信给桓温说要与他一同辅助晋室，修复园陵。郗愔在桓温幕下任参军的儿子郗超却深知桓温的心思，截获父亲的信并得知内容后就将信件撕毁，由自己代作一封，内容却是自称老病，不堪世间争斗纷乱，请求一处地方过安定日子，并且劝桓温接掌自己所统的京口兵众。此信正合桓温意愿。桓温得信极为高兴，立刻转郗愔为冠军将军、会稽内史，自己兼任平北将军，徐兖二州刺史。
咸安元年（371年），简文帝司马昱，在桓温拥立下，即位皇帝，任命郗愔为都督浙江东五郡诸军事，进位镇军将军。又赐开府仪同三司，但郗愔不接受。后来，郗愔年老求退，住在会稽。太元六年（381年），朝廷任命郗愔为司空，但郗愔坚决辞让。同年，会稽人桓玄之叛乱，郗愔派镇军参军谢蔼之平定。太元九年八月戊寅日（384年9月28日），郗愔逝世，享年七十二岁。朝廷追赠侍中、司空，谥号文穆。
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