尹源，初字子渊，更字子渐。议论文章，博学强记，皆有以过人，与弟尹洙皆以文学知名。曾与其弟尹洙一同跟从穆修学习古文，并受穆修传授《春秋》。尹源最初以祖荫补三班借职，其后迁左班殿直。天圣八年进士及第，初授奉礼郎，累迁太常博士。历知芮城、河阳二县，签署孟州判官事，又知新郑县，后通判泾州、庆州。
庆历二年，李元昊声言入寇，围定川寨，大将葛怀敏发泾原兵救之。尹源给葛怀敏写信说：“贼举国而来，其利不在城堡，而兵法有不得不救者，并且我军畏法，看见敌军一定会赶去，并不计较利害，这就是数次战败的原因。应当在瓦亭驻兵，见利而后动。”葛怀敏没有听从尹源之言，战败而亡。
曾作《唐说》及《叙兵》十篇上之。范仲淹、韩琦荐其才，以为可以居馆阁。庆历四年十一月五日，召试学士院，尹源作论七首，不愿试赋，除知怀州。至期月，大治。
当时，仁宗任用范仲淹、富弼、韩琦，欲更置天下事，但权幸小人不便，三人皆罢去，而尹洙与一时贤士大多被诬枉得罪。尹源忧悲发愤，认为生可厌而死可乐。苏舜钦因进奏院案得罪，尹源数次与他往来，一同剧饮，作薤露长歌，举音凄断，又有厌苦世故之说。
庆历五年二月，尹源友人李之才暴卒于怀州守舍，尹源哭之，过于哀痛，感疾。不过一月，时三月十四日，尹源以疾卒于知怀州任上，年五十。
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