1920年，杨凤鸣由满铁大连医院推荐，到日本帝国大学医学部进修2年。回国后，在满铁大连医院新建分院即同寿医院任内科主任。1923年，他再次被选为“大连中华青年会”副会长。1931年辞去公职，在大连小岗子（今西岗区北京街）开设岐山医院，自任院长。

杨凤鸣在医学上精益求精，治学严谨，对晚生热心培养，先后培养了数十名医生。他还精通日、英、德3国语言，在文学方面也有造诣。1945年出版了《岐山诗集》，以诗言志。

大连解放后，杨凤鸣积极倡议并联络同行有志之士张凤书、简仁南、王义心等人组成大连医师公会，并被推举为会长，为创建大连市的医学学术团体和协助民主政府推荐人员接收敌伪医院、保证大连市医院的正常运转，发挥了重要作用。1947年4月关东公署成立时，被任命为卫生厅厅长。为了专心任职，他停办了岐山医院，主持制定了关东地区多项卫生管理规章和法令，举行了中西医师考试发证工作。他还组织医疗队赴东北，支援解放战争。1951年调市立医院任内科主任。1952年开始，他陆续编写了13万词条的《英汉辞集》部分书稿。他撰写的《中华民族血型之研究》、《人种血型研究》论文，在60年代初期，曾被国内和英国血液病学界作为重要文献加以引用。