永嘉之乱时，其祖澄之与同乡臧琨等率子弟及乡邻千余家南渡，落户于京口(今江苏镇江)。东晋孝武帝“招延儒学之士”，经太傅谢安的举荐，于44岁时补中书舍人，在西省侍帝。对皇帝提出有关文学方面的问题，徐邈不是循章逐句地去讲，而是“开释文义，标明指趣”，因此很受皇帝的器重，升任散骑常侍，仍在西省。皇帝高兴时，常作诗以赐臣下，但诗才平平，诗文粗俗，为维护皇帝的声誉，徐邈常先将其诗修改誊清，经皇帝重览，然后发出。
太傅谢安去世后，或非或是的议论都有，徐邈劝中书令王献之对谢安的葬仪加殊礼，因而对稳定局势起了很大作用。此时，徐邈转祠部郎。他的同事好友豫章太守范宁，欲派议曹到下属县了解情况，并给予“讯问官长得失”的权力。邈致书范宁，对范的作法婉转地提出了不同意见，并说君子之行，不要靠耳目打小报告办事，“自古以来，欲为左右耳目者，无非小人，皆先因小忠而成其大不忠，先借小信而成其大不信。遂使君子道消，善人舆尸，前史所书，可为深鉴。”后徐邈升任中书侍郎，专职负责为皇帝起草诏书。时太子尚幼，帝甚钟爱，东宫文武官员，皆一时之俊，以徐邈为东宫前卫率，领本郡大中正，授太子经。徐邈虽在东宫，仍朝夕入朝，参议朝政，修饰文诏，拾遗补缺，帝嘉其谨密。
晋安帝即位后，徐邈任骁骑将军，397年(隆安元年)病逝。著有《正五经音训》和《谷梁传注》、《五经同异评》等。长子豁，任太常博士秘书郎。
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