南宋灭亡之后，熊禾誓不仕元，“遂束书入武夷山”（清·董天工《武夷山志》）,在五曲晚对峰构筑了供隐居学习之用的"洪源书室"。
隐居之初，熊禾以崇高气节和精深学识吸引了一大批学者和文士，人们尊其为师长，同其研讨义理。为此，熊禾开始在书室讲学。"四方来学者云集,粝食涧饮，日以孔孟之道相磨石龙"（民国《崇安县新志》），因而盛誉天下。当时的学者名流，如胡庭芳、詹君履等人都曾特来拜访，而求学者更多得难以计数。熊禾为此着手改建书室，将"洪源书室"扩建为"洪源书院"。当时的胡庭芳虽为易学大家,造诣颇深,名重一方，但也经常到洪源书院与熊禾论道；熊禾亦有多篇文字送胡庭芳，阐发自己的理学精要。
熊禾十分敬仰朱熹。他在卜居武夷山的12年中，通览朱子诸书，选择其中精要者辑为一册《文公要语》，为人们研习朱熹的思想、理论,提供了极有益的帮助。而在洪源书院居住期间，熊禾还分别撰写了《重修武夷书院疏》、《重建朱文公神道门疏》，以弘扬朱子之学。
熊禾在武夷居住十二年后回到家乡熊墩，在鳌峰之麓重建鳌峰书院，讲学著述，以奉先圣，继承理学道统。后因书院门对云谷，改称云谷书院，引四方学者接踵而至。
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