萧懿初为安南邵陵王（刘友）行参军，袭封临湘县侯。迁任太子舍人、太子洗马、建安王友，担任晋陵太守时有善政，任中书侍郎。
494年正月，授持节、都督梁南北秦沙四州诸军事，西戎校尉，梁南秦二州刺史，加任冠军将军。
495年四月，萧懿在南郑击退北魏的入侵，之后任征虏将军，加増300户，都督益宁二州军事，迁任益州刺史。
500年，裴叔业在豫州谋反，皇帝萧宝卷授萧懿持节、征虏将军、督豫州诸军事、任豫州刺史、领暦阳、南谯二郡太守，讨伐裴叔业。裴叔业北投北魏。之后崔慧景叛乱，又被萧懿平定，他因功加封尚书令、都督征讨水陆诸军事。茹法珍向正在猜忌萧懿的萧宝卷诬告萧懿谋反，萧懿被赐死。
萧懿死后，其弟萧衍拥立萧宝融，追赠萧懿侍中、中书监、司徒，宣德太后临朝，改赠太傅。
502年，萧衍建立南梁王朝，追封大哥为丞相，封长沙王，谥号宣武。
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