吴师尹的祖先是唐代的直笔史官吴兢，吴兢的后代吴皙为永新主簿，为永新吴氏始迁祖。吴皙是吴师尹的十七世祖。吴师尹的父亲是吴文振，母亲是李氏。

癸卯年（1303年）七月，吴师尹出生。

丁亥年（1347年），于江西乡试中举人。

戊子年（1348年），前往大都（今北京）参加会试，与王宗哲同为左榜进士，授官永丰县县丞，时年四十六岁。

治平元年（1351年）五月，刘福通等人于颍州率众起义，打出「虎贲三千，直抵幽燕之地；龙飞九五，重开大宋之天」的旗号，四方群起响应。继而徐寿辉即皇帝位于蕲水县，国号大宋（史称徐宋），年号治平。

治平二年（1352年）闰三月十二日，宋将陈普文光复吉安路（今吉安市），吉安路达鲁花赤纳速儿丁、总管梁克申趁夜而逃。

闰三月十九日黎明，罗文辉等人伪装成卖柴火的，从庐陵城北门混入城内，直捣宋军指挥部，杀害一名宋将。一路宋军自城东门来平叛，战于狭巷，罗文辉伏诛。不久，太和州达鲁花赤达理麻识理以兵五百人送达鲁花赤纳速儿丁、总管梁克中返吉安，攻陷吉安城。

治平四年（1354年），吉安路农业大歉收，吴师尹被命前往赣州路买粮，使赣州路达鲁花赤全普庵撒里卖了两千石，吉安之民赖以活命。

当时，为了镇压反元起义，吉安路要处理的事务越来越繁多，吉安路达鲁花赤纳速儿丁使吴师尹代管庐陵县的事务。

治平五年（1355年），纳速儿丁重修吉安路路学，以府掾史刘一德督工，县丞吴师尹专理其事。

龙凤二年（1356年）春，尚书董铨、黄昭及廉访使吴当奉妥欢帖睦尔之命来江西，恰逢吴师尹的永丰县丞任期届满，代理庐陵县的时候，被江西行省平章政事道童看重，召吴师尹为江西行省省掾，不久掌左司户杂房的会总事务，干了两年。

龙凤四年（1358年）四月十六日，徐宋陈友谅光复江西省会龙兴路（今南昌市），道童遁逃。

五月十三日，宋军光复吉安路。

吴师尹因为故乡永新州也多变故，于是隐遁到了庐陵县的山谷之间。

龙凤十二年（1366年）十月，吴师尹病逝。

其子吴勤、吴谨暂且将吴师尹葬在庐陵县梅塘，距离庐陵城三十里，请李祁撰墓志铭。