胡子祺早年师从于龙原同、吴师尹。陈友谅攻陷吉安府，朱元璋派兵收复，准备诛杀胁从者千余人。胡子祺前往拜谒统帅，力言不可，得以免罪。
洪武三年（1370），以文学选为御史，数次言事，持大体，不肯琐琐，苟有陈说。胡子祺上书请求定都关中。朱元璋表示赞同，派遣太子巡视陕西。后来因为太子去世，没有成功。历任广西按察佥事、彭州知州。所到之处，平冤狱，毁淫祀，维修都江堰，百姓感恩戴德。升任延平府知府。
洪武十年（1377）十二月，卒于任上。
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