福建省侯官县人,沈葆桢第四子,为同光体闽派诗人。光绪十一年(1885年),中举人,会试落第,以恩荫签分刑部广西司行走。李鸿章荐举,任江南水师学堂会办。次年,升总办。光绪十八年(1892年),委办宜昌加抽川盐厘局。张之洞移督两江,请瑜庆为督署总文案兼总筹防局营务处。光绪二十年(1894年),北洋水师在甲午战争中惨败,诸将多被革职。瑜庆为他们解释开脱,作妥善安排,为海军再起保存力量。光绪二十五年(1899年),主办上海吴淞清丈工程局。庚子拳乱,沈瑜庆上书两江总督刘坤一,畅言东南互保,为东南互保的形成无疑有很大的推动作用。光绪二十七年(1901年)秋,任淮阳兵备道,办学堂、兴市政、设农事试验场、修马路。旋护理漕运总督,又兼淮安关监督。同年,升任湖南按察使,改顺天府尹。入京后,奏请兴修京城马路,办测绘学校及大量学堂,厘定度量衡制度。光绪三十一年(1905年),调任山西按察使,不久调职广东。翌年,任江西布政使。同年十二月,护理江西巡抚,扩充方言堂,改建罪犯习艺所,设立调查局,为实施宪政准备。光绪三十四年(1908年)八月,回任布政使,因拒用库款买贡品,遭人中伤被革职。宣统元年(1909年),起任云南布政使。宣统三年(1911年),调河南布政使,未上任,升贵州巡抚。民国成立后,瑜庆避居上海,以遗老自命。民国4年(1915年),回福州,李厚基聘为《福建通志》总纂,一切皆由副总纂陈衍负责,瑜庆仍留居上海,后卒于虹口寓内。有《涛园集》传世。