早年经历

光绪二十年（1894年）农历九月十八日，蒙文通出生于四川盐亭县石牛庙杨家沟，他的曾祖蒙德馨与其弟蒙德明经商致富后，在祖居之地修筑学堂，聘请境内学问人品俱佳之士授课，像这种公开办学的方式，在盐亭实属首创，此举也为当地积淀了一定的文化底蕴。到清光绪年间，蒙文通的伯父蒙裁成和父亲蒙亮成，经府、县岁科两试，成绩优秀，考中廪生。蒙裁成更是晚清、民国时期的名儒，与蒲伯英、罗纶、张澜、胡嵘、彭兰村等一起发起了著名的“四川保路运动”，为辛亥革命的先声。蒙文通就是在这种书香世家出生。

蒙文通自幼聪颖，博闻强识，“五经四书诸子之文，至老尤能成诵”，五岁时就进入私塾读书。13岁时跟随伯父蒙公甫来到省城成都定居，入成都高等小学堂学习。光绪三十三年（1907年），四川高等学堂分设附属中学。光绪三十四年（1908年），蒙文通入四川高等学堂分设的中学丙班学习，蒙文通在中学期间的同学有曾琦、周太玄、魏时珍等，到宣统二年（1910年）时，郭沫若也转到蒙文通所在的丙班学习。在中学期间，蒙文通先后研习了《书目答问》《四库提要》《说文》等书，为以后经学的学习打下了良好的基础。

高校任教

宣统三年（1911年），蒙文通入四川存古学堂学习。民国成立之后，四川存古学堂改名为国学馆，后与迁入的国学院合并成立四川国学院。蒙文通在四川国学院学习期间，颇得名师指点，其师有近代经学大师廖平、刘师培，二人对于经学的造诣非常深，但他们两人对于今古文的观点颇有些不同，乃至夙夕争论。

民国五年（1916年），蒙文通在四川国学学校学习期满，毕业返乡。民国八年（1919年），蒙文通至成都任教，任省立联中国文教师。民国十年（1921年）下半年任重庆联中国文教师。民国十一年（1922年），蒙文通成《经学导言》一书，此书虽然与廖平的主张相忤，但是廖氏看后不仅没有不高兴，反而大大的赞赏了一番。

民国十二年（1923年），蒙文通走访吴越，考察同治、光绪以来经学流变，后因章太炎、康有为今古文之争思绪繁杂，蒙文通于是入南京支那内学院试学班，向佛学大师欧阳竟无学习佛学。在支那内学院院刊《内学》的创刊号上，他发布《中国禅学考》《唯识新罗学》两文，获得广泛赞誉。《中国禅学考》对禅宗传统的“西天二十八祖”说率先提出了质疑；《唯识新罗学》指出，玄奘大师从印度传来的唯识学，不囿于窥基一宗，对玄奘门下圆测（新罗王之孙）一系阐发幽微，得到佛学大家欧阳竟无的激赏。

学术初成

民国十三年（1924年），蒙文通返回重庆，执教于重庆第二女子师范学校，后由重庆返回成都，任教于成都佛学院。

民国十六年（1927年），蒙文通撰成成名之作《古史甄微》，提出了中国上古民族可以分为江汉、海岱、河洛三系，其部落、姓氏、居处地域皆各不同，其经济文化各具特征的学说。后相继写成《经学抉原》《天问本事》，遂教授于成都大学、成都师范大学、成都国学院等。其后又以《经学抉原》一书，进一步从学术文化的角度丰富和完善了此说。“三系学说”和当时《古史辨》学派的观点迥异其趣，但就其对学术界广泛而深远的影响而言，实可以与之媲美。

民国十八年（1929年），蒙文通前往南京任教于中央大学历史系，他的《古史甄微》《经学抉原》等著作就在这个时期发表在南京的《史学杂志》上。民国十九年（1930年），蒙文通返蜀，任教于成都大学，后四川省政府主席刘文辉宣布要合并成都大学、成都师范大学和公立四川大学，在三大学的基础上成立国立四川大学，蒙文通不满于四川军阀强制裁并各大学的举措，于是愤然辞职，与李源澄、卢前等远去开封任教于河南大学。在河南大学蒙文通也只执教了一年的时间，就与河南大学解除聘约前往北平执教于北京大学。在河南大学任教期间，蒙文通的兴趣转向先秦史，作《天问本事》发表在了《河南日报》上。

转研先秦

民国二十二年（1933年），汤用彤推荐蒙文通前往北京大学任教，在北大期间，他主讲《周秦民族与思想》，考察先秦戎狄在华夏纵横的足迹，先后写成了《犬戎东侵考》《秦为戎族考》《赤狄、白狄东侵考》，后受顾颉刚之托，刊载于顾所创办的《禹贡》半月刊上。《周秦民族与思想》后经整理成为《周秦民族史》一书，建国后改名为《周秦少数民族研究》，于1958年整理出版。后蒙文通在北大所讲改为魏晋南北朝史，直至他在北大执教生涯的结束。离开北大之后，顾颉刚把他推荐到了天津的河北女子师范学院教书，直到抗日战争爆发后，蒙文通才离开天津返回四川。

蒙文通先生，1956年摄于成都民国二十七年（1938年），蒙文通任教于四川大学历史系，《中国史学史》一书初步完成，并将其中的几个章节分别题为《周代学术发展之三时段》《墨学之流派及其原始》《尚书之传写与体例》发表在了《重光杂志》上，蒙默在《中国史学史》序中说：“先君文通公于上世纪三十年代至五十年代执教于国内各大高校讲授‘中国史学史’一课之讲义，其基本部分撰于一九三八年任教成都国立四川大学时”。

民国二十八年（1939年），四川大学西迁峨眉山报国寺，蒙文通也跟随着到了峨眉，这一年钱穆聘的齐鲁大学国学研究所也迁至峨眉，故二人在此时期往来颇为频繁。

民国三十年（1941年），蒙文通受聘为四川省立图书馆的馆长。此间，他大量搜集古书、古本和一些四川乡贤的遗著，为后人留下了宝贵的古籍资料。与此同时，蒙文通辑校出了大量散佚的古籍古本，如李荣的《老子注》、严君平的《道德指归论》、王安石的《老子注》，陈景元的《老》《庄》二注，又校正张清夜《阴符发秘》，王弼的《老子注》等等，总计十余种。而最令蒙文通高兴的事情是他从《道藏》中整理出了唐初成玄英的《老子义疏》，成《疏》散佚已久，但后世道家著作当中却多有引用，例如强思齐的《道德真经玄德纂书》、顾欢的《道德真经注疏》等著作中都引用了成《疏》观点，蒙文通就根据这些书加以整理、比较，最后基本恢复了《老子义疏》。

民国三十二年（1943年），四川大学迁回成都，蒙文通继续兼任四川大学的教授。民国三十三年（1944年），蒙文通与学校不睦，故在暑期以后，就没有接到四川大学的续聘，虽然没有接到续聘，但是有意思的是蒙文通还是照样的去上课，“他说你不聘我是你四川大学的事，我是四川人，不能不教四川子弟。学生照样去上课，学校拿他没有办法。”下半年的时候，四川大学的校长黄季陆亲自来家聘请，蒙文通于是继续在四川大学任教。在这期间，直到建国，蒙文通的主要精力都在对道教的研究，前后完成有关于道教的研究著作十余部。

建国以后

1949年4月，蒙文通辞四川省图书馆馆长一职，专任华西大学和四川大学教授。及至中国高等院校1952年院系调整后，院校调整，华西大学哲史系并入四川大学历史系，由此蒙文通专任四川大学历史系教授。建国之后，蒙文通担任川大教授的同时，还兼任了中国科学院历史研究所一所的研究员、学术委员会委员。

1958年，蒙文通在四川大学遭到批判。在这一段时期里，蒙文通写出了多篇论文，《汉唐之间蜀境民族之迁徙与户口升降》《从民族和地理论诸葛亮南征》《略论四川二千年间各地发展先后》《二顾校<华阳国志>跋》《四川古代交通线路考略》《再释<周颂>之主伯、亚旅、强以》等论文，此时的形势愈加紧张，四川大学历史系内的批判风潮越来越强烈，一些教师与学生共同编写教材和集体科研工作，而蒙文通的学术研究则自始至终保持着独立性。

晚年时期

蒙文通晚年把研究重点转向西南民族史和地方史的研究。1964年，越南河内综合大学某君函叩越史疑义，蒙文通感叹近代以来论越史著作多有舛错，或主扬子江以南尽皆越地，或以骆越拥有广西之一部，或主瓯、骆为一国，或以越裳在江西省等，谬误之多，流传之广，让人不禁叹息，由此蒙文通不禁有了想写越史的想法。

1964年，蒙文通已过古稀之年，仍然笔耕不辍，搜集材料，开始了越史的写作。“从64年开始搞的（撰写《越史丛考》），一直到68年5月份基本完成的。他白天要到系上来学习……有时候就把书带也带到那儿去看，带到那儿去写”。

1968年6月，蒙文通撰完《越史丛考》的初稿后便与世长逝，享年七十四岁。长眠于山清水秀的长松寺公墓。