冯沅君1900年9月4日，冯沅君出生于河南省南阳市唐河县祁仪镇。1917年秋，随长兄冯友兰到北京，考入北京女子高等师范学校。1922年，考入北京大学国学研究院读研究生，开始小说创作。
1924年春，在上海创造社办的《创造季刊》《创造周报》上，以淦女士的笔名接连发表了一组反对封建家长、旧礼教对妇女的迫害，歌颂恋爱自由、婚姻自主的小说：《隔绝》《隔绝之后》《旅行》《慈母》。1925年，从北京大学国学研究院毕业后，任教于南京金陵女子大学，次年回北京大学国学研究院从事研究，并在中法大学兼课。
1926年，四篇小说（《隔绝》《隔绝之后》《旅行》《慈母》）结集后取名《卷葹》，编入鲁迅先生编辑的《乌合丛书》之六，由北新书局出版。1927年，任教于国立暨南大学国文系，兼课于中国公学。1930年，回北京大学任教，讲授诗歌等课程。
1932年，考取巴黎大学文学博士班，专事古典词曲的研究，并获得博士学位。1933年，出版论文集《沅君卅前选集》。1935年，获文学博士学位，同年回到中国，任河北女子师范学院教授，从事古代戏曲教学和研究。抗日战争爆发后，相继任国立安徽大学、国立武汉大学、国立中山大学等校教授。
1942年，到四川任国立东北大学教授。1947年以后，担任山东大学中文系教授，并被选为山东省妇联副主席。1952年，加入中国作家协会；6月，加入九三学社。1951年，任山东省人民政府委员、山东省人民代表大会代表。1954年，当选为中华人民共和国第一届全国人民代表大会代表。
1955年，任山东大学副校长。1957年，与陆侃如合著的《中国古典文学简史》（中国青年出版社）出版，外文出版社先后翻译出版英、捷克、俄、罗马尼亚等文本向国外发行。1959年，当选为中华人民共和国第二届全国人民代表大会代表。1960年，当选山东省文教界先进工作者代表大会代表。1964年12月，当选为中华人民共和国第三届全国人民代表大会代表。1974年6月17日，因病逝世于山东济南，享年74岁。
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